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[VMD] vmd中导入xyz轨迹文件之后,想要统计每一帧产物和基团的数量应该怎么做?

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vmd中导入xyz轨迹文件之后,想要统计每一帧产物和基团(如CO、CO2、C=O、-COOH)的数量应该怎么做呢?求助具体写脚本的思路,如果有类似已经成型脚本能够提供则感谢不尽



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发表于 Post on 2024-7-10 09:35:22 | 只看该作者 Only view this author
一个思路是用python,把轨迹导入成图,有现成的库,例如xyz2graph.
得到networkx格式的图之后,就可以通过节点的度和label,判断官能团.

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发表于 Post on 2024-7-10 15:45:58 | 只看该作者 Only view this author
自己写VMD tcl脚本,根据原子的元素、成键数目以及成键的对象的元素分类判断。
要么转换格式,试图借助一些专门的工具,如北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里提到的这些:
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-10 16:45:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-10 15:45
自己写VMD tcl脚本,根据原子的元素、成键数目以及成键的对象的元素分类判断。
要么转换格式,试图借助一 ...

感谢sob老师,已经结合刘强开发的脚本检索成功

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发表于 Post on 2024-12-16 16:31:10 | 只看该作者 Only view this author
SUCCINUM 发表于 2024-7-10 16:45
感谢sob老师,已经结合刘强开发的脚本检索成功

请问如何实现的,可以分享一下嘛,谢谢

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发表于 Post on 2024-12-16 16:46:42 | 只看该作者 Only view this author
wildon 发表于 2024-12-16 16:31
请问如何实现的,可以分享一下嘛,谢谢

已解决,采用http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=45208提到的脚本,做了一点小修改

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