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[GROMACS] 如何在膜体系中加水合氢离子或者是溶剂化质子作为膜环境

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本帖最后由 NEW12138 于 2025-1-6 09:36 编辑

想模拟不同pH的膜环境,看帖子说不能直接加氢离子,可以尝试加水合氢离子。我在ATB分子库中下载了水合氢离子的itp文件,用的gromos54a7_atb.ff力场,把水合氢离子的itp文件放到了gromos54a7_atb.ff力场文件夹里,在top文件里加上了对应的内容.
top:
; The force-field files to be included
#include "gromos54a7_atb.ff/forcefield.itp"

; include position restraint file
;# ifdef POSRES
;# include "POSRE_mol.itp"
;#endif

; Include forcefield parameters
#include "toppar/POPG.itp"
#include "toppar/POPE.itp"
#include "toppar/TIP3.itp"
#include "gromos54a7_atb.ff/ions.itp"
#include "gromos54a7_atb.ff/G54A7_H3O.itp"

[ system ]
; Name
Title

[ molecules ]
; Compound        #mols
POPG                    44
POPE                   176
TIP3        32541
NA               44

之后输入命令: gmx genion -s ions_neutral.tpr -o ions_acidic_1.gro -p topol_acidic_1.top -pname H3O+ -np 8 -pq 1 -nname CL -nn 8 -nq 1
就一直报错Memory allocation failed: std, bad_alloc
free -h查询显示空余很大,gromos54a7_atb.ff文件夹就在工作目录,所以不知道问题出在哪了,也想请教一下各位老师是否有其他加水合氢离子的建议,感谢!

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