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[新手求助] 求助orca有机分子结构优化的弧度问题

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使用orca对文章中的分子进行结构优化,共轭平面有一定的弧度。使用chem3D的MMFF94预优化是没有弧度的 。请问下,这种分子本身就有弧度还是优化有问题?关键词:! wB97M-V def2-TZVP def2/J VeryTightSCF opt noautostart miniprint;

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发表于 Post on 2025-3-5 10:20:51 | 只看该作者 Only view this author
https://journals.iucr.org/paper?S1600536803001612 CCDC中的结构

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-5 10:38:54 | 只看该作者 Only view this author
Fyl 发表于 2025-3-5 10:20
https://journals.iucr.org/paper?S1600536803001612 CCDC中的结构

谢谢。那是我优化的有问题了。能请问下问题出在哪里么?我使用Gaussian也跑过,wB97XD/def2TZVP,也是有弧度的。

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发表于 Post on 2025-3-5 10:59:43 | 只看该作者 Only view this author
单晶的结构也会受到packing的影响,gas phase优化的结构不一定非要和单晶的结构保持一致。
可以换一个泛函试试?
Ph.D. (Hiroshima Univ.), PostDoc @Kyoto University
E-mail: wang.zhe.dr@gmail.com
Homepage: wongzit.github.io

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发表于 Post on 2025-3-5 12:50:52 | 只看该作者 Only view this author
注意看此文,了解孤立状态和晶体环境中的差异
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

力场和像样的DFT计算结果不符的情况,显然是力场有问题。诸如MMFF94会把弯曲的碗烯优化成平面的(类似碗烯构象变换的过渡态结构),明显是MMFF94定性错误
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-5 14:03:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-5 12:50
注意看此文,了解孤立状态和晶体环境中的差异
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要 ...

好的,谢谢社长。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-5 14:03:52 | 只看该作者 Only view this author
wangzhe 发表于 2025-3-5 10:59
单晶的结构也会受到packing的影响,gas phase优化的结构不一定非要和单晶的结构保持一致。
可以换一个泛函 ...

好的,谢谢您。

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