求助，聚合物塑料粒子模型加水后模拟报错的问题？

zyp1999

求助各位大佬，我前期用packmol建了sds包围的MMA粒子模型（图1），让它在水中跑完5ns的md之后提取出了sds+MMA的粒子构型，想复制几个之后再重新加水，组成体系（图2）去跑后续的过程。但是重新加完水之后就报错了，我试了把粒子附近的水去除，选取距离sds和MMA一定距离之外的水（sameresidue as {water not within 15 of resname MMA SDS}），也依旧报错，我猜测是存在一些不合理的接触，但是具体不知道如何处理，该怎么解决？

183994910

楼主是在做疏水模拟吗，最近在了解这块内容想了解下是怎么做到的，

183994910

楼主你好 我最近在做PMMA和蛋白的接触MD分析，但是我用packmol建模了以后 不知道怎么拓扑进行动力学  可以问问大概的步骤方向吗

zyp1999

183994910 发表于 2024-11-26 15:00
楼主是在做疏水模拟吗，最近在了解这块内容想了解下是怎么做到的，

不算疏水模拟，我只是想得到一个稳定的塑料粒子分散溶液

zyp1999

183994910 发表于 2024-12-11 21:53
楼主你好 我最近在做PMMA和蛋白的接触MD分析，但是我用packmol建模了以后 不知道怎么拓扑进行动力学  可以 ...

什么叫不知道怎么拓扑进行动力学，你没有说清楚。如果你是说怎么获得top文件，可以看这个http://sobereva.com/266，如果你是说模拟的整个流程的话，建议去看一下gromacs的教程。

183994910

zyp1999 发表于 2024-12-13 11:42
什么叫不知道怎么拓扑进行动力学，你没有说清楚。如果你是说怎么获得top文件，可以看这个http://sobereva ...

刚涉略到材料的建模，正常的蛋白-蛋白/小分子MD没问题，我是想做一个MD来展示蛋白在塑料表面作用力和结合姿态，我用MS建立了50聚体，用packmol建立了平面，再用MS做了能量和结构的优化以及退火后得到的PDB，再用sobtop进行的处理，然后把蛋白和平面结合后进行水体系的动力学，用的Charmm36力场，但是在NVT步骤体系会炸，将塑料平面设置为冻结以后，也无法开始MD，所以想问问是不是方法出了问题，一些设置约束和步长等的方法建议都试过了，所以想问问楼主对于这种塑料分子建模后怎么投入MD的问题

183994910

zyp1999 发表于 2024-12-13 11:42
什么叫不知道怎么拓扑进行动力学，你没有说清楚。如果你是说怎么获得top文件，可以看这个http://sobereva ...

或者您可以简述以下您的步骤吗 因为我也是PMMA

zyp1999

183994910 发表于 2024-12-17 14:09
或者您可以简述以下您的步骤吗 因为我也是PMMA

我就是像前面说的基于单链的sds和MMA，用packmol建立了sds包围MMA的粒子模型，然后用sobtop生成的sds和MMA的top文件，再在gromacs里面对体系加水，然后em、nvt、npt这样跑的。