计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 492|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[建模与可视化] 请教下这种分子表面图是怎么画的?

[复制链接 Copy URL]

119

帖子

0

威望

2715

eV
积分
2834

Level 5 (御坂)

如图,请教一下各位老师,这种分子可视化图用的是哪个等值面啊,以及用什么软件可以实现这种效果呢?谢谢各位老师!

202412202031529260..png (690.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

202412202031529260..png

488

帖子

1

威望

1144

eV
积分
1652

Level 5 (御坂)

A Student

2#
发表于 Post on 2024-12-20 22:41:14 | 只看该作者 Only view this author
就普通预设molecular surface吧。

主流可视化软件都可以。
VMD representation 选quick surf/surf 等
UCSF ChimeraX/Chimera 直接显示surface
PyMOL S -> surface
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120179

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2024-12-21 04:16:03 | 只看该作者 Only view this author
注意表面图没有唯一的定义方式。楼上提及的都可以画。如果是获得平滑的范德华表面,较严格、常用的定义方式是计算电子密度0.001 a.u.等值面,可以用Multiwfn载入xyz、pdb等结构文件,用主功能5计算准分子密度(promolecular density)的格点数据,导出cube文件,在VMD等程序里显示出等值面。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 01:44 , Processed in 0.172397 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list