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openbabel3.0以上的版本在win10和win11测试,将mol/cdx文件转化为3d结构时,出现了问题;而且这个情况在2.4版本没有问题,只有3.0以上才会出现这个问题
命令:obabel 123.mol -O out.pdb --gen3d --minimize --ff
报错:Rigid fragment n1cncnc1 in rigid-fragments.txt has all zero coordinates.
经过测试,发现3.0以上版本的3D结构转换存在问题,反而2.4版本的功能没有问题。
同时为了测试是否系统原因原因,将3.1.1版本安装在CentOS7.9平台后,测试obabel 123.mol -O out.pdb --gen3d --minimize --ff,能够顺利结束。
但是CentOS7.9的平台生产构象时,obabel out.pdb -O trajlinux.xyz --confab --verbose --conf 10000 ;输出的traj.xyz只有一个结构。
在win10和win11平台,obabel out.pdb -O trajwin.xyz --confab --verbose --conf 10000;输出的trazwin.xyz的文件是ok。
咨询一下,如何在一个平台顺利使用obenbable3.1.1。
谢谢!
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win.png
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win10和11的3d报错
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linux构象产生.png
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centos7.9构象生成
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win构象产生.png
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win11构象生成
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123.mol
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out.pdb
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trajlinux.xyz
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trajwin.xyz
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