根据PMF求算binding constant

zhaoxin · 发表于 Post on 2018-4-23 09:53:47

向各位大神求助，审稿人有一个问题，Inorder to investigate the adsorption efficiency of the chloroform on the surfaceof CPNS, I think that the PMF profiles as a function of radial distance between the channel axis and achloroform in the outside of the CPN are also needed so that we can estimate a binding constant of the chloroform to the surface of theCPN. This time the z coordinate of a single chloroform will be fixed,let say z =0, and the PMF profiles are calculated as a function of the radialdistance sqrt (x2 +y2).这样的一个问题，我目前做出了径向的PMF，但是具体怎么根据PMF来计算binding constant ,我看到文献上有相关计算，但是涉及到好多公式，不知道具体该怎么计算，求大神指导，下面的图是氯仿分子在径向上的PMF曲线。

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-4-23 10:53:27

选定一个距离，左边为结合态，右边为非结合态，然后根据公式积分就行，手机打公式不方便，你搜下我以前在论坛里的回答

zhaoxin · 发表于 Post on 2018-4-23 11:21:45

这个公式G0 = − kBT ln K转换成的吗

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-4-23 15:09:31

zhaoxin 发表于 2018-4-23 11:21
这个公式G0 = − kBT ln K转换成的吗

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-4-23 15:10:16

fhh2626 发表于 2018-4-23 15:09

ξ是反应坐标，ω是PMF

zhaoxin · 发表于 Post on 2018-4-23 15:46:43

嗯嗯，我看到了，还有想问下，您说的积分其实算出来的是binding energy然后利用公式直接算binding constant的是吗，麻烦您了

zhaoxin · 发表于 Post on 2018-4-23 22:06:01

大神，想求Binding constant,怎么利用PMF曲线求出detaG的值呢，是对PMF曲线进行积分吗？跪求大神指导，看了一天了也没看明白

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-4-25 09:25:01

zhaoxin 发表于 2018-4-23 15:46
嗯嗯，我看到了，还有想问下，您说的积分其实算出来的是binding energy然后利用公式直接算binding constant ...

是先算出结合自由能，你要选取一个点，左边为结合态，右边为分离态

然后进行积分啊，公式里w就是自由能曲线，然后ksi是反应坐标

积分就是求和，比如你width=0.1，那d(ksi)就是0.1，w(ksi)就是不同ksi时对应的自由能值

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-4-25 09:26:36

本帖最后由 fhh2626 于 2018-4-25 09:27 编辑

fhh2626 发表于 2018-4-25 09:25
是先算出结合自由能，你要选取一个点，左边为结合态，右边为分离态

然后进行积分啊，公式里w就是自由 ...

分子从ksi=12开始，累加到你选的那个值，分母从你选的那个值开始累加到38.4

zhaoxin · 发表于 Post on 2018-4-25 10:13:29

嗯嗯，看明白了，非常感谢大神指导

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