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[VMD] 求助径向分布函数和配位数

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楼主
我想请教大家一下,VMD求径向分布函数的窗口radial pair distribution function,selection1和selection2中的原子倒换顺序求出来的RDF是相同的,但是配位数却不同。配位数是径向分布函数积分得到的,如果RDF相同,那配位数也应该相同才对。这是为什么呢?谢谢大家!

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发表于 Post on 2020-12-9 18:24:33 | 只看该作者 Only view this author
显然不是光积分rdf得到的


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-9 19:33:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-9 18:24
显然不是光积分rdf得到的

是的,老师,我还是不太明白,为什么同一个rdf,会对应两个配位数呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-9 19:54:39 | 只看该作者 Only view this author
分子动力学新手,还请大家多多指教

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发表于 Post on 2020-12-9 23:10:11 | 只看该作者 Only view this author
小谁~ 发表于 2020-12-9 19:33
是的,老师,我还是不太明白,为什么同一个rdf,会对应两个配位数呢?

应该是积分前面乘的ρ不一样吧
man

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-10 14:58:40 | 只看该作者 Only view this author
elpa 发表于 2020-12-9 23:10
应该是积分前面乘的ρ不一样吧

如果想看O在H周围的分布情况(H是中心原子),求配位数的时候,带入的ρN是O的吗?

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发表于 Post on 2020-12-10 19:46:14 | 只看该作者 Only view this author
小谁~ 发表于 2020-12-10 14:58
如果想看O在H周围的分布情况(H是中心原子),求配位数的时候,带入的ρN是O的吗?

显然是
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-11 11:21:35 | 只看该作者 Only view this author

好的好的!谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2024-12-29 18:19:02 | 只看该作者 Only view this author
老师请问我是两种情况下的RDF不同,但是计算出的配位数相同,都采用的是NVT系综,并且两种情况的模拟体系完全相同,这也是因为密度导致的吗

本版积分规则 Credits rule

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