求助spce水模型自扩散系数的计算

whyu

各位老师好，我的体系是300k的纯spce水模型，密度为0.999，周期性边界，利用lammps求出了msd，输出结果有四个msd，前三个应该是xyz方向的，第四个是整体的。
我看网上教程自扩散系数等于msd的斜率除以6。不太清楚这个msd是不是整体的那个？  还有教程中写着xyz三个方向的msd求平均值再除以2。
我是把数据导到origin，通过线性拟合来确定斜率，两种方法算出的D差别很大：total斜率除以六=1.628687与文献值有一定差距；     xyz平均值除以2=2.685785。

还有一种方法计算每一步到第一步的斜率，（msd之差）/（步数之差）/6    算出每一步的扩散系数，再求平均值代表该体系的扩散系数，算出的平均值为2.751




请各位了解的老师，帮忙解答下，哪个方法计算扩散系数是正确的

sobereva

别贴别人必须歪着脑袋才能看的照片，而且800多KB一张图还浪费服务器空间
电脑上直接打出来就不行么？

whyu

sobereva 发表于 2024-12-7 04:31
别贴别人必须歪着脑袋才能看的照片，而且800多KB一张图还浪费服务器空间
电脑上直接打出来就不行么？

不好意思老师，已修改

whyu

sobereva 发表于 2024-12-7 04:31
别贴别人必须歪着脑袋才能看的照片，而且800多KB一张图还浪费服务器空间
电脑上直接打出来就不行么？

请问老师，哪种方法计算自扩散系数是正确的

sobereva

whyu 发表于 2024-12-14 20:41
请问老师，哪种方法计算自扩散系数是正确的

我不用lammps
用gromacs自带的gmx msd直接就拟合出扩散系数，省事极了。如北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）幻灯片所示：


如果没有绝对的必要用lammps，强烈建议把最流行、速度几乎最快的分子动力学程序gromacs先学好了、当做默认程序用，而lammps再做为gromacs不适合的情况的补充。像是纯水盒子体系没任何理由用速度明显更慢、用户数少得多得多的lammps来跑。北京科音分子动力学与GROMACS培训班里的“均相体系的模拟与性质的计算”一节把包括扩散系数在内的液体的各种属性的计算方法讲得极其详细。