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[辅助/分析程序] 免费提供有机小分子的构象分析/构象搜索测试

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本帖最后由 Hugo_314cat 于 2025-3-4 09:41 编辑

欢迎大家提供有机小分子来对我的构象分析机进行测试,我会不定时跟帖告知分析结果(结构以.gjf文件格式记载,压缩包名称中会提供InChI-Key、分析耗时、构象数等信息)以供学习交流。
计算级别为GFN2-xtb。

为不打扰到我的日常工作,对于提供的小分子作如下要求:
1. 总原子数<=50;
2. 必须以SMILES形式提供分子(ChemDraw支持复制为SMILES);
3. 必须是单一分子;
4. 不要含有自由基、卡宾、金属配键等;
5. 不要提供特别柔性的分子(比如一根长碳链),因为分析机很难handle之(见附件中的n-C15H32)。

不要一下子提供很多分子,我很可能会忙不过来。

分析程序为自编的ChemCrackX。


附件中提供了n-C15H32的示例。
Generated_by_CCX_YCOZIPAWZNQLMR-UHFFFAOYSA-N_195confs_timing=86s.tar.xz (104.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)




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发表于 Post on 2025-3-2 16:11:03 | 只看该作者 Only view this author
请问8个碳的碳链是否可以呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-2 16:15:37 | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2025-3-2 16:11
请问8个碳的碳链是否可以呢

试了下,能找到global minimum。

Generated_by_CCX_TVMXDCGIABBOFY-UHFFFAOYSA-N_41confs_timing=20s.tar.xz (12.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)


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发表于 Post on 2025-3-2 22:13:11 | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2025-3-2 16:11
请问8个碳的碳链是否可以呢

为什么是8个碳?不可以16个碳?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-3 10:40:43 | 只看该作者 Only view this author
gog 发表于 2025-3-2 22:13
为什么是8个碳?不可以16个碳?

我在这篇文里搞的快速分析程序(和之前我发布的搜索程序是不一样的)的主要研究对象是日常的带一定结构刚性的有机小分子,由于长碳链等高柔性分子它本身构象大致是随着链长度指数增长的,个人认为对它做正常意义上的构象分析是irrational的。
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