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[GROMACS] 怎么得到计算出的氢键的供受体是哪个原子

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我用gmx hbond -hbn/-o计算出的ndx文件中是将所有可能的氢键供受体都列出来了,并不与指的-num文件中计算出的氢键对应。但我想知道两个分子间所生成的氢键的供受体具体是哪个原子,应该怎么做?

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发表于 Post on 2025-1-26 11:47:11 | 只看该作者 Only view this author
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)这页幻灯片:
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-7 20:54:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-26 11:47
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)这页幻灯片:

但是这样得到的只是可能存在的氢键供受体,没法统计供受体得数量。我看的文献有得到了氢键供受体得数量(如图),这是怎么得到的?是直接将供受体基团做成索引计算氢键数量吗?

202502072050474315..png (709.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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发表于 Post on 2025-2-8 18:49:05 | 只看该作者 Only view this author
Sunca 发表于 2025-2-7 20:54
但是这样得到的只是可能存在的氢键供受体,没法统计供受体得数量。我看的文献有得到了氢键供受体得数量( ...

语义不明,我贴的ppt里直接给出的就是氢键给体和受体(无论动力学过程中是否实际形成过氢键),行数就对应数目。索引组根据实际情况定义
如果你有特殊要求,自己写VMD tcl脚本统计
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