如何用gmx建油水界面的盒子？

samuel · 发表于 Post on 2024-5-30 09:01:50

本帖最后由 samuel 于 2024-5-31 23:55 编辑

如何用gmx建油水界面的盒子？

牧生 · 发表于 Post on 2024-5-30 09:59:05

本帖最后由牧生于 2024-5-30 10:00 编辑

packmol，你会搭积木就会用packmol，直接建立稍大的盒子，填入分子后，NPT后自发到合理状态。2024年了，使用opc3点水吧，不要再用spc了。
http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

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https://link.springer.com/article/10.1007/s11224-023-02242-9

samuel · 发表于 Post on 2024-5-30 10:26:02

牧生发表于 2024-5-30 09:59
packmol，你会搭积木就会用packmol，直接建立稍大的盒子，填入分子后，NPT后自发到合理状态。2024年了，使 ...

想问问怎么确定溶质和溶剂的配比，我100个A分子的话，放多少个甲苯分子进去？

science_6 · 发表于 Post on 2024-5-30 21:43:28

牧生发表于 2024-5-30 09:59
packmol，你会搭积木就会用packmol，直接建立稍大的盒子，填入分子后，NPT后自发到合理状态。2024年了，使 ...

你好，请教你一下如何使用packmol把20多个分子竖直的固定在盒子里面，需要用到什么命令

Graphite · 发表于 Post on 2024-5-30 22:03:25

samuel 发表于 2024-5-30 10:26
想问问怎么确定溶质和溶剂的配比，我100个A分子的话，放多少个甲苯分子进去？

高中化学物料浓度换算

Graphite · 发表于 Post on 2024-5-30 22:05:02

science_6 发表于 2024-5-30 21:43
你好，请教你一下如何使用packmol把20多个分子竖直的固定在盒子里面，需要用到什么命令

constrain_rotation x/y/z [目标转动角度] [允许偏差]
可以先在vmd里通过move把分子对齐到x/y/z轴，这样好设计一点

science_6 · 发表于 Post on 2024-5-31 14:57:03

Graphite 发表于 2024-5-30 22:05
constrain_rotation x/y/z [目标转动角度] [允许偏差]
可以先在vmd里通过move把分子对齐到x/y/z轴，这样 ...

是先在vmd里面把一个分子对齐到x/y/z轴，然后再将这个分子保存成pdb格式，然后再用packmol固定吗？

science_6 · 发表于 Post on 2024-5-31 15:45:04

Graphite 发表于 2024-5-30 22:05
constrain_rotation x/y/z [目标转动角度] [允许偏差]
可以先在vmd里通过move把分子对齐到x/y/z轴，这样 ...

请问vmd有什么方法或者命令能让分子与其x/y/z轴对齐，本人新手一枚，不太懂这个怎么对齐

Graphite · 发表于 Post on 2024-5-31 17:38:44

本帖最后由 Graphite 于 2024-5-31 17:42 编辑

science_6 发表于 2024-5-31 15:45
请问vmd有什么方法或者命令能让分子与其x/y/z轴对齐，本人新手一枚，不太懂这个怎么对齐

1.选取目标原子组如sel，set sel [atomselect语句]
2.对设置的$sel组应用move指令，$sel move [transaxis x 90]
move指令接收一个变换矩阵，不过绕x/y/z轴常用变换矩阵，可以用transaxis x/y/z 角度生成。
可以先把指示轴显示出来，或者用pbc box把盒子显示出来，再慢慢调。结果存到pdb或者xyz都行。

另外如果分子不大的话，也可以直接用Chemcraft的Drag工具拖曳、旋转分子，存为xyz文件。

science_6 · 发表于 Post on 2024-5-31 18:41:49

本帖最后由 science_6 于 2024-6-1 09:14 编辑

Graphite 发表于 2024-5-31 17:38
1.选取目标原子组如sel，set sel [atomselect语句]
2.对设置的$sel组应用move指令，$sel move [transaxi ...

谢谢您了，我还想请教一下您就是怎么在packmol里面定向排列分子，困扰了我好几天了，如下图所示，里面有20个分子，左右长47.2nm，根据XRD值检测到每个分子之间的d-间距为0.45 nm，怎么才能使它在packmol里面定向排列呀？这个是竖直排列在里面的。

Graphite · 发表于 Post on 2024-6-1 18:21:25

science_6 发表于 2024-5-31 18:41
谢谢您了，我还想请教一下您就是怎么在packmol里面定向排列分子，困扰了我好几天了，如下图所示，里面有2 ...

这个建了一个之后镜像复制就可以了，设置pbc条件中某轴长0.45nm，另两轴足够长，然后VMD TopoTools::replicate_mol可以实现你的需求，OVITO界面里面也有。

science_6 · 发表于 Post on 2024-6-1 20:36:50

本帖最后由 science_6 于 2024-6-3 09:01 编辑

Graphite 发表于 2024-6-1 18:21
这个建了一个之后镜像复制就可以了，设置pbc条件中某轴长0.45nm，另两轴足够长，然后VMD TopoTools::repl ...

谢谢您了，我自己做就只能做到这种程度了，我是用packmol直接建模的，还是不能理解怎么使它排列整齐

Graphite · 发表于 Post on 2024-6-3 10:27:56

science_6 发表于 2024-6-1 20:36
谢谢您了，我自己做就只能做到这种程度了，我是用packmol直接建模的，还是不能理解怎么使它排列整齐

能接受那也行了，反正跑起来都会略微散

science_6 · 发表于 Post on 2024-6-3 10:58:54

Graphite 发表于 2024-6-3 10:27
能接受那也行了，反正跑起来都会略微散

我想哭呀，还是和文献里面的不一样

xishaofan · 发表于 Post on 2024-9-20 21:55:30

science_6 发表于 2024-5-31 18:41
谢谢您了，我还想请教一下您就是怎么在packmol里面定向排列分子，困扰了我好几天了，如下图所示，里面有2 ...

你好，请问你找到竖直定向排布的方法了吗，我想构建油-表面活性剂-水体系，让表面活性剂均匀排布在界面上

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