MS模型在VMD中的显示错误

user_fu · 发表于 Post on 2025-8-31 21:30:10

本帖最后由 user_fu 于 2025-8-31 21:32 编辑

请教一下各位老师，我在用CP2K跑AIMD时，在Material Studio里面cif文件中水正常吸附在Fe原子上，但是用CP2K跑完AIMD后在VMD中查看xyz文件时发现，原本吸附在Fe上的原子出现在了另一侧并且悬空，同时悬空的这部分对我后续的AIMD反应产生了很大影响，请教一下各位老师这种情况该怎么解决。

如图，MS里面的显示是这样的，但是VMD里面水分子位置变化，并且解离了。

pal · 发表于 Post on 2025-9-1 09:01:15

应该是周期性边界条件，找到对应原子，在坐标上加减盒子的尺寸调整位置

user_fu · 发表于 Post on 2025-9-1 09:15:45

好的谢谢老师，我还有一个问题就是，前面已经进行了一部分AIMD，那么此时调整盒子会不会对后续反应产生影响，导致与前面的结构不准，因为想要做一个对比。

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