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[综合交流] 求助:Gaussian加速分子动力学模拟原理

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本帖最后由 Wan_apppendix 于 2025-1-10 13:57 编辑

各位老师好,我在用GaMD做配体对膜蛋白的识别过程。在做到GaMD阶段时,遇到了一些原理的问题。
根据ntcmd+nteb=ntlism的设定,dt=0.002,我首先跑了10ns(500w步)的ntcmd(ntcmdprep设定为20%),后又跑了10ns(500w步)的nteb(ntebprep为20%),跑完这20ns之后,会生成两个文件,分别是gamd.log和gamd_restart.dat文件。针对这几个文件,
①gamd.log文件中的Total-Force-Weight表示的什么意思?
②数据列Boost-Potential-Energy根据文献中的公式为什么计算不出来?
③gamd_restart.dat文件中的数据问什么只有两行,手册中写的是save两次Vmax、Vmin等数据?
④为什么gamd_restart.dat中的Vmax(Vmin)并不是gamd.log中Total-Potential-Energy中的Vmax?
望大佬讲解

Ps:不知道等级太低还是什么原因我上传不了图片和附件

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发表于 Post on 2025-1-10 23:50:16 | 只看该作者 Only view this author
分子模拟问题别发到量子化学版块,这次给你移动了,以后注意!

认真看置顶的社员必读贴了解怎么贴图和上传文件,此文是所有人发帖前必读
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