如何确定小分子抑制剂的质子化状态

wwwv · 发表于 Post on 2025-3-18 10:19:56

我在建立含有小分子抑制剂Ensitrelvir的蛋白质复合物模型时，发现小分子有好多种状态。我在蛋白质数据库下载的和用Protoss预测的都是第一种。但是我看文献和查看抑制剂的结构都是第二种。我在模拟前应该用那种啊

exity · 发表于 Post on 2025-3-18 10:22:35

p...pka?

wwwv · 发表于 Post on 2025-3-18 10:24:39

exity 发表于 2025-3-18 10:22
p...pka?

是的，老师

imasen · 发表于 Post on 2025-3-18 10:51:38

两个是互变异构体，给两个结构分别优化，对比下隐式溶剂下的自由能，就知道室温下的玻尔兹曼分布比了。Crest可以在半经验精度下直接给出比例（https://crest-lab.github.io/cres ... utomerism-screening），玻尔兹曼布局比计算可以看这个（https://en.wikipedia.org/wiki/Boltzmann_distribution）。

wwwv · 发表于 Post on 2025-3-18 10:55:29

imasen 发表于 2025-3-18 10:51
两个是互变异构体，给两个结构分别优化，对比下隐式溶剂下的自由能，就知道室温下的玻尔兹曼分布比了。Cres ...

感谢老师解答，我研究一下

Serious · 发表于 Post on 2025-3-19 09:49:11

稍再讨论：确定小分子在溶液的优势质子化态后，可以看看与蛋白里的结合构象是否匹配。毕竟溶液环境和蛋白环境还是有差别的。

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[蛋白质建模] 如何确定小分子抑制剂的质子化状态