求助分子轨道绘制问题

小白努力学习 · 发表于 Post on 2024-10-26 20:17:02

本帖最后由小白努力学习于 2024-10-26 20:18 编辑

求救各位老师一个问题：我想自己绘制分子轨道，目前利用Gaussian转换的fch文件读取参数进行组合，原始高斯基函数用的是下面图片的公式。但是绘制的和GaussView不同，大概是什么原因造成的？

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-26 23:00:48

描述得太不具体，没法说

开源免费的Multiwfn是看分子轨道非常好用的程序
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）

可以看Multiwfn的function.f90里的function fmo函数了解轨道波函数是怎么计算的。Multiwfn主页的Resources页面里有Modifying source code of Multiwfn幻灯片可以帮助了解Multiwfn的数据结构。载入fch获取波函数信息的方式可参看Multiwfn的fileIO.f90里的subroutine readfch以及下文
高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法
http://sobereva.com/55

小白努力学习 · 发表于 Post on 2024-10-27 10:24:29

sobereva 发表于 2024-10-26 23:00
描述得太不具体，没法说

开源免费的Multiwfn是看分子轨道非常好用的程序

老师有需求需要自己写一个可视化程序。我是读取fch的Primitive exponents ，Contraction coefficients ，P(S=P) Contraction coefficients ，Alpha MO coefficients 。
按照fch文件的数据顺序进行原子轨道组合，组合出的原子轨道数目和fch文件的也对应上了。首先归一化球谐函数的高斯函数，后带入X,Y,Z格点的数据，计算R,THETA,PHI，带入归一化后的高斯函数进行计算，组合原子轨道，在带入分子轨道系数组合分子轨道。但是P轨道的可视化一直是错误的，是一个半球形，无法和GaussView对应上。老师您看有哪些地方可能会出现问题的地方吗，麻烦您了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-10-27 14:45:30

小白努力学习发表于 2024-10-27 03:24
老师有需求需要自己写一个可视化程序。我是读取fch的Primitive exponents ，Contraction coefficients ， ...

是不是只作了轨道值>0的等值面，没有作轨道值<0的等值面？
我以前写过一个开源的轨道可视化程序http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 1&fromuid=21811，可以参考一下

小白努力学习 · 发表于 Post on 2025-2-16 20:21:01

wzkchem5 发表于 2024-10-27 14:45
是不是只作了轨道值>0的等值面，没有作轨道值

老师非常感谢您这个程序，我现在已经写出来了。我还有一个问题：对于使用球谐高斯函数作为基函数的程序是不是需要把分子轨道系数转换为笛卡尔坐标系下的才能进行分子轨道可视化？我尝试过直接利用球坐标进行分子轨道可视化，结果不太理想

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-2-17 01:18:25

小白努力学习发表于 2025-2-16 13:21
老师非常感谢您这个程序，我现在已经写出来了。我还有一个问题：对于使用球谐高斯函数作为基函数的程序是 ...

如果程序实现正确的话，可以直接基于球谐函数做可视化。结果不理想可能是因为有bug，因为不同程序、不同波函数文件格式里面各个球谐函数的排列顺序可能不同，符号convention可能也不同

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