SO2 itp文件与pdb文件问题，计算密度(~2000 kg/m3) 与实验数据(1300 kg/m3)差距较大

raku · 发表于 Post on 2024-12-24 14:00:42

我根据文献中的数据计算了SO2的itp和pdb文件，然后使用能量最小化 - NVT - NPT计算了在325.65K 时候到密度，发现计算密度(~2000 kg/m3) 与实验数据(1300 kg/m3)差距较大，自己没有找到原因，哪位大佬可以帮看看我计算的itp对不对，密度计算差异过大有可能是什么导致的呢

tsgyls · 发表于 Post on 2024-12-24 14:20:05

已经验证过最后的文件中的SO2里没有出现空洞之类的情况了吗

raku · 发表于 Post on 2024-12-24 15:07:47

tsgyls 发表于 2024-12-24 14:20
已经验证过最后的文件中的SO2里没有出现空洞之类的情况了吗

没有空洞，这个最后的图像

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-12-24 15:35:28

看你的图就知道缺少了键角的参数。

raku · 发表于 Post on 2024-12-24 16:10:04

slxc920113 发表于 2024-12-24 15:35
看你的图就知道缺少了键角的参数。

谢谢！确实没有角度导致的问题，我加上角度就好了。还没有理解原因，能大概讲讲原理吗，谢谢啦！

zhishidishu · 发表于 Post on 2024-12-25 15:18:12

tsgyls 发表于 2024-12-24 14:20
已经验证过最后的文件中的SO2里没有出现空洞之类的情况了吗

大佬您好，我采用GAFF力场，按实验数据600kg/m3密度的液氨填充NH3分子，nvt计算后盒子出现空洞，这是因为力场的原因吗？

tsgyls · 发表于 Post on 2024-12-27 09:46:23

zhishidishu 发表于 2024-12-25 15:18
大佬您好，我采用GAFF力场，按实验数据600kg/m3密度的液氨填充NH3分子，nvt计算后盒子出现空洞，这是因为 ...

这个我不懂原因，不敢乱说。
一般来说插入原子会有很大的空隙，不应该先设置一个比较大的box，然后后跑npt让体积变小吗，你能一下子插入跟现实密度一样多的分子吗

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[GROMACS] SO2 itp文件与pdb文件问题，计算密度(~2000 kg/m3) 与实验数据(1300 kg/m3)差距较大

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