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[GROMACS] 关于Gromacs计算界面聚合问题分相的问题

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各位老师好,上图是我看到文献研究界面聚合的文章中的图,a是两相体系的物种组成和b是z方向上的密度分布,我想基于这个方法研究界面聚合的分子动力学模拟,下图是我建立的盒子

但是我经过npt系综后,水和正己烷混合了,变成成图这个样子,请我这是我计算的有问题嘛,我想让水和环己烷分布在两侧,然后让谁活着环己烷中的PIP和TMC在界面运动,我该怎么做呢?麻烦各位老师指点迷津
下面是我的相关文件
H2O C6.rar (9.67 MB, 下载次数 Times of downloads: 3)

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发表于 Post on 2025-11-16 06:02:12 | 只看该作者 Only view this author
建模问题。初始结构里水的区域密度太低,导致水不够多
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-16 10:44:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-16 06:02
建模问题。初始结构里水的区域密度太低,导致水不够多

好的老师 十分感谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-20 12:26:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jiushizhege 于 2025-11-20 12:30 编辑
sobereva 发表于 2025-11-16 06:02
建模问题。初始结构里水的区域密度太低,导致水不够多

老师我对密度修改后,npt后仍然出现团聚,请问这是什么原因呢?这是因为力场的原因吗
建模

npt建模


这是box.gro box.zip (4.28 MB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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发表于 Post on 2025-11-21 04:20:35 | 只看该作者 Only view this author
jiushizhege 发表于 2025-11-20 12:26
老师我对密度修改后,npt后仍然出现团聚,请问这是什么原因呢?这是因为力场的原因吗
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没模拟细节没法说
如果对两种分子的纯液体做NPT模拟密度都正常,说明不是力场的问题
力场、非键作用计算设置等方面没问题的情况下,模拟后不是处于均匀液体状态而是形成球形团簇,只可能是NVT模拟且模型中的密度偏低,或者NPT模拟的时候控压设置不当导致密度没法自发调节成实际情况
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