Amber24平衡过程分子逐渐散开，一些水分子成团聚拢

wait-wu

使用的参数在附件中（主要模仿Charmmgui的参数文件，因为直接运行charmm的脚本会报错不知道整么解决），请问这是什么原因呢？是因为轨迹没有周期性边界处理吗？但处理后虽然固定盒子了。但更乱了,发现NVT正常些，一旦NPT就崩了好像

wait-wu

进一步平衡后面直接散开了，满天星。。

bitterblossom

就两张图连是什么体系都看不出来，最好把charmm-gui给你的pdb,parm7,rst7文件还有全部的md.in都传一下。应该不是pbc的问题，pbc默认是开的。而且控压的情况下没有周期性会在模拟前报错，因为控压算法需要周期性。
有可能是cuda的问题，不过我没遇到过，之前有个帖子说高版本的cuda可能有类似的情况。

charmm-gui的脚本报错是脚本本身无法运行？那是个csh的脚本不是bash的。

wait-wu

bitterblossom 发表于 2025-7-24 10:23
就两张图连是什么体系都看不出来，最好把charmm-gui给你的pdb,parm7,rst7文件还有全部的md.in都传一下。应 ...

我之前的帖子就是报错的过程，这次是具体的可视化了一下，没上传是因为觉得charmmgui生成的都应该大差不差，抱歉，我运行脚本就是csh -x README，脚本报错估计也是npt然后这个盒子会变太大就运行不下去了。另外我换gmx正常了（会提示电荷不为0的警告，我忽略警告后看log发现系统电荷为0，gmx就遇到这个），而且更快一点好像。