求助计算金属氢氧化物对有机物的吸附中簇模型的使用

2877321934 · 发表于 Post on 2024-9-19 04:21:37

本帖最后由 2877321934 于 2024-9-19 06:33 编辑

新接了个金属氢氧化物吸附有机物的课题，计划使用簇模型，找了几篇文献，发现有两篇文献使用的模型分别如图

顺着补充材料和参考文献溯源了一波发现这两篇文献使用的模型出自同一篇文献，那篇文献是2017年的文献，用的却还是爷爷辈的Gaussian03，通过计算不同的簇模型，对比[color=rgba(0, 0, 0, 0.85)]实验和理论计算振动之间的一致性来确定哪种簇模型是适合的，其测试的簇模型都只包含了2个金属离子，最终得出图中那种簇适合用于计算吸附指定的有机物，然而根据使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)这篇博文，量子化学方法金属团簇吸附使用的簇远不止这么点。我很怀疑那篇文献的合理性，但我又没有簇模型的使用经验，所以想请教一下各位这个问题。

qczcb2 · 发表于 Post on 2024-9-19 14:43:19

我参考了[1]李开中.层状双金属氢氧化物的理论设计与除砷性能研究[D].中南大学,2022.DOI:10.27661/d.cnki.gzhnu.2022.000357.
第四五章的内容，作者用的是G09,PBE0-D3/def-TZVP,分别是3个金属离子和7个金属离子的簇模型。我本来想用cp2k算铜、钴掺杂的NiOOH表面氨催化氧化的过程，但是切了表面后发现1*1 scf收敛比较容易，但是2*2开始就比较难收敛了，试了很多遍没解决就想用簇模型解决。试了RI-PBE0-D4/def-TZVP、RI-PBE0-D4/def2-SV(P)、b97-3c,RI-PBE0-D4/def-TZVP肯定是最好的，但是SCF需要的时间是SV（P）的1.5倍，算力不够就选了SV(P)。b97-3c SCF耗时和RI-PBE0-D4/def2-SV(P)差不多，但是收敛较为困难。RI-PBE0-D4/def2-SV(P)计算的第一轮需要上百轮SCF,后面需要的轮数会少很多。现在刚算完NiOOH吸附氨分子的结构，不知道做的对不对

NiHO2-003-2.inp (3.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

out.zip (4.49 MB, 下载次数 Times of downloads: 0)

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-20 05:41:32

以不当的模型得到了和实验相符的结果，属于错错得对，没有任何意义，照样过不了内行审稿人的关
DFT应用性计算的文章尽量参考10年内发表在较好期刊上的。较早的文章限于计算量，用的模型在现在来看往往都不像话，而较烂期刊上的文章可能作者都缺乏常识，更没参考意义

2877321934 · 发表于 Post on 2024-9-20 17:09:27

sobereva 发表于 2024-9-20 05:41
以不当的模型得到了和实验相符的结果，属于错错得对，没有任何意义，照样过不了内行审稿人的关
DFT应用性 ...

清楚了，谢谢解惑，目前打算用团簇模型

Frank2468 · 发表于 Post on 2024-12-13 05:04:10

qczcb2 发表于 2024-9-19 14:43
我参考了[1]李开中.层状双金属氢氧化物的理论设计与除砷性能研究[D].中南大学,2022.DOI:10.27661/d.cnki.gz ...

我是本文作者，那时的簇模型掌握的相对成熟（参加了卢天老师的初级班、基础班），当时的簇模型我用G09算，耗时非常久。涉及到一些过渡族金属，上了超算，使用了SCF=XQC等关键词，而且很不好收敛，收敛后还测试了波函数是否稳定。
PS：毕业之后参加了CP2K班，现在已经非必要不用簇模型了。

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[综合交流] 求助计算金属氢氧化物对有机物的吸附中簇模型的使用

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