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[VMD] VMD计算RDF,在靠近0处有小峰

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各位大佬好,我想计算被膜孔捕捉的离子与水的RDF,我将lammps生成的轨迹文件导入VMD计算,细节如图所示。其中serial 338是模拟体系图中被膜“捕获”的离子。type6 是水分子中的氧原子的元素类型。我阅读了之前公社有相关问题的帖子,社长提到过说是盒子大小的问题,可是我模拟过程是用的NVT,不存在盒子尺寸的变化。另外社长也建议过观看轨迹文件去查看不正常的地方。我反复观看了轨迹,我并没有发现有任何不正常的情况发生。本人VMD新手,自己研究了一段时间没有找出原因,因此求助各位大佬,这样的错误是什么原因导致的

serial 338.png (128.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

模拟体系图,338号原子是被“捕捉”的离子

模拟体系图,338号原子是被“捕捉”的离子

VMD.png (59.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

VMD设置

VMD设置

RDF.png (69.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

不正常的RDF

不正常的RDF

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发表于 Post on 2025-2-12 05:36:52 | 只看该作者 Only view this author
确保在VMD里已经对每一帧正确定义了盒子信息
对轨迹的PBC记录方式设置不当也可能造成这种问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-12 14:48:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-12 05:36
确保在VMD里已经对每一帧正确定义了盒子信息
对轨迹的PBC记录方式设置不当也可能造成这种问题

感谢社长的回答,我发现VMD在读取轨迹的时候确实没有正确定义盒子信息。由于我是lammps模拟后生成的轨迹文件直接放入VMD,请问这样的情况应该如何解决?是因为我lammps的输出文件设置没有设对吗?

VMD错误.png (835.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

VMD读取轨迹结果

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发表于 Post on 2025-2-12 22:26:57 | 只看该作者 Only view this author
海棠依旧cdut 发表于 2025-2-12 14:48
感谢社长的回答,我发现VMD在读取轨迹的时候确实没有正确定义盒子信息。由于我是lammps模拟后生成的轨迹 ...

我不用Lammps,不清楚
可以自行在VMD里运行定义盒子的命令,如pbc set {10.0 12.0 11.0} -all:设置所有帧的盒子尺寸为10*12*11埃
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-13 11:08:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-12 22:26
我不用Lammps,不清楚
可以自行在VMD里运行定义盒子的命令,如pbc set {10.0 12.0 11.0} -all:设置所有 ...

很抱歉再次打扰社长,我按照您的建议进行了修改,但是我发现命令写好了后VMD没有变化。请问是我命令理解有误还是一些其他操作没有到位呢?

pbc命令.png (800.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

tcl执行pbc命令

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发表于 Post on 2025-2-13 11:45:52 | 只看该作者 Only view this author
海棠依旧cdut 发表于 2025-2-13 11:08
很抱歉再次打扰社长,我按照您的建议进行了修改,但是我发现命令写好了后VMD没有变化。请问是我命令理解 ...

本来就那样,已经定义完了
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