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[GROMACS] 二维纳米通道中的气体温度会降低吗

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我模拟多层二维纳米通道气体分离,发现层间距较小的时候层间聚集了大量气体分子,拉大层间距的时候这种情况减弱,随后我计算了层间气体温度发现里面的气体温度要比模拟设定的低很多,这是正常的吗?分子在某个方向的运动受限所以气体温度应该降低?

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发表于 Post on 2025-2-12 05:46:14 | 只看该作者 Only view this author
这和热浴种类和热浴设置有极大关系,没细节没法准确说

如果纳米通道和气体分子是共同控温的,可以考虑作为不同的控温组
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-12 15:12:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-12 05:46
这和热浴种类和热浴设置有极大关系,没细节没法准确说

如果纳米通道和气体分子是共同控温的,可以考虑作 ...

我是用的NVT,纳米通道和气体分子是分开温控的,采用v-rescale,tau_t=0.2,298.15K。也尝试过更换nose-hoover温控,没啥变化。我的纳米通道是直接固定的,用石墨烯测试过柔性的看起来好点,不过距离近形变就大

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