关于使用gromacs模拟蛋白同源多聚体的形成并没有观察到理想结果的一些问题

YuniJ

如题所示，我对三个单体（蛋白质）进行了100ns的模拟，期望看到他们形成三聚体的过程，但结果并没有形成三聚体（实验中可以形成三聚体），只是其中两个蛋白有简单的接触，使用的mdp已上传，初始是自由放置了三个单体。因此想请教各位老师关于同源寡聚体的形成应该怎么模拟？另外使用gmx dssp分析二级结构时发现，生成的结果（.dat和xvg）中没有α螺旋和β折叠，但初始结构是有的，模拟是否有问题？

student0618

100ns is too short for that process, better use some enhanced sampling method.

YuniJ

student0618 发表于 2025-2-13 18:48
100ns is too short for that process, better use some enhanced sampling method.

好的，谢谢您，那请问那个二级结构呢？也是因为时长太短吗？

sobereva

没给出模拟完的new cartoon风格的图别人没法判断二级结构是什么情况
如果VMD里看到最后二级结构都没了，并且即便单独跑一个蛋白质的模拟也是这样，几乎一定是力场用得有问题。如果VMD里能看到最终依然有二级结构，说明是dssp用得有问题（也可以改用VMD自带的timeline工具获得各个残基二级结构随时间的变化）