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[GROMACS] 如何根据自由能形貌图提取能量最低、最稳定的构象?

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楼主
各位老师好,我的体系是蛋白配体复合物,模拟轨迹时长为50ns,我根据RMSD值、Rg值通过gmx sham 命令绘制了自由能形貌图,之后根据shamlog.log和b index.ndx文件寻找能量最低点,发现能量最低状态对应的帧数非常多,想问一下各位老师这种情况,该怎么找到复合物能量最低、构象最稳定所对应的帧数?

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发表于 Post on 2024-10-26 00:00:38 | 只看该作者 Only view this author
origin绘制散点图时直接就能把散点对应的序号显示出来
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-26 12:44:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-26 00:00
origin绘制散点图时直接就能把散点对应的序号显示出来

请问sob老师,绘制散点图用的是哪个数据文件呀?

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发表于 Post on 2024-12-12 15:12:32 | 只看该作者 Only view this author
您好我想请问一下,您这个问题现在有解决了嘛?,我的情况也很您一样。

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