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[GROMACS] 请问Gromacs可以计算内聚能密度吗?

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楼主
请问gromacs能否计算内聚能密度,就像ms中的forcite模块?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-16 19:22:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yyoungssea 于 2021-8-17 07:46 编辑

试着用计算组间相互作用的方法,计算分子间相互作用,貌似方法可行。思路如下:
1. 用python编写一个程序,用来制作index文件,将每一个残基或分子作为一个分组;
2. 采用rerun计算每个分组(也是每个分子)的相互作用,这里可能就是指分子内相互作用;
3. 用python编写程序,用来读取md.log中的相互作用能数据,并写入一个文本里保存;
4. 第2,3步可以用bat文件或bash文件循环执行;
5. 数据处理,分子间相互作用=体系总相互作用-每个分子的相互作用,内聚能密度=分子间相互作用/摩尔体积
以上思路只用于计算单帧(一般为最后一帧)的内聚能密度。

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发表于 Post on 2021-8-17 05:12:16 | 只看该作者 Only view this author
yyoungssea 发表于 2021-8-16 19:22
试着用计算组间相互作用的方法,计算分子间相互作用,貌似方法可行。思路如下:
1. 用python编写一个程序 ...

根据楼主给出的定义,应该可以用gmx_MM/PBSA来算结合自由能,可以查看这个帖子:http://bbs.keinsci.com/thread-23634-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-17 07:43:20 | 只看该作者 Only view this author
SherryLiu 发表于 2021-8-17 05:12
根据楼主给出的定义,应该可以用gmx_MM/PBSA来算结合自由能,可以查看这个帖子:http://bbs.keinsci.com/ ...

好的,谢谢。

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发表于 Post on 2023-6-8 10:54:46 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问您用您所给出的方法算出内聚能密度了吗

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发表于 Post on 2024-4-5 15:14:13 | 只看该作者 Only view this author
可以,我已实现内聚能密度的计算
分子模拟玩家

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7#
发表于 Post on 2024-4-8 11:47:14 | 只看该作者 Only view this author
Acee 发表于 2024-4-5 15:14
可以,我已实现内聚能密度的计算

您怎么算的方便分享一下不?

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8#
发表于 Post on 2024-4-8 12:35:35 | 只看该作者 Only view this author
Shuang-Jie 发表于 2024-4-8 11:47
您怎么算的方便分享一下不?

我开发了一个python package专门用来算这个,你需要的话可以关注这个MD Mimic Cosmos的公众号,上面有我的联系方式,我们可以一起探讨一下
分子模拟玩家

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发表于 Post on 2024-12-30 20:02:36 | 只看该作者 Only view this author
Acee 发表于 2024-4-8 12:35
我开发了一个python package专门用来算这个,你需要的话可以关注这个MD Mimic Cosmos的公众号,上面有我 ...

你好   你的微信名不存在

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10#
发表于 Post on 2024-12-30 20:03:42 | 只看该作者 Only view this author
Acee 发表于 2024-4-8 12:35
我开发了一个python package专门用来算这个,你需要的话可以关注这个MD Mimic Cosmos的公众号,上面有我 ...

你好  你的用户名不存在

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