关于在已平衡体系中插入分子的问题

upccr

我已经跑了一个水-油-水的平衡体系，如图1

现在我想在水相部分（红色区域）加入目标分子，用insert-molecules命令（使用写好32个坐标的-ip pos.dat）结果是全部坐标都跳过了，然后我尝试在空盒子（相同尺寸）中放置这些分子，获得了下面的结果（分子之间并未有重叠）。



所以想问一下该如何正确将这些分子插入到第一个体系水相中。（我在提问前在论坛内搜索，看见了将两个gro文件融合的说法，但不知道如何操作，如果可行，请大家指教一下）

ps:因为我需要看到目标分子的加入对于已经平衡的界面膜的作用，所以不能用packmol从一开始直接加进去

sobereva

结合-replace选项

upccr

sobereva 发表于 2025-4-24 23:05
结合-replace选项

感谢老师，加入-replace后成功替换了水分子并插入了目标分子，但我在后续的模拟中又遇到了问题：我想通过加入不同的目标分子进行对比试验，比较各个体系之间的界面张力变化，我每个体系都做了20ns的NVT（都已进行NPT进行盒子尺寸调整），然后我用gmx energy命令取得了xx yy zz方向的压力，在.xvg文件中都取最后10ns的数据分别带入公式并取平均，发现结果非常不稳定，无法通过计算的界面张力对比对实验分子进行性质比较，请问这种情况是哪里出了问题，在进行界面张力数据取样时，是有什么特殊的限制条件吗，比如必须在某个时间节点后取样之类的。
ps：如果根本无法通过界面张力进行性质对比，那么想要对比各个目标分子的界面性质应该取模拟结果的什么数据？（相互作用能、氢键数、接触数还是其他什么？）

sobereva

upccr 发表于 2025-4-29 22:51
感谢老师，加入-replace后成功替换了水分子并插入了目标分子，但我在后续的模拟中又遇到了问题：我想通过 ...

"结果非常不稳定" 指代不明。如果你是指瞬时的波动，波动肯定会有而且可以很大，计算表面张力关心的是平均值

衡量界面的指标多得很，诸如某类分子垂直于界面方向上的密度变化曲线、距离表面不同垂直距离的某种分子的平均偶极矩矢量和氢键数目，等等，研究什么取决于实际目的

upccr

sobereva 发表于 2025-4-29 23:15
"结果非常不稳定" 指代不明。如果你是指瞬时的波动，波动肯定会有而且可以很大，计算表面张力关心的是平 ...

感谢老师回复！
结果的不稳定性主要体现在：最终结算的界面张力值的不稳定（计算方法使用将每帧数据带入公式并取均值的规范方法）。在进行了20ns的模拟后，我取后10ns的数据进行界面张力计算，发现了几种目标物质作用下的界面张力排序，但与我所预期有所不符，所以我又继续跑了20ns，以防偶然性或取值取到了未稳定状态的值，结果发现本次几种物质影响下的界面张力排序变化了，但依然与预期不符，不过此时确实有所改善，如4个物质中3种物质的模拟结果符合理论，但不能确认是否是偶然。所以想问问如果要计算界面张力，应该如何选择模拟帧数区间，是否是我取的过长或者过短，又或者取值起点或者终点有问题之类的。

我是想看看不同目标分子对于油水界面性质的影响进而分析目标分子的破乳性能，但由于要分析的结构较多，所以在研究初期，想通过界面张力变化等容易获得的模拟参数进行结构初筛。待筛选出较有研究意义的结构后再进行详细的多方面分析。（顺带一问，此种研究方法是否合理，有什么可以提升或者修改的地方吗）