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[NAMD] NAMD处理非标准氨基酸拓扑文件

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请教一下各位,在用NAMD进行蛋白质体系动力学模拟时,由于存在一个非标准氨基酸TPO导致拓扑文件无法生成,这个该怎么解决呢?
树欲静而风不止

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发表于 Post on 2017-3-6 10:45:56 | 只看该作者 Only view this author
只能自己解决。官网上有教程。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-6 11:41:12 | 只看该作者 Only view this author
xpyp 发表于 2017-3-6 10:45
只能自己解决。官网上有教程。

可以给个链接吗
树欲静而风不止

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发表于 Post on 2017-3-6 14:41:01 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2017-3-6 16:46:53 | 只看该作者 Only view this author
额,你可以用amber处理好后再去NAMD跑

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发表于 Post on 2017-3-6 16:47:31 | 只看该作者 Only view this author
非标准氨基酸的话可能要加载他的力场啦,有一些可以删除,要看情况吧

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