在VMD中以PyMOL rainbow着色风格绘制蛋白质结构

ene · 发表于 Post on 2018-9-6 23:13:56

本帖最后由 ene 于 2018-9-7 11:02 编辑

今天有群友询问如何在VMD中以PyMOL的rainbow着色风格绘制蛋白质结构，于是写了一个tcl脚本来实现这种方式的着色：

pymol_rainbow.tcl (1.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 160)
效果图：

使用方法：首先打开VMD，载入要观看的分子，随后务必在Graphics-Representations中将着色方式改为index，然后将pymol_rainbow.tcl复制到当前目录下，最后在Tk Console中执行 source pymol_rainbow.tcl 即可。若想更改红黄绿蓝四种颜色的占比，可以通过编辑脚本开头的ry，yg，gc，cb四个变量来实现。注意，这四个数值之和应保持为1。

lonemen · 发表于 Post on 2018-9-7 07:28:01

非常非常感谢！辛苦啦，为了我的问题，专门写了脚本。

ene · 发表于 Post on 2018-9-7 09:56:14

lonemen 发表于 2018-9-7 07:28
非常非常感谢！辛苦啦，为了我的问题，专门写了脚本。

哈哈，您客气了

ene · 发表于 Post on 2019-6-7 20:43:13

今日更新：发现个原版脚本的bug：当pdb文件中原子数过少的时候可能会失效。现已修正。

rainbow_v2.tcl (2.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 165)

libaoyuzi · 发表于 Post on 2020-4-16 21:46:36

老师厉害

jiakeke · 发表于 Post on 2022-8-23 15:45:01

大佬好厉害！

ninisweetie · 发表于 Post on 2024-12-30 21:54:41

ene 发表于 2019-6-7 20:43
今日更新：发现个原版脚本的bug：当pdb文件中原子数过少的时候可能会失效。现已修正。

老师您好，我想问在这个脚本里面我可以设置分段上颜色嘛

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2024-12-30 22:17:26

ninisweetie 发表于 2024-12-30 21:54
老师您好，我想问在这个脚本里面我可以设置分段上颜色嘛

具体是什么结构要分段上色呢，按什么方式分段，上什么样的颜色？

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[VMD] 在VMD中以PyMOL rainbow着色风格绘制蛋白质结构

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