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[Lammps] lammps计算离子穿透二维膜PMF不对称

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模拟的是二价离子渗透二维膜的PMF计算(图4),膜处在中间位置(48埃),左侧10个Co2+,Ni2+以及平衡的40个Cl-,右侧是纯水侧。在没有施加外力的情况下测试离子渗透的PMF,出现了离子渗透膜的PMF没有根据膜的位置对称的情况(图1)。
PMF设置情况如图3(没有施加外力),根据膜所处位置(48Å)两侧各取,即43-53Å,每隔0.5Å取一个反应坐标,即一共21个窗口。弹簧spring constant50kcal/mol Å2 [1]该文献同为二维膜的二价离子渗透,且膜孔大小与我所用的膜孔大小相同。运行时间取3ns [2]。参考文献1和我的体系类似,都是二价离子渗透二维膜,且膜孔和我大小一样,因此选择了和这篇文献一样的spring值,参考文献2同样是二维膜的PMF计算,文章中说3ns 的时间已经足够,因此一个窗口3ns。但是这样计算出来的PMF结果在膜两侧不对称,按理来说离子渗透二维膜两侧的PMF应该是近乎相似才对,但是我做出来两侧数据相差很大,请问各位大佬,这是什么原因造成的。
[1]         S. Majidi, H. Erfan-Niya, J. Azamat, E.R. Cruz-Chu, J.H. Walther, Separation and Purification Technology, 289 (2022) https://doi.org/10.1016/j.seppur.2022.120770.
[2]         S. Yadav, A. Chandra, Journal of Computational Chemistry, 41 (2020) 1850-1858, https://doi.org/10.1002/jcc.26356.

202412301415067547..png (92.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

wham分析后的PMF图

wham分析后的PMF图

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选择一个离子计算PMF

选择一个离子计算PMF

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lammps计算PMF代码

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模拟体系

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