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[新手求助] 求助以CNT为主的结构的高斯计算方法和基组的选择

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机器条件:16核,两个32GB的内存,Linux虚拟机计算
计算目的:氧气吸附在该结构内部的吸附能,和反应能垒(G)
本人想要参考在CNT内部封装Co3O4文献(图一)的结构,构建了在CNT内部封装BN的结构,因为受原子个数的限制,无法将BN结构取的更大,通过高斯进行了几何优化(先用b3lyp/6-21G empiricaldispersion=gd3bj再用b3lyp/6-31G* empiricaldispersion=gd3bj),总耗时15 h左右(图二,横截面如图三)。之后尝试用#p M06-2X/6-311G+(2d,p) empiricaldispersion=gd3bj算单点,内存直接炸了通过之前提问的帖子再参考sob老师的博文:
通过18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html

觉得CNT的长度取的太短,进行了改变,首先使用b3lyp/6-21G empiricaldispersion=gd3bj进行结构优化(因为一开始用b3lyp/6-31G*SCF不收敛),24h仍未优化完成(图三和图四)
又参考了sob老师的博文
大体系弱相互作用计算的解决之道
想用Gaussian进行结构优化,ORCA进行吸附能和反应能垒的计算
想请问各位老师:
1.我想对我的结构进行结构优化和后续计算,耗时比较低而且精度能达到发文章的要求,适用的计算方法和基组的选择有什么推荐呢?


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发表于 Post on 2024-12-7 14:47:53 | 只看该作者 Only view this author
建议您立即停止簇模型计算,改而使用CP2K/QE/VASP进行周期性计算。如果对CP2K使用、基组选用不熟悉,且是计算新手,可以借助Multiwfn按选项产生CP2K输入文件,产生后自行检查合理性。
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587

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Uus/pMeC6H4-/キ + 1 我在楼主前帖也这么说了……

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自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2024-12-7 18:44:00 | 只看该作者 Only view this author
此外团簇截断方式也不合理,补的氢彼此离那么近。。。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-7 20:34:31 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2024-12-7 14:47
建议您立即停止簇模型计算,改而使用CP2K/QE/VASP进行周期性计算。如果对CP2K使用、基组选用不熟悉,且是计 ...

非常感谢,我学习一下再对我的体系进行计算

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-7 20:35:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-12-7 18:44
此外团簇截断方式也不合理,补的氢彼此离那么近。。。

哦是的,我再修改一下谢谢老师

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发表于 Post on 2024-12-7 21:03:46 | 只看该作者 Only view this author
你如果要截断CNT的话,长度也得至少比现在长一倍才行,你这个边界效应太明显了

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发表于 Post on 2024-12-8 03:25:09 | 只看该作者 Only view this author
把CNT截得更长,并且用这种形式的边缘状态



如果体系太大DFT优化不动就用半经验级别优化,Gaussian用PM6-D3,或者xtb里用GFN2-xTB(比PM6-D3更理想)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-8 12:49:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-8 03:25
把CNT截得更长,并且用这种形式的边缘状态

非常感谢sob老师详细的回答,新手想再确认一下,那我在按照您的建议修改模型的基础上,通过高斯PM6-D3进行优化,并且通过ORCA进行吸附能和反应能垒的计算作为非纯计算发文章是可行的吗

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发表于 Post on 2024-12-8 17:32:47 | 只看该作者 Only view this author
LIberate 发表于 2024-12-8 12:49
非常感谢sob老师详细的回答,新手想再确认一下,那我在按照您的建议修改模型的基础上,通过高斯PM6-D3进 ...

原理上可以
但既然你都有ORCA了,还不如用ORCA 6.0.1自带的xtb做GFN-xTB2(但效率明显不如单独用xtb程序做GFN-xTB2)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-8 19:28:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-8 17:32
原理上可以
但既然你都有ORCA了,还不如用ORCA 6.0.1自带的xtb做GFN-xTB2(但效率明显不如单独用xtb程序 ...

非常感谢sob老师的回答与建议!

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