Gromacs/PLUMED 联用实现特定位置浓度差恒定的非平衡分子动力学模拟请教

芝士栗子小甜饼 · 发表于 Post on 2021-10-10 09:17:24

各位老师好，我在一篇文献上看到它使用PLUMED插件实现了特定位置浓度差恒定的非平衡分子动力学模拟，通读了一遍PLUMED的manual但可能还是没有搞懂这个功能到底怎么用。请教一下各位老师，浓度差恒定的实现是与PLUMED中哪个功能挂钩的呢？

Seymour · 发表于 Post on 2021-11-2 16:27:04

你好，请问你知道怎样实现浓度差恒定了吗？

芝士栗子小甜饼 · 发表于 Post on 2021-11-3 19:45:54

Seymour 发表于 2021-11-2 16:27
你好，请问你知道怎样实现浓度差恒定了吗？

我并没有找到gromacs怎样实现这个功能，但是lammps实现这个功能还蛮简单的。

Seymour · 发表于 Post on 2021-11-4 08:48:32

芝士栗子小甜饼发表于 2021-11-3 19:45
我并没有找到gromacs怎样实现这个功能，但是lammps实现这个功能还蛮简单的。

好的，谢谢你啦。我去学习一下lammps

筛石灰 · 发表于 Post on 2025-3-27 23:38:50

芝士栗子小甜饼发表于 2021-11-3 19:45
我并没有找到gromacs怎样实现这个功能，但是lammps实现这个功能还蛮简单的。

请问在lammps上如何实现呀

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[GROMACS] Gromacs/PLUMED 联用实现特定位置浓度差恒定的非平衡分子动力学模拟请教