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[其它程序] 如何构建三层石墨烯结构

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楼主
请教各位老师,如何正确构建三层石墨烯结构呢,此外,使用该模型进行后续动力学模拟时,相应的top文件应是仅包含两个碳原子的石墨烯原胞呢,还是完整的六摊环结构呢?

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发表于 Post on 2025-3-13 21:34:00 | 只看该作者 Only view this author
1.很多建模软件就能实现。
2.sobtop网址就有类似体系的详细介绍,可以看看,我记得是需要扩胞。
愿艾欧尼亚之灵指引你。

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发表于 Post on 2025-3-14 04:20:51 | 只看该作者 Only view this author
1 用GaussView、Multiwfn等程序基于石墨的原胞进行扩胞并删除多余的层,只保留三层

2 如果你用GROMACS模拟,推荐用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生拓扑文件,是把扩胞后的结构给sobtop而不是原胞的,因此包含所有碳原子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-20 09:57:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 shichenfeng 于 2025-3-20 10:04 编辑
sobereva 发表于 2025-3-14 04:20
1 用GaussView、Multiwfn等程序基于石墨的原胞进行扩胞并删除多余的层,只保留三层

2 如果你用GROMACS模 ...

非常感谢老师的回复。

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