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[新手求助] 计算氨基酸残基对之间的相互作用能量之前是否有必要做结构优化?

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氨基酸残基对是从蛋白质复合物的pdb结构中提取出来的,请问是否有必要进行结构优化?目前没做结构优化已经计算完了大部分,后来看了一些文献好像在计算相互作用能量之前做了结构优化,所以不确定要不要重做?(新手不是很懂

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发表于 Post on 2025-1-9 23:36:23 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-10 15:56:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ynzhou 于 2025-1-10 16:51 编辑
sobereva 发表于 2025-1-9 23:36
需要
参考下文
要善用簇模型,不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题

老师,我没有优化重原子,只优化了自己添加的氢原子,这样可以吗?

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发表于 Post on 2025-1-10 16:23:49 | 只看该作者 Only view this author
看看是什么水平的优化,有些体系用不着QM的方法优化,如果晶体结构的构象,prepare之后就可以直接拿来算了。MD的snapshot或者分子对接拿到的复合物,用MM的方法优化一下也足够的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-10 16:50:40 | 只看该作者 Only view this author
laoman 发表于 2025-1-10 16:23
看看是什么水平的优化,有些体系用不着QM的方法优化,如果晶体结构的构象,prepare之后就可以直接拿来算了 ...

是从pdbbind网站下载的蛋白质pdb结构,然后从中提取出来的氨基酸残基对,只优化了氢原子,重原子没有优化可以吗?

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发表于 Post on 2025-1-11 00:36:52 | 只看该作者 Only view this author
ynzhou 发表于 2025-1-10 15:56
老师,我没有优化重原子,只优化了自己添加的氢原子,这样可以吗?

如果晶体衍射解析度不够高,重原子也必须优化。如果足够高,算基于电子能量的相互作用能可以不优化重原子,但如果是算热力学量,如结合自由能,重原子也得优化后才能再做振动分析得到自由能

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-11 12:27:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-11 00:36
如果晶体衍射解析度不够高,重原子也必须优化。如果足够高,算基于电子能量的相互作用能可以不优化重原子 ...

所以如果用DFT算基于电子能量的相互作用能就可以不优化重原子,如果用分子动力学方法算不同溶剂环境下的结合自由能就要优化全部原子,请问老师是这个意思吗?

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发表于 Post on 2025-1-11 22:12:29 | 只看该作者 Only view this author
ynzhou 发表于 2025-1-11 12:27
所以如果用DFT算基于电子能量的相互作用能就可以不优化重原子,如果用分子动力学方法算不同溶剂环境下的 ...

前一句话对
“分子动力学方法算不同溶剂环境下的结合自由能”根本不牵扯几何优化的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-11 22:47:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-11 22:12
前一句话对
“分子动力学方法算不同溶剂环境下的结合自由能”根本不牵扯几何优化的事

好的谢谢老师,我再学习一下

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