请问有没有免费软件适合高通量筛选，同时又支持硼元素？

wal · 发表于 Post on 2024-10-31 22:42:26

最近一直头疼这个事情。autodock4.2手动添加参数可以完成对接，但是完全找不到基于autodock4.2的高通量筛选教程，而且参数文件嘎嘎长，感觉自己没能耐手搓。vina倒是能找到教程，但是不支持添加硼元素的参数。
我不是生物专业的，所以对流行的对接软件不太熟悉，想问一下各位老师，有没有有没有免费软件适合高通量筛选，同时又支持硼元素，哪怕像autodock4.2一样本身不支持但可以手动加参数绕过去也行。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-11-5 02:13:14

那要看你的硼是什么样的了

如果是碳硼烷一类不参与反应，仅通过色散/双氢键结合，Autodock-GPU就可以，批量处理自己写脚本就好

如果是硼酸类的丝氨酸/苏氨酸共价配体，那是完全不同的处理方法，Autodock通过写专门的LJ势函数的可以做但ADFR会更好，只不过批量做的话不太容易

zxhuizhang · 发表于 Post on 2025-1-10 01:08:55

付费软件是不是可以尝试使用？

wal · 发表于 Post on 2025-1-10 11:00:44

zxhuizhang 发表于 2025-1-10 01:08
付费软件是不是可以尝试使用？

付费软件用了文章咋发呢我们化学组而且老板挺抠的应该不会为了我一篇水文章买个软件

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[分子对接] 请问有没有免费软件适合高通量筛选，同时又支持硼元素？

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