模拟崩溃press scaling more than 1%

zhangfaxue · 发表于 Post on 2024-12-24 11:57:03

模拟体系中是水、一些烷烃分子，使用GROMOS 54 A7 力场，先进行了能量最小化然后准备跑一个短时间的NPT让体系先平衡，但是一运行就提示press scaling more than 1%，查看之前的提示发现有the largest distance between excluded atoms is 1994 nm between atom 7747 ,which is larger than the cut-off distance.检查结构发现这两原子结构并未出现异常，本就是一个分子中两个间隔1.994nm距离的原子。
于是按照卢老师给的方法逐一排查，依旧提示如下错误，花费很长时间依旧没有进展，请教各位哪里出了问题？

提示不合理结构进行排查：

排查方法：

提示错误：

相关文件：

1224.zip (3.36 MB, 下载次数 Times of downloads: 9)

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-12-24 13:56:18

能量最小化的时候就有问题，最大受力高达2.0969222e+08，这么高的值不应该忽略直接下一步
建体系是什么方法建的，我感觉中间小分子摆的太密集了。把盒子搞大一些，分子疏松点，在NPT平衡的时候再让盒子自动收缩到合适的大小

raku · 发表于 Post on 2024-12-24 14:16:38

之前遇到过，延长EM时间试试可以不

zhangfaxue · 发表于 Post on 2024-12-24 16:28:29

Seyilaxa 发表于 2024-12-24 13:56
能量最小化的时候就有问题，最大受力高达2.0969222e+08，这么高的值不应该忽略直接下一步
建体系是什么方 ...

多谢！重新建模减少了分子数目过后问题解决了

zhangfaxue · 发表于 Post on 2024-12-24 16:28:57

raku 发表于 2024-12-24 14:16
之前遇到过，延长EM时间试试可以不

之前尝试这个方法过依旧没有解决

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[GROMACS] 模拟崩溃press scaling more than 1%