分子解离的动力学模拟的自选多重度设置问题？

14xlliu · 发表于 Post on 2017-3-20 00:15:11

想请教一下各位，求分子解离的动力学模拟，自选多重度是设置解离前（0，1）的还是解离后（0，3）的？需要设置盒子吗，应该怎么设置？刚接触动力学，看到的都是很零散的东西或者很纯理论的东西，不是很懂，请各位大神批评指教，万分感谢。

jiangning198511 · 发表于 Post on 2017-3-20 12:24:51

经典分子动力学不能计算键断裂

14xlliu · 发表于 Post on 2017-3-20 15:12:45

jiangning198511 发表于 2017-3-20 12:24
经典分子动力学不能计算键断裂

Dmol3中的动力学计算不是从头算分子动力学吗？forcite应该是不行。

jiangning198511 · 发表于 Post on 2017-3-20 16:18:34

14xlliu 发表于 2017-3-20 15:12
Dmol3中的动力学计算不是从头算分子动力学吗？forcite应该是不行。

是从头算动力学，反正VASP是体系可以自己调整，DMOL我就不知道了，可以设置为开壳层的单重态

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-20 16:19:14

盒子不用设。
通常以哪个结构为起点来计算，自旋多重度就设什么结构下的基态情况（除非你研究激发态势能面的解离）

14xlliu · 发表于 Post on 2017-3-20 16:59:44

sobereva 发表于 2017-3-20 16:19
盒子不用设。
通常以哪个结构为起点来计算，自旋多重度就设什么结构下的基态情况（除非你研究激发态势能面 ...

谢谢老师，还想请教一个问题，如果想得到它是在什么温度下可以解离的是做不同温度梯度的动力学模拟吗，直到键断开？我看一个网友提供的用CP2K来模拟NaCl的解离过程（https://www.cp2k.org/exercises:2015_ethz_mmm:nacl_free_energy），得到解离的势能曲线和自由能曲线，是否可以根据这两条曲线拟合出它的解离温度呢，小白一个如果说错了什么请多多包涵。

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-21 00:31:07

14xlliu 发表于 2017-3-20 16:59
谢谢老师，还想请教一个问题，如果想得到它是在什么温度下可以解离的是做不同温度梯度的动力学模拟吗，直 ...

直接做不同温度下MD，看什么时候能解离就完了。
自由能曲线没法用来告诉你什么温度能解离，倒是可以用来代入TST公式计算不同温度下解离的k

14xlliu · 发表于 Post on 2017-3-21 09:20:22

sobereva 发表于 2017-3-21 00:31
直接做不同温度下MD，看什么时候能解离就完了。
自由能曲线没法用来告诉你什么温度能解离，倒是可以用来 ...

好，谢谢老师。

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