进行蛋白-蛋白复合体系动力学模拟及结合自由能计算遇到问题

lmtt

各位老师好，我做的是蛋白-蛋白复合体系的动力学模拟，依照Lysozyme in Water的步骤来进行模拟，模拟完后想通过MM/PBSA进行结合自由能计算，希望得到两个蛋白质之间的相互作用信息，但是发现需要index.ndx文件，动力学模拟过程中没有产生这个文件，请问这个蛋白蛋白体系的该怎么分组生成index.ndx文件啊？

zcxkg

gmx make_ndx -f npt.gro可以生成ndx文件

lmtt

zcxkg 发表于 2025-2-6 13:53
gmx make_ndx -f npt.gro可以生成ndx文件

你好，我刚才输入这个命令后选项中只有整个的蛋白质选项，请问该怎么把其中一个蛋白质分组呢？

KanbeKotori

lmtt 发表于 2025-2-6 14:22
你好，我刚才输入这个命令后选项中只有整个的蛋白质选项，请问该怎么把其中一个蛋白质分组呢？

使用了make_ndx界面你会看到这些：

nr : group      '!': not  'name' nr name   'splitch' nr    Enter: list groups
'a': atom       '&': and  'del' nr         'splitres' nr   'l': list residues
't': atom type  '|': or   'keep' nr        'splitat' nr    'h': help
'r': residue              'res' nr         'chain' char
"name": group             'case': case sensitive           'q': save and quit
'ri': residue index

这些都能够进行原子或者残基的选择，比如你的蛋白A链的氨基酸是 1到483，那么你通过 ri 1-483 就可以得到A链这个新的组。ri的含义上面的残基编号，其他的自行探索。

sobereva

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）课上讲make_ndx时给的例子举一反三

lmtt

KanbeKotori 发表于 2025-2-6 17:28
使用了make_ndx界面你会看到这些：

nr : group      '!': not  'name' nr name   'splitch' nr    En ...

好的，明白了，谢谢老师！

lmtt

sobereva 发表于 2025-2-6 17:40
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）课上讲make_ndx时给的例子举一反三 ...

明白了，谢谢老师！