求助：VASP表面OH吸附结构弛豫后发生原子缺失问题

chy914681393 · 发表于 Post on 2025-2-16 13:33:44

本帖最后由 chy914681393 于 2025-2-16 13:42 编辑

请问各位老师，我在用VASP做二维表面的OH-吸附计算，几何优化后发现原先建立的表面晶胞出现原子丢失的问题（或者是不显示我无法确定），但原子数显示没有发生改变，因此想问为什么会发生这样的变化？之前的原子去哪儿了呢？附图如下：
这个是未吸附的弛豫表面的晶胞，看着没啥问题

这个是吸附OH弛豫之后的晶胞构型，明显能看出显示上少了很多原子

这个是吸附弛豫之后的原胞，这个与之前的数目没有发生改变，这是为什么呢？因为要做异质表面，可能还是要用到晶胞构型来显示，请各位老师帮忙解答一下

另外请问一下像最下面这个构型显示的一样，在建立完表面之后是否能够平移表面原子并将其完全放在格子里呢？因为后面还要构建异质界面

pal · 发表于 Post on 2025-2-17 08:59:46

周期性边界条件，原子都是周期性重复的，只是没有显示，可以试试在display style里面改一下，没必要全放到格子里，一定要这样的话就整体平移

chy914681393 · 发表于 Post on 2025-2-17 10:29:15

pal 发表于 2025-2-17 08:59
周期性边界条件，原子都是周期性重复的，只是没有显示，可以试试在display style里面改一下，没必要全放到 ...

好的，谢谢老师，那我后续构建异质界面的时候是否需要不断平移两个界面层来判断最稳定的层层对应情况呢？因为我底层的界面并不是比较常见结构的界面，所以很难判断两层的原子对应关系，但由于原子数量过大，很难遍历结构计算能量，我目前采用的方法是先给定一个特殊的位点，然后粗跑几何结构优化，看看结构弛豫的位置情况，这样合理吗？是否还有更好的办法呀？

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