求助：利用cp2k模拟甲醇轨迹文件出现程序停止

Akaiconan · 发表于 Post on 2021-4-8 21:30:25

本帖最后由 Akaiconan 于 2021-4-8 21:28 编辑

各位好，我最近按照一份来自travis官网的教程文件进行练习，教程中第一部分给出了一个甲醇分子的cp2k输入文件，用于得到一个用在红外光谱计算的轨迹文件。我在cp2k8.1版本中跑这个输入文件，程序出现了终止。由于还没出新手村，望请各位帮忙看一下问题所在。下方前两条分隔线之间为输出文件的详细信息，后两条分割线之间为输入文件的详细信息。
报错信息：

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* ___                                                                      *
*  / \                                                                   *
* [ABORT]                                                                   *
*  \___/                invalid value for enumeration:ATOMIC             *
* |                                                                      *
*  O/|                                                                      *
* /| |                                                                      *
* / \                                  input/input_enumeration_types.F:218 *
*******************************************************************************

===== Routine Calling Stack =====

         7 val_create_parsing
         6 section_vals_parse
         5 section_vals_parse
         4 section_vals_parse
         3 section_vals_parse
         2 section_vals_parse
         1 read_input

*******************************************************************************
* ___                                                                      *
*  / \                                                                   *
* [ABORT]                                                                   *
*  \___/                invalid value for enumeration:ATOMIC             *
* |                                                                      *
*  O/|                                                                      *
* /| |                                                                      *
* / \                                  input/input_enumeration_types.F:218 *
*******************************************************************************

===== Routine Calling Stack =====

         7 val_create_parsing
         6 section_vals_parse
         5 section_vals_parse
         4 section_vals_parse
         3 section_vals_parse
         2 section_vals_parse
         1 read_input

*******************************************************************************
* ___                                                                      *
*  / \                                                                   *
* [ABORT]                                                                   *
*  \___/                invalid value for enumeration:ATOMIC             *
* |                                                                      *
*  O/|                                                                      *
* /| |                                                                      *
* / \                                  input/input_enumeration_types.F:218 *
*******************************************************************************

===== Routine Calling Stack =====

         7 val_create_parsing
         6 section_vals_parse
         5 section_vals_parse
         4 section_vals_parse
         3 section_vals_parse
         2 section_vals_parse
         1 read_input

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* ___                                                                      *
*  / \                                                                   *
* [ABORT]                                                                   *
*  \___/                invalid value for enumeration:ATOMIC             *
* |                                                                      *
*  O/|                                                                      *
* /| |                                                                      *
* / \                                  input/input_enumeration_types.F:218 *
*******************************************************************************

===== Routine Calling Stack =====

         7 val_create_parsing
         6 section_vals_parse
         5 section_vals_parse
         4 section_vals_parse

输入文件内容：

&GLOBAL
  PROJECT Methanol
  RUN_TYPE MD
  PRINT_LEVEL LOW
&END GLOBAL

&FORCE_EVAL
  &DFT
BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT
POTENTIAL_FILE_NAME POTENTIAL
&MGRID
   CUTOFF 280
   REL_CUTOFF 40
   NGRIDS 5
&END MGRID
&SCF
   SCF_GUESS ATOMIC
   MAX_SCF 200
   &OT
      MINIMIZER ATOMIC
      PRECONDITIONER FULL_SINGLE_INVERSE
   &END OT
   &PRINT
      &RESTART
      &EACH
         MD 0
      &END EACH
      &END RESTART
   &END PRINT
&END SCF
&LOCALIZE
   METHOD CRAZY
   MAX_ITER 2000
   &PRINT
      &WANNIER_CENTERS
      IONS+CENTERS
      FILENAME =methanol_wannier.xyz
      &EACH
         MD 5
      &END EACH
      &END WANNIER_CENTERS
   &END PRINT
&END LOCALIZE
&XC
   &XC_FUNCTIONAL BLYP
   &END
   &XC_GRID
      XC_DERIV NN10_SMOOTH
      XC_SMOOTH_RHO NN10
   &END XC_GRID
   &VDW_POTENTIAL
      DISPERSION_FUNCTIONAL PAIR_POTENTIAL
      &PAIR_POTENTIAL
      TYPE DFTD3
      PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat
      REFERENCE_FUNCTIONAL BLYP
      &END PAIR_POTENTIAL
   &END VDW_POTENTIAL
&END XC
  &END DFT

  &SUBSYS
&CELL
   ABC 10.0 10.0 10.0
&END
&COORD
   H    0.84754       0.03474       1.03453
   C    0.35048       0.00675       0.06084
   H    0.63507       0.89276    -0.52006
   H    0.66249    -0.89338    -0.48283
   0    -1.01083    -0.00823       0.36439
   H    -1.48520    -0.03263    -0.45685
&END
&KIND H
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-BLYP-q1
&END
&KIND 0
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-BLYP-q6
&END
&KIND C
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-BLYP-q4
&END
  &END SUBSYS
&END FORCE_EVAL

&MOTION
  &MD
ENSEMBLE NVT
STEPS 60000
TIMESTEP 0.5
&THERMOSTAT
   TYPE NOSE
   &NOSE
      TIMECON 100
   &END
&END THERMOSTA
TEMPERATURE 400
  &END MD
  &PRINT
&RESTART
   BACKUP_COPIES 0
   &EACH
      MD 1
   &END EACH
&END RESTART
&END PRINT
&END MOTION

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-10 05:55:21

去掉MINIMIZER ATOMIC

asdw_15951 · 发表于 Post on 2021-4-23 15:44:30

sobereva 发表于 2021-4-10 05:55
去掉MINIMIZER ATOMIC

老师可以详细解释一下吗，为什么去掉这行就能解决了

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-23 16:10:52

asdw_15951 发表于 2021-4-23 15:44
老师可以详细解释一下吗，为什么去掉这行就能解决了

本来这就不是&OT的MINIMIZER里的设置，写这个完全莫名其妙。能写什么看手册https://manual.cp2k.org/cp2k-8_1 ... F/OT.html#MINIMIZER

asdw_15951 · 发表于 Post on 2021-4-25 19:53:36

sobereva 发表于 2021-4-23 16:10
本来这就不是&OT的MINIMIZER里的设置，写这个完全莫名其妙。能写什么看手册https://manual.c ...

谢谢

嘤嘤嘤 · 发表于 Post on 2025-2-24 09:17:03

sobereva 发表于 2021-4-23 16:10
本来这就不是&OT的MINIMIZER里的设置，写这个完全莫名其妙。能写什么看手册https://manual.c ...

老师，我用CP2K跑MTD定义两个原子之间的坐标，运行任务也是同样的报错，但是我没有MINIMIZER的设置，请问如何解决呢？
&COLVAR
   &DISTANCE
      &POINT
      TYPE SINGLE_ATOM
      ATOMS 623
      &END POINT
      &POINT
      TYPE SINGLE_ATOM
      ATOMS 621
      &END POINT
   &END DISTANCE
&END COLVAR
  &END SUBSYS
&END FORCE_EVAL
&GLOBAL
  PROJECT MTD
  RUN_TYPE MD
  PRINT_LEVEL LOW
  &TIMINGS
   THRESHOLD 0.000001
  &END
&END GLOBAL
&MOTION
  &MD
ENSEMBLE NVT
STEPS 10000
TIMESTEP 0.5
TEMPERATURE 300.0
&THERMOSTAT
   &NOSE
      TIMECON 100
   &END NOSE
&END
  &END MD
  &FREE_ENERGY
&METADYN
   DO_HILLS .TRUE.
   WW 0.01
   NT_HILLS  100
   &METAVAR
      SCALE 0.1
      COLVAR 1
   &WALL
      POSITION 0.001
      TYPE QUADRATIC
         &QUADRATIC
            DIRECTION WALL_MINUS
         K [kcalmol] 50.0
         &END QUADRATIC
      &END WALL
   &WALL
      POSITION  1.1
      TYPE QUADRATIC
         &QUADRATIC
            DIRECTION WALL_PLUS
         K [kcalmol] 50.0
         &END QUADRATIC
      &END WALL
   &END METAVAR
   &PRINT
      &COLVAR
         COMMON_ITERATION_LEVELS 3
         &EACH
         MD 1
         &END
      &END
      &HILLS
         COMMON_ITERATION_LEVELS 3
         &EACH
         MD 1
         &END
      &END
   &END
&END METADYN
&END
&END MOTION

sobereva · 发表于 Post on 2025-2-24 11:40:44

嘤嘤嘤发表于 2025-2-24 09:17
老师，我用CP2K跑MTD定义两个原子之间的坐标，运行任务也是同样的报错，但是我没有MINIMIZER的设置，请问 ...

同时上传完整的输入输出文件，别光贴一部分出来

嘤嘤嘤 · 发表于 Post on 2025-2-24 12:22:18

sobereva 发表于 2025-2-24 11:40
同时上传完整的输入输出文件，别光贴一部分出来

老师，这是我修改后运行十秒报错的输入输出文件，麻烦您看下

sobereva · 发表于 Post on 2025-2-24 12:55:58

嘤嘤嘤发表于 2025-2-24 12:22
老师，这是我修改后运行十秒报错的输入输出文件，麻烦您看下

既然提示了 invalid value for enumeration:SINGLE_ATOM ，显然在输入文件里搜SINGLE_ATOM，照着相应版本的手册弄清楚为什么不能写这个

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