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[GROMACS] 如何改变模拟温度后续跑

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gromacs模拟续跑,第一段模拟为从25℃到95℃升温模拟,现在想保持95℃下续跑,同时输出文件接着第一段模拟的文件,请问有没有大佬知道如何操作?

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发表于 Post on 2025-1-24 13:23:30 | 只看该作者 Only view this author
如果前一段已经跑完了,用第一次跑的结果文件做起始结构,读取.gro中的速度信息作为初始速度,在95℃热浴下跑,最后用trjcat合并两段轨迹
更简单的做法是在.mdp设置退火,从25℃升到95℃后维持一段时间就行了
https://manual.gromacs.org/curre ... simulated-annealing
Open source enables open science.

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发表于 Post on 2025-1-24 14:36:43 | 只看该作者 Only view this author
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)讲了:
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-24 19:23:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-24 14:36
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)讲了:

卢老师,意思是前面的模拟是25℃上升到95℃,直接extend延长步数的话,后面的模拟温度默认是持续95℃?

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发表于 Post on 2025-1-25 10:47:45 | 只看该作者 Only view this author
Sunca 发表于 2025-1-24 19:23
卢老师,意思是前面的模拟是25℃上升到95℃,直接extend延长步数的话,后面的模拟温度默认是持续95℃?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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