计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 292|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Sobtop] 求助sobtop生成的文石碳酸钙的top文件缺失了二面角

[复制链接 Copy URL]

3

帖子

0

威望

126

eV
积分
129

Level 2 能力者

我用sobtop生成文石碳酸钙的拓扑文件,没有生成碳酸根中的二面角。我在sobtop根目录文件中的bondcrit.dta里做了如下的限制:Ca O  0.0 2.4、Ca C  0.0 2.9、Ca Ca 0.0 3.8 。

jingbao.itp

4.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

jingbao.pdb

1.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-3-19 14:30:16 | 只看该作者 Only view this author
碳酸根和Ca之间是离子键,Ca-Ca、Ca-C根本不成键,根本就不应该让它们判断为成键。不要什么晶体都盲目效仿http://sobereva.com/soft/Sobtop里面SiO2之类的共价晶体的例子
用sobtop直接对碳酸根产生拓扑文件,结合ions.itp里的Ca离子的拓扑信息做模拟就完了

此外,碳酸根本来就不牵扯到二面角。而且即便不用improper项,光靠三个angle项在MD中其平面性也不会有显著破坏
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

3

帖子

0

威望

126

eV
积分
129

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-20 17:26:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-19 14:30
碳酸根和Ca之间是离子键,Ca-Ca、Ca-C根本不成键,根本就不应该让它们判断为成键。不要什么晶体都盲目效仿h ...

感谢sob老师提示,这里我是做的限制不让Ca-C、Ca-Ca成键,我想复现一篇计算文石碳酸根的弹性模量的文章https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp202743v,以此来学习分子动力学。学的过程中确实在效仿http://sobereva.com/soft/Sobtop/里的例子。二面角是因为文章里的总势能提到了,所以比较纠结

aaa.png (81.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

aaa.png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-3-20 18:04:01 | 只看该作者 Only view this author
Plat1num 发表于 2025-3-20 17:26
感谢sob老师提示,这里我是做的限制不让Ca-C、Ca-Ca成键,我想复现一篇计算文石碳酸根的弹性模量的文章ht ...

就那么四个原子,非要加就手动填上就完了

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +4 收起 理由
Reason
Plat1num + 4 我很赞同

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 06:35 , Processed in 0.163288 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list