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[GROMACS] 使用gromacs和travis生成的空间分布函数SDF不一致?

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各位老师同学好,目前我正在尝试画CO2在溶剂中的空间分布函数(SDF),从论坛中学习了两种方法:
1.将CO2置于盒子中心,然后按中心分子对轨迹进行叠合, 移除中心分子的转动和平动,对所需要分析的对象C1设置了一个索引文件,最后通过spatial命令产生了cube文件,导入vmd以等值面模式查看结构,其结构如fig1所示,isovalue为14.5。
2.使用travis软件进行分析,根据这个帖子进行的操作travis + vmd 绘制空间分布函数(Spatial Distribution Function , SDF)流程攻略 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com),关于操作的设置和log文件如下。同样导入vmd显示结构,如图fig2所示,isovalue为14.75。在这两种方法中,我想分析的都是CO2周围C1原子的分布情况,但是如图所示,这两种结构的差异非常大,想问一下,我是有什么做错了导致了这种情况。

travis.log (19.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) input.txt (1.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

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发表于 Post on 2024-5-8 06:19:43 | 只看该作者 Only view this author
说明travis没用对,我也不用那程序
直接用图1的结果就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-8 10:06:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-8 06:19
说明travis没用对,我也不用那程序
直接用图1的结果就完了

sob老师您好,我还有一个问题想请教一下,关于这个isovalue的取值有什么讲究嘛?因为不同的isovalue呈现出来的构象都不一样,哪一个才是最适合的?

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发表于 Post on 2024-5-8 20:11:16 | 只看该作者 Only view this author
moni0823 发表于 2024-5-8 10:06
sob老师您好,我还有一个问题想请教一下,关于这个isovalue的取值有什么讲究嘛?因为不同的isovalue呈现 ...

Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
看里面Q63
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-8-28 21:34:28 | 只看该作者 Only view this author
朋友您好,请问您会用travis进行ADF角分布函数的分析吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-29 09:54:09 | 只看该作者 Only view this author
759884279 发表于 2024-8-28 21:34
朋友您好,请问您会用travis进行ADF角分布函数的分析吗?

不好意思我不会,我只使用travis分析过空间分布函数

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发表于 Post on 2024-8-29 10:19:08 | 只看该作者 Only view this author
moni0823 发表于 2024-8-29 09:54
不好意思我不会,我只使用travis分析过空间分布函数

感谢您的回复,想再问问Travis有相关教程视频或者文件吗?虽然感觉和Sob老师开发的Multiwfn一样方便,但实在是无从下手...

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发表于 Post on 2024-8-29 17:02:14 | 只看该作者 Only view this author
759884279 发表于 2024-8-29 10:19
感谢您的回复,想再问问Travis有相关教程视频或者文件吗?虽然感觉和Sob老师开发的Multiwfn一样方便,但 ...

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发表于 Post on 2024-8-30 17:15:39 | 只看该作者 Only view this author
朋友,请问怎样移除中心分子的平动和转动啊?按照sob老师的例子能做出SDF,但做自己的体系一直做不出来,步骤都是严格按照例子来的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-31 14:31:04 | 只看该作者 Only view this author
yilan 发表于 2024-8-30 17:15
朋友,请问怎样移除中心分子的平动和转动啊?按照sob老师的例子能做出SDF,但做自己的体系一直做 ...

我是按照知乎上面帖子的操作去完成的,你可以试试看。https://zhuanlan.zhihu.com/p/528741207

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发表于 Post on 2024-8-31 14:50:28 | 只看该作者 Only view this author
moni0823 发表于 2024-8-31 14:31
我是按照知乎上面帖子的操作去完成的,你可以试试看。https://zhuanlan.zhihu.com/p/528741207

非常感谢,我试试。

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发表于 Post on 2024-12-30 10:33:10 | 只看该作者 Only view this author
moni0823 发表于 2024-8-31 14:31
我是按照知乎上面帖子的操作去完成的,你可以试试看。https://zhuanlan.zhihu.com/p/528741207

你好,请问你有出现与帖子里的例子相同的情况吗?就是怎么调iso都无法出现明显的等值面

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