公社群聊Q&A整理：2017.02.16 04 ~ 2017.03.03 17 Concate（含既往全文）

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-3-8 16:08:14

本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-8-25 03:02 编辑

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2017.02.16 03:40:02
Q:
请问在做Counterpoise Correction时，ORCA帮助文件里提到的
[图片]
(3)Now, the final calculation consists of calculating the energies of A and B at the dimer geometry but with the dimer basis set. 是什么意思？
我没看懂，这个算的[图片]和第一步中算的
[图片]有什么区别呢？
请问在做Counterpoise Correction时，ORCA帮助文件里提到的
[图片]
(3)Now, the final calculation consists of calculating the energies of A and B at the dimer geometry but with the dimer basis set. 是什么意思？
我没看懂，这个算的[图片]和第一步中算的[图片]有什么区别呢？
A:
参考
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
Q:
那篇博客的文章我看是总共求5个体系的能量，而ORCA帮助文件里
第一步要求3个能量，第二步2个能量，第三步2个能量，总共是7个能量，相差在哪呢？
是因为“在实际中为了方便、省时往往做这样的近似：E_A`=E_A，E_B`=E_B”近似吗？
如果有这样的近似，那么请问我在ORCA帮助文件里对应的是省去第二步还是第三步的计算？
A:
orca手册里计算的相互作用能考虑了结合过程中片段的形变（变形能），注意能量项的上标。博文里用那个近似时，以及高斯中用counterpoise关键词时输出文件末尾给出的结合能都没有考虑变形能
Q:
明白了，谢谢！
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2017.02.16 03:50:06
Q:
请问大家有人电脑中过勒索病毒么，需要支付比特币
一个工作站全部文件都被加密了
[图片]
A:
ˆ牵引中过。文件基本没救了，除非交赎金。虽然网上也有程序号称能解锁，但我试过没用。好在我有备份基本没什么损失
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2017.02.16 03:59:59
Q:
好的谢谢啦[图片] 这一行之后就是NONBON了吧/呲牙
A:
网上有amber程序的力场.dat格式的官方说明，照着看
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2017.02.16 04:26:12
Q:
请教一下，这种图是ELF的域还是盆呢，要是域的话，那文中彩色标出的部分准确的应该怎么翻译呢[图片][图片]
A:
图像是ELF域。但是标注时用的是盆的符号
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2017.02.16 04:31:45
Q:
关联一致极化基组是怎么得来的？与GTO有关系么？搞不懂....
A:
怎么来的原文里说得很明白。相关一致性基组显然是基于GTF的
Q:
是指1989年Dunning的那篇论文麽？
A:
dunning系列基组有一大批文章，EMSL上获取基组定义时就能看到原文
Q:
刚才已经在维基百科搜到，大概了解了一点。同时下载了Dunning的论文，已拜读。
A:
把群共享里基组入门资料小合集里面的内容都看了，足够你理解此基组的
Q:
都看了下，只是感觉懂了一点……学生愚昧，多谢社长赐教
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2017.02.16 05:07:43
Q:
老师，请问用g09对优化好的结构做完NBO分析得到log文件之后，如何才能看出键的极性和强弱呀？
A:
NBO并没法直接判断键的强弱，除非有前提。
极性也没法直接考察，但NBO里的dipole关键
NBO并没法直接判断键的强弱，除非有前提。
极性也没法直接考察，但NBO里的dipole关键词或者用NRT分析有点用处。也可以结合原子电荷的差异来考察
Multiwfn也有计算键的极性的功能
词或者用NRT分析有点用处。也可以结合原子电荷的差异来考察
Multiwfn也有计算键的极性的功能
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2017.02.16 17:00:45
Q:
sob老师，三人一起报，填一个报名表还是三个分开弄？
[图片]参加过量化班，再参加gmx班费用可以减免300吗
A:
分开弄。
只有参加过第一届动力学班的才有优惠，通知里写明了
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2017.02.16 18:11:08
Q:
老师，我做CDA分析，multiwfn总闪退，你看我的文件有什么问题？
A:
复合物和片段文件里的原子顺序不一致。
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2017.02.16 19:33:46
Q:
以后报名都是以群活动的方式吗
这样挺方便的[表情]
A:
Tsao 显然不是以群活动方式参加的。里面写明了，在哪看报名方式
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2017.02.16 20:11:22
Q:
sob能来成都开班不
大西南地区需求旺盛啊
A:
短期内不会在北京以外开班
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2017.02.16 22:53:52
Q:
请问各位大神，我用pop=full 的命令算HOMO,LUMO，chk文件用GV打不开，fchk文件打开是这样的[图片]，请问这是什么情况呢？
A:
机子里没装高斯，或者gview没识别出高斯的安装目录
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2017.02.16 23:21:18
Q:
vasp计算出来的波函数也可以用Multiwfn分析吗？
这个是分析vasp波函数的吗？
A:
因为不支持平面波
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2017.02.17 06:35:39
Q:
GAMESS-UK 这个是免费吧？
A:
GAMESS-UK只对英国用户免费，-US才是彻底免费
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2017.02.17 17:51:03
Q:
请教sob老师，MULTIWFN打印不出电子、空穴及跃迁密度数据，是什么问题？
[图片]
谢谢，那怎么办？
A:
输入文件或者操作过程有误
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2017.02.17 18:03:04
Q:
请问这样的审稿意见怎么改？：作者采用DFT方法对 “某污染物” 的机理进行了研究，不过这些研究都基于反应物的电子结构性质所作的推测。在计算机速度发展很快的今天，把实际的反应机理算出来，比较各通道反应途径的能垒高低或速率大小并非难事。当然，从反应物性质出发推测反应机理任何时候都是有意义的，但毕竟只能给出一些定性的方向，而且还会有误差。能把实际的机理搞清楚，意义更大。还有其它的一些问题，需要作者考虑。 “然后列出了几条修改意见”
需要计算能垒过渡态的计算吗？
本来是按电子结构性质算的预测反应机理
电荷定量分子表面分析福井函数之类的
A:
需要算。除非真的是计算难度太大，超出了当前文章目的，这样才能反驳一下
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2017.02.17 18:43:13
Q:
常说的PBE泛函，在高斯输入文件关键词里写法是不是 PBEPBE
PBE0的写法是PBE1PBE？
想研究一个周期性结构的某片段，晶体数据cif文件转换成pdb后导入gview只能显示最小重复单元，只是感兴趣的结构片段的一部分，这样应该怎么操作才能在gview中显示更多的部分，然后再截取？
A:
Tsao 在gview的pbc界面里设置构建复晶胞的延展次数，然后combine一下即可
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2017.02.17 18:53:52
Q:
[图片] 这个势能面的绘制没横坐标请问需要加吗？
好的谢谢您我师兄一直说我的这个图怎么没有横坐标他要我加上去。[表情]
[图片]这个是有横坐标的呀 @怜光满
对没有刻度我以为说不要横坐标呢[表情]
A:
可加可不加，最好加，示意一下横坐标对应什么
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2017.02.17 18:57:07
Q:
请问有老师可以请教一下怎么标注π-π堆积强度的吗？类似[图片]这种
可是不知道距离值是怎么算出来的
A:
算相互作用能，或者用Multiwfn中的LOLIPOP方法评估相互作用能强度，然后把数值标在图上。也可以用RDG等值面图来示意相互作用区域，并且把相互作用能标注上。参考
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
同一个问题不要发两遍，否则刷屏。而且不要带一堆空行
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2017.02.17 20:02:24
Q:
请教老师们：我在做机理时，过渡态TS用了较小基组进行几何结构计算，发现有两个虚频，大的是所需要的，小虚频是不要的。为了精确计算能量，用了大基组做单点计算，发现大基组计算freq时，只有那个大虚频了。请问，这个几何结构能否用？（文章用的是大基组进行计算的能量）
A:
你得在小基组下把虚频消了之后才能用所得结构做大基组下的单点计算，或者优化和单点都用大基组计算
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2017.02.17 22:23:18
Q:
[图片]
老师，其中对于CH3CONH2这个体系选择的是6 // The orbital index is 6。请问一下原因是什么，同时对于更为复杂体系的取值规则是什么？
A:
随便取的作为示例，你要考察哪个就选哪个轨道
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2017.02.17 23:34:55
Q:
老师，请问在连续介质溶剂化模型的基础上，怎么考虑preferential solvation现象，有没有相关文献推荐？
A:
我不知道你具体指什么，如果是考察水以何种方式结合溶质的倾向性最高，需要用杂化溶剂模型，看看不同方式结合的相互作用能等
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2017.02.17 23:59:00
Q:
请教一个VMD氢键计算的问题，在论坛上看到老师关于氢键计算的帖子，想了解一下vmd的hbond计算插件是否可以直接用于分析计算lammps输出的dump的lammpstrj的文件，在尝试的过程中，由于dump输出的lammpstrj文件没有键连信息，所以后来单独把水分子的氢氧进行了键连，但还是不能通过hbonds命令计算得到结果，怎么改参数输出都是0.请问有人比较了解lammps计算dump输出lammpstrj文件然后用vmd的hbond插件进行氢键分析吗？
A:
lammps我不清楚
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2017.02.18 00:37:38
Q:
(整理Q&A) 请问老师，找MECP不考虑旋轨耦合可以吗
我用的sobMECP软件找MECP呢，不同的多重度
我看sob老师的博文说MECP貌似没有考虑旋轨耦合因为只是涉及到DFT MP2等方法来使用这个程序，如果想要考虑耦合还得用fortran改一下代码用CASSCF方法
A:
不是MECP有没有考虑旋轨耦合，是你用的量化程序在计算时用的哈密顿有没有考虑旋轨耦合。这和MECP代码无关，和你在量化中用的输入文件有关
不同多重度间MECP寻找例子博文里就有例子
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2017.02.18 00:37:38
Q:
[图片]五个值都需要是yes吗
A:
如果有的没满足，但很接近收敛限也可以接受
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2017.02.18 01:03:24
Q:
初级量化班什么时候发布相关的消息
A:
等3月19号第二届分子动力学班结束后过几天就会发布第二届量化初级班的通知
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2017.02.18 01:05:18
Q:
请问算小分子弱相互作用时可以用CCSD进行几何优化吗？或者有什么同等档次的方法。
然后我再用CCSD(T)算单点能。我看sob的博客里几乎提到的都是CCSD(T)，但是这个用数值梯度计算量接受不了。
A:
CCSD优化这种问题很不划算，也不合适。(T)对色散作用贡献很明显，而且CCSD又极为耗时。如果要较准确优化，应当用双杂化泛函，用ORCA里的PWPB95-D3，或者在高斯里用DSD-PBEP86-D3(BJ)最为合适。
CCSD算弱相互作用明显不如最理想的双杂化+D3
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2017.02.18 01:05:18
Q:
请问老师使用闭壳层方法计算具有双自由基性质的分子会造成多大的误差？
A:
看双自由基特征大小，如果是显著双自由基体系，闭壳层计算误差很大。最典型的，比如乙烷解离成两个甲基的过程，用闭壳层计算势能曲线在不稳定点之后完全不对
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2017.02.18 01:06:38
Q:
老师，我的意思是如果是AB双组份混合溶剂（binary solvent mixture），能不能用连续介质考察电子转移反应中心附近是A溶剂占主导还是B溶剂占主导，以及从反应中心向外混合溶剂中成分的变化？还是说做分子动力学？
A:
得结合分子动力学
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2017.02.18 04:56:36
Q:
那中级和高级班岂不是价格会更高？
A:
没有中级班，基础班比初级班会略贵是因为天数更多
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2017.02.18 05:58:49
Q:
[图片]
蛋白跑分子动力学，RMSD先上去再下来，什么原因哎
纵坐标单位是 A
A:
看轨迹考察
若看不出什么特征则没必要过度解释
Q:
恩。这个应该是不正常的对不
A:
不代表不正常
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2017.02.18 06:30:01
Q:
XMVB的手册
[图片]
非常神奇[图片]
看这个输入就觉得坊间传言2^N很合理
[图片]
算个双原子分子要啰嗦这么长一串
CH3Cl的输入文件用了一页半A4纸
A:
简直像NBO的$CHOOSE
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2017.02.18 06:33:21
Q:
请问老师，如果计算精度过高，对电子轨道描述过于详细，是否会引入很多本可以忽略的因素？而这些因素对结果有很大影响，是否也说明了计算一个体系的能量并不一定是精度越高越好？谢谢老师！
A:
意义不明
没法说明那个结论
Q:
老师，是这样的。目前有一篇论文利用高斯得到了两个负二价氧离子之间的对势曲线，但没有给出计算方法和基组，我试图复现它的结果，但是所有试过的高斯基组和方法都失败了，用您推荐的精度较高的CCSD（T）/aug-cc-pVTZ得到的结果和它的曲线相差更多。相反，用计算精度不如高斯的Dmol3模块反而结果接近。所以我是这样分析的，您看可以这么想吗？谢谢
A:
没道理
你先用他们用的计算级别啊
dmol3算分子体系就甭指望有多高精度
也就做做粗放型研究
Q:
它的文章对于氧离子啥也没提，但以钠离子做了说明，选择QCISD(T)/6-311G，确实得到了一致的曲线。
A:
如果真用了6-311G，结果毫无参考意义
Q:
嗯？我以为阳离子不需要弥散极化函数的
A:
不清楚的直接问作者
如果作者水平很烂，没准文中的结果都不对
Q:
看来他的基组选得不行？
就是因为找不到作者的联系方式有一头雾水，不知道他的结果怎么得来的，所以在这麻烦您解答/衰
A:
极化什么时候都得加！
基组烂爆了，居然还敢给CCSD(T)用，贻笑大方
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
写错了，是QCISD(T)
审稿人形同虚设
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2017.02.18 06:51:28
Q:
请教各位老师：增加弥散函数之后，体系增加了80个basis functions,进行单点讲算，比没增加之前的freq计算多用了一天时间，怎么会增加这么多计算时间？
6-31+g(d,p)与6-311g相比，哪个需要的时间长？
A:
显然前者
仔细看此文
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
专门批乱用弥散函数
Q:
6-31+g(d,p)与6-311g（d,p)相比，哪个需要的时间长？
A:
对大体系，前者
仔细看博文，里面都说了
Q:
好吧。看来不该用mp2。
A:
注意看群文件里的群规
Q:
其实如果泛函可以很好体现色散力和库仑作用，优化具有近百个原子的超分子模型时，可以不加弥散函数吧
A:
此时3-zeta对于优化结构够用了。2-zeta又不带弥散的话除非用了gCP，否则不理想。
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2017.02.18 06:51:40
Q:
大神。 freq啥时候需要算? 用了mp2/cc-pvtz, 30多个原子，还能算的动。又加了两个苯环，一下子就算不动了。
A:
验证有无虚频
获得热力学量
获得与分子振动有关的谱，如IR、Raman、VCD
...
没事甭用MP2
用得起MP2就用双杂化
用不起双杂化就用普通泛函
计算和能量、势能面有关的问题时，除了算氢键等个别情况MP2表现很好以外，一律不要用MP2
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2017.02.18 07:02:54
Q:
老师，问您一下量化初级班开设的时间定了没，到时候会讲那些内容。
A:
定了的时候就会在www.keinsci.com上通知，还没注明就是没定。讲的内容参看第一届的通知（官网上有）
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2017.02.18 07:16:54
Q:
看到文献用uM06/6-31+G(d,p)-SDD//uM06/LANL2DZ level of theory。请问在结构优化时，体系中的C，H用Lanl2dz准确还是6-31g?
体系较大，先优化结构，再扩大基组计算能量的。请问优化结构C，H用6-31g是否可行？我看到博文中是不赞成6-31g,但体系真的是大太了。
我看到文献是用用uM06/6-31+G(d,p)-SDD//uM06/LANL2DZ
请问，C，H用Lanl2dz比6-31g大？
A:
实在不行用混合基组，不感兴趣的地方用3-21G，重要地方用6-31G*
LANL2DZ描述C是绝对没法接受的
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2017.02.18 11:00:30
A:
把盗版冒牌的计算化学公社给黑了一下/呲牙，进入之后随便点个帖子就会看到
[图片]
大快人心
Q:
[表情]好神奇
A:
动了一番脑筋
Q:
[图片]正在思考如何实现的，木有想出来
A:
欢迎熟悉网络技术的群友一起打掉这个盗版计算化学公社
还是得会点php才行
对方还是很狡猾的
Q:
秘密是不是在左下角[图片]
非常机智[图片]
A:
不是
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2017.02.18 11:18:06
Q:
Sob老师，三月份的分子动力学培训班有事去不了啊，请问下次培训班大概什么时候啊？今年年内还有吗？谢谢
A:
今年年内不好说，如果有的话肯定是在今年最后两个月了
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2017.02.18 11:40:17
Q:
老师，同一个结构，计算单点能HF-311G 成功结束，HF-6311他说Rare condition: small coef for last iteration: 0.000D+00。请问这是什么原因。
A:
哪有叫311G的基组
直接写全关键词
Q:
哈哈哈是321G
# opt uhf/3-21g geom=connectivity
# opt rmp2/6-311++g(2d,p) geom=connectivity这是第二个
A:
差十万八千里
甭管那个提示，如果最后提示SCF不收敛，看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
最好把氢的弥散去掉，若无必要把重原子的弥散也去了，收敛容易得多
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2017.02.18 17:15:01
Q:
刚才试了下，冒牌的计算化学公社依然能进去啊
A:
显然对方会很快找到对策，不可能一下就永久解决
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2017.02.18 17:45:06
Q:
我发现优化三重态的时候 0 3和 0 1 td（triplets）不同这是因为什么呢请大家为我解答一下谢啦
A:
显然0 3和 0 1 td（triplets）不同，前者是UDFT，后者是TDDFT
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2017.02.18 18:07:08
Q:
求教一个问题，[图片]划横线的地方在gauss中应该怎么计算呢？
还请多多指教
A:
是TS与反应物的U(0)之差，前提是这里的配分函数是相对于v=0来计算的
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2017.02.18 19:37:58
Q:
请问在ORCA中，CCSD(T)、MO-CCSTD(T)、AO-CCSD(T)这三种方法有什么区别？后面两个只是CCSD(T)的加速手段吗，或者说其计算结果就是通常意义上的CCSD(T)方法吧？
我在ORCA手册里看到!MO-METHOD (this is the default)，意思是说在输入文件里写CCSD(T)实际上用的就是MO-CCSD(T)，对吗？
可能初态末态构型不合理，或者你算的就不是基元反应
A:
决定计算CCSD(T)时怎么考虑处理双电子积分，原理上只影响计算耗时和内存/硬盘使用，但不影响结果
是
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2017.02.18 21:07:32
Q:
请问，gaussview怎么查看一个分子的三维尺寸
好的，谢谢，记得之前是这样得到的尺寸[图片]，现在忘了[表情]，请问是那个选项得到的呢
A:
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
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2017.02.19 01:24:57
Q:
我用multiwfn做Ni配合物的能量分解，产生new输入文件后运行总是401报错，请问是不是因为Ni用了lanl2dz导致？
A:
检查格式，也许自定义基组和赝势设置的位置不对
----------------------------------------------------
2017.02.19 01:35:05
Q:
请问gaussview可做这咱图吗？[图片]
可做这种图吗？
是填充图，请问在哪个选项中进行？
A:
display format-molecule-Scale Radii by后面的数值设大即可
----------------------------------------------------
2017.02.19 02:09:29
Q:
老师，周期性结构断键之后，与金属原子配位的N用几个H封头合适？
A:
未必用H封闭就合理。看实际当中N连的是什么，尽量使得封闭后边界情况与实际周期性体系中的电子结构相符
----------------------------------------------------
2017.02.19 03:02:44
Q:
各位老师，对于含有酚羟基的化合物，在质谱ESI离子源正离子模式扫描时：实验发现会以质子化正离子和自由基阳离子两种形式存在。文献只报道有质子化正离子，那么如何用计算化学的方法解释这些化合物也容易以自由基阳离子得形式存在呢
[图片]
需要考察哪些参数来比较它们的稳定性
是为了解决实验中的问题，所以来求助的。具体能否解决我还不懂，能推荐一些资料让我学习一下吗
A:
先是考察电离掉电子的过程，可以计算电离能
然后再看阳离子自由基的稳定性，比较普适但耗时的做法是跑从头算动力学，看会不会自发解离。也可以分析各种解离路径的过渡态看势垒高低判断是否容易以相应方式解离
----------------------------------------------------
2017.02.19 03:03:33
Q:
向大家请教个问题，对于下面这个反应，作者搜索了不同构型的过渡态(有反式结构和旁式结构)探讨其机理。我的问题是，这些不同构型的过渡态是彼此单独输入初猜结构进行搜索的吗？谢谢了！[图片]
A:
是
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2017.02.19 03:07:45
Q:
老师请教一下，看文献里有人计算出了穆斯堡尔谱，怎么判断高斯里能不能算呢？穆斯堡尔谱英文简写为MB，在高斯手册里没找到这个，谢谢老师
A:
应该没法直接算。ORCA可以
----------------------------------------------------
2017.02.19 03:07:50
Q:
老师sobMECP程序讲的单重态和三重态的交叉点可以找激发态时的交叉点吗
第一激发态和三重态应该怎么写关键词呢
A:
博文有啊
[图片]
Q:
我保存的只到3.3
A:
看最新版博文
Q:
好的我去论坛
A:
博文总是在不断更新的
Q:
谢谢老师
A:
最好直接去sobereva.com看
Q:
这回知道啦
这个网站存起来
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=55
搞科研的人不要用百度
Q:
老师新博文的sobMECP的地址中的程序也做了修改吧
A:
y
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2017.02.19 03:36:21
Q:
请问用chemdraw保存图片时候格式为tif，标注的字体很清楚，但是图片不够光滑有一道道的圆圈，该怎么处理。如[图片]保存成别的格式又不太清楚，或者有没有别的方案保存体积不太大又比较清楚的图片。谢谢！
A:
貌似自动使用索引色导致的
直接从屏幕上截图就完了
Q:
谢谢sob老师，那么用什么软件截图最清楚啊？
A:
直接按printscreen键
Q:
谢谢sob老师
printscreen键截取单个或几个图可以，要是把一堆分子的图片放一起，再截取就发现不太清楚了
A:
什么叫不清楚？printscreen截的图是无损的，不是有损压缩后的
要么你索性保存成bmp格式，之后再转格式，这倒不会使用索引色降低质量
----------------------------------------------------
2017.02.19 04:06:52
Q:
想请教一下用GROMACS的老师。Check your structure around the location of the problematic water molecule to see if anything is overlapping.这个需要怎么去检查原子坐标重叠问题呢？在EM s时出现的原子重叠问题。
A:
VMD里显示出那个水和附近一定距离的原子，看有无重叠
Q:
有几千个水分子，看估计不好看吧
A:
是
你用选择语句啊，又不是全都显示出来
Q:
卢老师，在VMD选择语句框怎么去输入呢？
A:
selected atoms里输入诸如within 3 of resid 44，显示resid 44附近3埃内的原子
Q:
哦哦
好的，谢谢，卢老师。
卢老师，within 3 of resid 44，我有点没明白。这些数字我怎么设置呢？我原子距离盒子最小距离设置的是1nm。
A:
这和距离边界毫无关系
[图片]
Q:
我知道这个框
A:
resid 44这里假定对应的是水，输进去就完了
[图片]
Q:
还是按照你说的 within 3 of resid 44 这个指令输入进去。我体系里面只有水分子
使用的是spc216。gro
A:
直接优化spc216.gro不可能有问题，本身这个结构就是经过平衡的
除非某些设置上极为不合理
培训里都会讲
第一个例子就是模拟水盒子
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2017.02.19 04:43:00
Q:
[图片]请教老师问题：公式中V（s0）在没有过渡态的时候，是不是就是生成物-反应物的势垒？
A:
有人对键断裂问题是这么处理，但不代表一定很严谨
Q:
我现在就是考虑断键问题，再请教您它不严谨的地方在哪呢？谢谢！
A:
搜Klippenstein的VRC-TST的文章，虽然严谨但计算上很麻烦
----------------------------------------------------
2017.02.19 04:46:25
Q:
各位老师好，咨询一下，这个orientation polarizability就是溶剂的极化率吗？还是什么东西？谢谢指点
A:
不是。应该是因为分子允许整体转动对极化率产生的贡献。具体忘了，可以看atkin书里关于极化率的讨论
----------------------------------------------------
2017.02.19 04:46:25
Q:
咨询一下老师，这个TDA的方式，是不是求频率不行？我这样写：#p BMK/6-31g(d) tda(triplet,root=1) freq
出错为： Inaccurate quadrature in CalDSu.
Error termination via Lnk1e in /home/software/g09D01/g09/l1110.exe at Sat Feb 18 18:49:57 2017.
Job cpu time: 0 days 10 hours 8 minutes 52.3 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 1554 Int= 0 D2E= 0 Chk= 22 Scr= 1
我看以前老师的ppt[图片]
是不是求频率的时候，需要把TDA换为TD？谢谢指点
A:
和TDA无关
----------------------------------------------------
2017.02.19 04:46:28
Q:
[图片]做MECP的时候initio Job老是出问题
老师这是为什么呢
A:
无非就是设定有问题。参考例子
Q:
好的谢谢老师
我看论坛里小范范问的问题，他在关键词中加了td（triplets）这个应该没啥用吧，不影响结果吧 @Sobereva
A:
算T1没必要用TD=triplet，直接0 3就完了
----------------------------------------------------
2017.02.19 05:06:16
Q:
卢老师，我刚刚的问题还是没解决了。要不我把这个gro文件发给你看看。
A:
没时间看文件
等上过培训后还没解决我再看看
----------------------------------------------------
2017.02.19 05:35:28
Q:
老师，我用这个输入文件算的键级，输出文件中怎么没有wiberg bond index matrix in the NBO basis这一项的数据呀？
[图片]
A:
NBOread
Q:
把关键词改成NBOread是么？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.02.19 05:39:02
Q:
runMECP.sh的权限我是用的chmod 777 runMECP.sh 才能运行每次都是这样这样不会出错误吧另外cat: AddtoReportFile: No such file or directory Problem with the ab initio Job 我还是没找到错误的本源谷歌一下没找到
谢谢老师
A:
777肯定没问题
参考例子
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2017.02.19 05:48:40
Q:
各位老师好，我想问一下计算一些金属团簇（比如金、铂、钯、金属氧化物）的量化参数（HOMO、LUMO、ΔHMe+），用高斯可以吗
A:
可
Q:
老师，团簇结构的话是用什么来构建，直接用高斯吗，还是要借助于其它软件，比如MS？@Sobereva
A:
高斯是算的不是建的
MS、VMD等等都能帮你建
Q:
嗯，我意思是先用MS构建了结构文件，然后导入高斯，进行计算吗，不好意思，因为初学，可能有些问题比较低级@Sobereva
A:
导出成诸如pdb文件，再用gview打开，保存成gjf文件，然后填上恰当的关键词用高斯算
----------------------------------------------------
2017.02.19 06:20:14
Q:
我用高斯优化好的分子结构，怎么用MS打开呢
A:
gview打开输出文件，转换成MS能导入的格式
----------------------------------------------------
2017.02.19 07:53:53
Q:
[图片]gview，我导入的自旋密度cub.文件，颜色怎么变？是改这里吗？[图片]
抱歉，占屏了/磕头
A:
surface colors
之后选择default项进行改
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2017.02.19 12:33:38
Q:
听说帅志刚和黎书华被提名为中科院院士候选人
A:
没大刘...
帅志刚希望极大
Q:
去年这几个不都进二轮了
A:
时间问题
----------------------------------------------------
2017.02.19 19:09:17
Q:
molpro,gaussian哪个贵？
A:
molpro
----------------------------------------------------
2017.02.19 19:10:25
Q:
请问固体范德华表面静电势是取0.0025a.u.,而气态是取0.001a.u.，我没记错吧？
A:
凝聚相一般是0.002
----------------------------------------------------
2017.02.20 02:21:09
Q:
今天到了四流高校，谈到了有关国内期刊歧视四流高校的问题
A:
不投他们就好，计算类能投的英文期刊在IF=0.5~1.0也有的是
Q:
我也感觉到了有时候国内期刊比国际更难中
以经换到新单位了啊，速度
新单位如何
考核很轻松
三年发一篇sci 即可
[emoji]
果然宁做鸡头不做凤尾
这道也不是
自己水平有限
也不是鸡头
我们那个时代，都是学生找老师，现在/托腮
[图片]这么说使压力好大
感觉博士毕业没个20片，以后都不好过
/抠鼻找导师还带群发的
[表情]从博一开始就天天思考怎么灌水兴许可以
A:
以前的学校有个人博士参与学校内评奖，还没毕业就50+篇了，至于什么质量就不知道了
----------------------------------------------------
2017.02.20 02:23:51
Q:
请教各位，寻找反应过程中的中间体的流程是不是先找过渡态，然后做IRC，最后选取末端的结构优化即可？如果是，为什么我看文献通过三个过渡态找到了6个中间体结构？是不是作者做了势能面扫描，曲线上的极小点都可认为是中间体？希望有懂得人给指点下，谢谢了。
A:
没有规定的流程。毕竟只是极小点，找的方法多的是。只不过需要通过IRC或虚频模式验证是否是连通TS的极小点
你说的做法只是常用手段之一
----------------------------------------------------
2017.02.20 02:53:38
Q:
A:
gmx check有个有趣的选项
[图片]
----------------------------------------------------
2017.02.20 03:23:45
Q:
想保存优化过程中某一步的坐标，是不是在gview里显示那一步的结构，右键save就可以？
[图片]
A:
y
----------------------------------------------------
2017.02.20 03:32:07
Q:
sob老师，gaussian09中，SMD模型中用externaliteraton 和不用外迭代循环有什么区别？
A:
看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
----------------------------------------------------
2017.02.20 03:41:40
Q:
我发现，４路和８路服务器主板，市场上都没有得卖。
A:
现在CPU核数越来越多，4路的意义就越来越低。而且现在Intel对于4、8路的CPU都不上心，更新换代比双路慢多了
----------------------------------------------------
2017.02.20 04:02:58
Q:
高斯里面计算红外也使用谐振子模型吗
A:
peace 你不用freq=anharmonic就默认用谐振子模型
----------------------------------------------------
2017.02.20 04:15:53
Q:
[图片]gamess出现如下报错是SCF不收敛吗
A:
光从这部分看不是。
----------------------------------------------------
2017.02.20 05:33:12
Q:
请问用packmol做出来的.gro文件中中原子为H，O表示，而gms中为 HW1，OW等，这需不需要转换成HW1，OW表示的啊？
A:
不需要转。只要原子顺序对上就行。原子名不对应虽然gmx会有警告但完全不影响模拟，不对应的时候会自动用拓扑文件里的原子名
----------------------------------------------------
2017.02.20 06:45:49
Q:
零阻尼和BJ阻尼两种色散校正耗时差别大不大
李老师，D01版本的BJ有没有问题
包括D01？
A:
Tsao 不带着D3BJ算频率就没问题
----------------------------------------------------
2017.02.20 10:21:27
A:
baihaishengwu 9成可能性用的是现成的DXC程序，不是什么自写的脚本
http://www.discuz.net/thread-3611620-1-1.html
还支持代理采集，还支持伪原创什么的
这种东西的存在简直就是明着给无耻小人提供作案工具
Q:
[图片]刚才大概看了看，有这功夫干点啥不好[emoji]
A:
有人气的网站、论坛都免不了被采集
这里有一堆讨论
http://ask.seowhy.com/topic/neirongbeicaiji
目前没有完美的做法能在不阻碍搜索引擎收录的同时又避免被采集
Q:
是，除非完全封闭必须登录，不然浏览器能看程序就能看
[图片]
A:
小人太多，脑筋不用在文章原创上，就想着各种非法采集、在SEO上鼓捣升排名、抢流量
长此以往网络环境会越来越恶化，垃圾信息越来越多
Q:
感觉另一个关键是没人管~~单从技术上做防守浪费太多精力又收效不大
无奈
A:
是的
必须有关部门连同搜索引擎服务商提供专门的举报页面，而且不能形同虚设，必须有人积极治理
Q:
之前查了查，发现根据一些人的反映，12377连黄色网站都管的很怠慢，而且也没有反馈，让人提不起劲，就别说侵权这种“家务事”了，估计也就“敏感”的事倒是管的起劲
A:
对
之前举报了也没个回应
Q:
[emoji]除了说收到就什么都没了
A:
关于“敏感”，最近遇到一个搞笑的事。前几天收到通知
[图片]
我还纳闷计算化学公社能有什么不良信息的。我用另一种方式进入这个页面
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3674
这样的内容也叫不良，真是荒唐
Q:
[图片]行吧
A:
该管的不管，不该管的瞎管
Q:
还真是管的起劲
要不这样吧，号召群内全体成员24h不间断DDoS那个烂站，连续几个星期就好了
[图片]人工DDoS嘛
这是帮它赚广告费呢
写个蟒蛇脚本
高强度DDoS不好搞的[图片]
搞DDoS的有这么蠢吗
A:
除非对方机子、带宽烂到家，DDoS不会有用的
而且好多网络服务提供商还提供了防DDoS的功能
搞能产生实际效果的大流量DDoS是得砸钱的
Q:
是
比如搞个爬虫程序，以2MB/s的速度，按本群1/10成员的带宽就是2GB/s
A:
...
----------------------------------------------------
2017.02.20 16:36:26
Q:
Molpro有windows版吗？
A:
无
----------------------------------------------------
2017.02.20 16:39:54
Q:
老师您好！我把小分子放入DNA链保存整体的PDB，结果小分子的结构就散了这是什么原因呢？
老师那这个有解决办法吗
A:
看具体用什么程序，研究目的等等
Q:
用GV5.0看的用amber计算
A:
用vmd看
----------------------------------------------------
2017.02.20 16:40:39
Q:
老师您好！我把小分子放入DNA链保存整体的PDB，结果小分子的结构就散了这是什么原因呢？
A:
可视化程序的事
----------------------------------------------------
2017.02.20 16:47:19
Q:
我尝试了test中的例子没有 Problem with the ab initio Job的报错，而我的却有这个报错具体是不是应该看看代码呢？谢谢老师
A:
看自动调用高斯产生的输出文件，有无正常结束等
Q:
输出文件中[图片]但是却显示的正常结束，和这个有关吗老师
应该没啥关系吧
A:
无关
----------------------------------------------------
2017.02.20 16:51:02
Q:
请大神们看看，我的任务优化了几天都没完，该怎么办？
A:
去掉弥散
正在算频率
又是滥用弥散的典型
Q:
[原创表情]
[图片]
老师，那我优化时无弥散，计算旋光时在加上？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.02.20 20:30:19
Q:
请问给一个金属加极化函数，这样写是否可以？
Ru 0
lanl2dz
****
Ru 0
f 1.45
****
Ru 0
lanl2dz
A:
参看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
----------------------------------------------------
2017.02.20 20:48:09
Q:
求助一篇常用物质的介电常数的英文文章，谢谢
A:
P. Tian 不可能有文章记录这些。去查兰氏化学手册之类
----------------------------------------------------
2017.02.21 00:35:28
Q:
请问一个分子对应的振动模式下的各个数据是振动频率吗？
A:
看你取的什么数据
----------------------------------------------------
2017.02.21 01:04:04
Q:
在AIM分析中potential density 翻译成汉语应该是什么
势能密度？
A:
对
----------------------------------------------------
2017.02.21 02:16:52
Q:
请教大家一个问题，如何把VMD导出图片的分辨率调高？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.02.21 02:31:08
Q:
[图片]请问在自旋测试后进行稳定性测试的时候stable=opt，这是什么地方出错导致的？
A:
@ wonderful- 输入文件有问题
----------------------------------------------------
2017.02.21 02:43:26
Q:
老师，高斯软件如何计算分子的磁偶极矩？
A:
电子自旋对磁矩的贡献根据单电子数直接就能得到
----------------------------------------------------
2017.02.21 03:27:19
Q:
我想问问大家jcc的经验…就是退修一次我重新交完后大概快一个月还没有回复……是不是还是退修啊不然满意的话应该直接accept了吧……
心里有点不安所以想问问大家
A:
还没到一个月，继续等
----------------------------------------------------
2017.02.21 03:35:03
Q:
如果我用了应该怎么引用呢？ Geometry Optimization of an MECP
Program: J. N. Harvey, March 1999
version 2, November 2003
Adapted by Tian Lu (sobereva March 15, 2015@Sobereva
A:
你在google学术搜索里搜sobMECP，能搜到引用的文章，参考他们的
----------------------------------------------------
2017.02.21 03:39:05
Q:
请问下次动力学培训班大致会在什么时间？这次时间可能安排不过来/大哭
A:
不好说，明年年春季几率70%，今年年底几率30%
Q:
请问高斯的基础班大概啥时候开班啊？@Sobereva
A:
看www.keinsci.com的预告
[图片]
Q:
我应该上什么班合适呢，初级班吧，不上初级我怕基础跟不上
A:
我不了解每个人的实际水平，所以也不好给出建议。
如果没底可以先从初级班上
Q:
已参加过初级班，想参加基础班大概啥时候呢？
A:
如果已经玩得比较溜了就不用上初级班
[图片]
全都在www.keinsci.com有体现
Q:
这个可以开发票么
得上，我玩的不溜
A:
若开不了发票能来的估计也就1/3了
每次通知上都说能开发票
----------------------------------------------------
2017.02.21 03:43:34
Q:
卢老师，一个分子是否可以计算他的亲水或亲油性？要用什么物理量来衡量？
A:
[图片]
这是通过量化方式来算。
另外也有很多程序可以经验性地预测LogP
通过分子动力学也可以模拟分子在油水两相的分配比例
----------------------------------------------------
2017.02.21 03:57:25
Q:
老师，初级量子化学都学什么软件
A:
主要是Gaussian
Multiwfn只涉及一点。Multiwfn有专门的培训班会系统讲
还有gview
----------------------------------------------------
2017.02.21 03:59:36
Q:
[图片][图片] 老师我这个NO2分子有三种振动模式我理解这三个数据就是它的振动频率是不是有多少个振动模式就有多少个数据对应的就是它们的振动频率
A:
一个振动模式有对应的多个数据，诸如力常数、红外强度、转子强度等，还有正则矢量。振动频率只是数据之一。你贴的数据就是振动频率
Q:
谢谢老师想进一步请教老师振动频率大的是不是可以认为这种振动的振幅大因而它是容易发生反应的一种模式
A:
没直接关系
----------------------------------------------------
2017.02.21 15:54:17
Q:
同一个结构，用相同的方法和基组，第一次计算，一个甲基上有一个-80的虚频，稍调后，重新用相同方法基组计算，虚频消了，但发现第二次的能量比有虚频时的能量还要高1kcal/mol,这意味着没虚频的这个结构还更不稳定？
两个结构仅甲基方位上有一点区别，基他均相同
A:
如果数据确实没弄错，说明这个结构不是与这个甲基旋转虚频对应的旁边的极小点结构
Q:
请问modified LANL2DZ,LANL08（f)这两个基组与LANL2DZ相比，前两者是否比LANL2DZ要好？
A:
前者根本意义不明，谁知道是怎么修改的
后者明显好于lanl2DZ
Q:
如果在LANL2DZ上加一个f极化函数，是否比LANL08（f)好？还是直接用LANL08（f)？
A:
没有
明显不如LANL08（f)
Q:
谢谢Sobereva老师
我查了一下LANL08（f)，其基函数数目比LANL2DZ+f要小，但通常不是基函数越大越准吗？
A:
不可能更小。后者只是加个f，前者还做了去收缩
Q:
LANL2DZ
Rh 0
S 3 1.00
2.6460000 -1.3554084
1.7510000 1.6112233
0.5713000 0.5893814
S 4 1.00
2.6460000 1.1472137
1.7510000 -1.4943525
0.5713000 -0.8589704
0.1438000 1.0297241
S 1 1.00
0.0428000 1.0000000
P 3 1.00
5.4400000 -0.0987699
1.3290000 0.7433595
0.4845000 0.3668462
P 2 1.00
0.6595000 -0.0838056
0.0869000 1.0244841
P 1
1.00
0.0257000 1.0000000
D 3 1.00
3.6690000 0.0760059
1.4230000 0.5158852
0.5091000 0.5436585
D 1 1.00
0.1610000 1.0000000
LANL2DZ
Rh 0
S 3 1.00
2.6460000 -1.3554084
1.7510000 1.6112233
0.5713000 0.5893814
S 4 1.00
2.6460000 1.1472137
1.7510000 -1.4943525
0.5713000 -0.8589704
0.1438000 1.0297241
S 1 1.00
0.0428000 1.0000000
P 3 1.00
5.4400000 -0.0987699
1.3290000 0.7433595
0.4845000 0.3668462
P 2 1.00
0.6595000 -0.0838056
0.0869000 1.0244841
P 1 1.00
0.0257000 1.0000000
D 3 1.00
3.6690000 0.0760059
1.4230000 0.5158852
0.5091000 0.5436585
D 1 1.00
0.1610000 1.0000000
LANL08(f)
Rh 0
S 1 1.00
2.6460000 1.0000000
S 1 1.00
1.7510000 1.0000000
S 1 1.00
0.5713000 1.0000000
S 1 1.00
0.1438000 1.0000000
S 1 1.00
0.0428000 1.0000000
P 1 1.00
5.4400000 1.0000000
P 1 1.00
1.3290000 1.0000000
P 1 1.00
0.4845000 1.0000000
P 1 1.00
0.0869000 1.0000000
P 1 1.00
0.0257000 1.0000000
D 1 1.00
3.6690000 1.0000000
D 1 1.00
1.4230000 1.0000000
D 1 1.00
0.5091000 1.0000000
D 1 1.00
0.1610000 1.0000000
F 1 1.00
1.3500000 1.0000000
LANL08(f)
Rh 0
S 1 1.00
2.6460000 1.0000000
S 1 1.00
1.7510000 1.0000000
S 1 1.00
0.5713000 1.0000000
S 1 1.00
0.1438000 1.0000000
S 1 1.00
0.0428000 1.0000000
P 1 1.00
5.4400000 1.0000000
P 1 1.00
1.3290000 1.0000000
P 1 1.00
0.4845000 1.0000000
P 1 1.00
0.0869000 1.0000000
P 1 1.00
0.0257000 1.0000000
D 1 1.00
3.6690000 1.0000000
D 1 1.00
1.4230000 1.0000000
D 1 1.00
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D 1 1.00
0.1610000 1.0000000
F 1 1.00
1.3500000 1.0000000
我把第二列数字相加，LANL2DZ+f=19,LANL08(f)=15，老师，我这种计算基函数大小的方法是不是错的？
A:
错的
明显看出lanl08(f)的基函数壳层多于lanl2DZ+f
Q:
壳层多，但系数我看到是一样的，如
S 3 1.00
2.6460000 -1.3554084
1.7510000 1.6112233
0.5713000 0.5893814
与S 1 1.00
2.6460000 1.0000000
S 1 1.00
1.7510000 1.0000000
S 1 1.00
0.5713000 1.0000000
是否是一回事？
A:
显然不是一回事，后者变分自由度更大
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2017.02.21 16:48:28
Q:
+3价的Ir是d6，如果是六配位，假如每个配体提供一个电子和每个d电子配对，六个d轨道正好填满，没有为配对的电子，多重度就是2S+1 = 1
改变之前之后的配体都是啥？
假如改变的配体自己提供两个电子，那Ir就有一个电子为配对，多重度不就是2了么？
未配对（更正一下，写错字了）
右边的那个配体是不是带-1价？
自旋多重度的值等于 2S+1, 不一定为偶数。S 的值等于未配对电子数乘以 1/2. 比如说没有未配对电子，S=0，多重度为1，也就是单重态。有一个未配对电子，S=1/2, 多重度为2,也就是双重态。有2个未配对电子，S=1, 多重度为3,也就是三重态。
这个算法是等价的。但是书本里面的算法是多重度=2S + 1, S是体系的自旋量子数
A:
"S的值等于未配对电子数"是错误的说法，到了双自由基就瞎了
Q:
S 的值等于未配对电子数乘以 1/2
这是我说滴
A:
牢记自旋多重度=Nalpha-Nbeta+1
这依然是错的
[图片]
Q:
Nalpha - Nbeta，这就是未配对电子数啊？
A:
凡是这么认为的，都不知道双自由基为何物
[图片]
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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2017.02.21 16:59:04
Q:
老师，做CDA分析，如果分子中一部分向另一部分donate的sum值是负数，是不是说明这二者不发生donation和back-donation作用啊？d=-0.306247 b=0.120757 d-b=-0.427004 r=-0.289790
A:
用的什么基组？
Q:
def2tzvp
A:
用def2SVP也看看。
如果也这样，没法说不发生贡献和反馈，只能说CDA难以解释当前情况，比如掺入了很多极化效应。
----------------------------------------------------
2017.02.21 17:27:26
Q:
vmd显示pdb轨迹时明明有100帧，载入后却只有一帧显示，请问这是什么原因呢？
A:
peace 如果vmd main窗口确实显示载入了100帧，理应拖动滑条时窗口里的结构会变
Q:
vmd main的窗口只有一帧。但是整个文件确实是100帧的
[图片]
A:
那你看文本窗口里有什么特殊提示
如果没看出什么，多帧pdb的格式可能有问题
你可以随便载入个轨迹，保存成pdb轨迹，和你的那个pdb文件进行对比
Q:
那么显示轨迹一般是什么格式比较常用
A:
生物分子一般是pdb轨迹，比如RCSB上NMR测定多帧的生物分子结构
乱七八糟的体系倾向于用xyz轨迹，比较简介干净
如果是特定的东西学程序，有各自的轨迹格式
Q:
pdb格式应该没有问题，我有一个100帧的pdb文件，每帧只有三个原子就能显示出来，但是这个无法显示100帧的pdb文件有1200多个原子
定量值是否有一个阈值？或者有相关的文献？
有没有可能vmd对于单帧的原子数有限制
A:
没有什么阈值，只是程度问题。再加上从图形上判断CT特征已经足够明显就可以当成CT
没这个可能，至少不会在1200的尺度
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2017.02.21 17:30:19
Q:
老师，用mp2算第一超极化率的时候出现这样的错误，[图片][图片]，这个应该怎么解决，谢谢老师
A:
mp2里写full
写int=ultrafine毫无意义，对于DFT才有效
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2017.02.21 17:35:06
Q:
能用安卓手机进行分子模拟计算吗？
这8核6G内存有点浪费啊
你在看玩笑，伙计
靠你们这些大牛就可以啦。/呲牙
我觉得是能够实现的，开发一款app
A:
手机上8核浮点性能跟XEON 8核差十万八千里
Q:
小心手机炸裂
Q:
我记得有人用psp游戏机来做过动力学
A:
那种动力学也就玩玩，炫耀一下，毫无实用性
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2017.02.21 17:35:06
Q:
定量值是否有一个阈值？或者有相关的文献？
A:
没有什么阈值，只是程度问题。再加上从图形上判断CT特征已经足够明显就可以当成CT
Q:
sob老师，您好，想请问您一下，量化上关于电子激发的分类有没有相关的文献，认为是CT还是LE有没有相关的参考依据？我用Multiwfn做了电荷转移分析，计算了转移距离在1.8A左右，从图上看是CT过程，但没有检索到相关的文献，麻烦老师能不能给些相关的文献支撑？谢谢老师了。
A:
没什么需要引的，图上都看出是CT，定量值也表明了，还能有什么含糊性
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2017.02.21 17:39:46
Q:
peace 我11W个原子能正常显示，确定每一帧的原子数都是相同的吗？
A:
不相同肯定没戏
每一帧的原子数都得相同
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2017.02.21 17:43:03
Q:
老师，def2tzvp的耗时大概是6-31g*的多少倍？
A:
没法说，看你算什么任务和体系
大两个数量级也是有可能的
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2017.02.21 18:02:46
Q:
gap能够反应出极化率，这是因为极化的过程是激发的过程？
极化的过程用轨道系数改变难道不够描述？
A:
从计算极化率的SOS公式上可以直接看出来。gap对应于分母项。SOS是通过微扰方式导出的
Q:
SOS中所有轨道都是固定的，就像是用微扰来引入极化，不知道能不能用变分的方法引入极化，ff算不算变分的方法，加一个外场，算能量，然后求导
A:
ff只是求数值导数，没法说是不是变分。只能说求单点的时候是变分的
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2017.02.21 18:12:44
Q:
请教各位一个关于T1/S0系间窜越的问题。有文献说如果这两个态的极小点结构相似，能量相近，就容易发生系间窜越，这种说法可取吗？还是必须得通过势能曲线交叉的计算来说明这个问题？希望有明白的指点下，谢谢了！
A:
占据轨道的形变本质上是空轨道与占据轨道的混合
某种意义上可以粗略理解为，gap越小，这种混合越容易
Q:
交叉系数是通过势能曲线交叉的计算获得的吗？gaussian算不了吧？是不是得用MECP计算？
嗯好的我再看看谢谢你
A:
单三重态极小点能量差越小，系间窜越越容易，这是普遍接受的近似规律
想严格考虑很麻烦，必须得考虑旋轨耦合
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2017.02.21 19:50:16
Q:
A:
写了个《北京科音办的培训班FAQ》，打算参加培训或对培训感兴趣的推荐看看
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
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2017.02.21 20:22:10
Q:
请教各位，我拿multiwfn分析多中心键，在输入原子数之后，程序闪退了，请问是什么原因呢？？
A:
输入的命令格式不对
Q:
我的体系是18原子的，但是要分析的是其中的5c,原子序数大于12就不可以，是这样吗？
A:
否
说不清楚就把最后的屏幕截图
截图里应反映出你最后输入了什么
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2017.02.21 20:51:36
Q:
vasp里面做的动力学，属于是CPMD还是BOMD，还是有自己的称呼？
A:
BOMD
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2017.02.21 21:50:02
Q:
各位老师好，请问一个问题[图片]
如何能够使能够将Fe的基组替换为9s5p3d1f呢
A:
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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2017.02.22 00:54:51
Q:
问一下我做完优化还是不收敛？这是我的输入文件
我优化完怎么还不收敛？这是我的计算路径# opt=calcall b3lyp/6-31+g(d) geom=connectivity
谁能帮我看下
# opt=calcall b3lyp/6-31+g(d) geom=connectivity
就这个
这是输出文件
老师好，优化完之后还是不收敛，4个NO，这个# opt=tight b3lyp/6-311+g(d) int=ultrafine nosymm有问题吗@Sobereva
A:
看具体收敛情况，没特殊必要不要用tight收敛限
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2017.02.22 01:59:48
Q:
被卡这儿好长时间了，查了网上说不收敛，然后说改一下循环次数什么的？刚刚接触到Gaussian，大神，能指导一下吗？
[图片]
我等了半天，kill了
A:
继续等，等得不耐烦就把计算级别降低，来让计算速度更快
甭信网上乱七八糟的说法，否则必被坑，这里强调了
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
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2017.02.22 02:51:27
Q:
麻烦问一下，购买linux 版gaussian应该不用买linda吧？
A:
不跨节点并行就不用买linda版
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2017.02.22 05:02:46
Q:
老师，含有P原子的体系，比如PCl3，做CDA分析，multiwfn总闪退，是怎么回事？
A:
要么输入文件有问题，要么操作不对
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2017.02.22 05:49:55
Q:
同志们，求助一篇文章，谢谢
H. Yoshioka, J. Phys. Soc. Jpn. 12, 618 (1957）
麻烦能否帮我下一下，十分感谢
A:
求文献的规矩看群文件里的群规
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2017.02.22 05:58:48
Q:
麻烦问个弱智的问题。计算的时候什么时候需要加Polarization Functions，什么时候加Diffuse Functions啊？影响有多大？非常感谢！
A:
字号不要超过12，注意群文件里的群规
仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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2017.02.22 06:07:11
Q:
各位老师好，请问我用mp2/aug-cc-pvdz优化出两体结构，量取这两者之间的距离，这个距离可以与CSD数据库得到的两个原子的范德华半径之和进行相比么
不好意思，也许是我表达的不合理，是根据老师分享的这个帖子，找打http://sobereva.com/255找到了相应的文献的范德华半径数值。文章里比如说判断他们之间是否有共价相互作用，一个判定的依据是根据晶体数据里面两个原子之间的距离小于相应的范德华半径之和
想模仿他们的文章去做，但是没有试验数据，只有理论计算的数据，不知道理论优化出来的结构可否与已知的晶体数据里的范德华半径之和相比。现在的结论是可以的是么？
不好意思，请问NCI分析怎么做，有相应的帖子可以参考么
A:
小于范德华半径和那是判断是否有弱相互作用的标准，判断是否有共价作用应当以共价半径和为参考
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2017.02.22 06:17:39
Q:
各位老师好，我要算有机分子或气体在矿物或金属材料的吸附，请问有什么合适的开源软件吗，我是初学者，莫怪，谢谢[emoji]
请问lammps和gromacs哪个用的更广泛，哪个上手更容易些，谢谢@钟成
A:
gromacs是所有分子动力学程序里被使用得最多的，lammps其次。二者主要应用领域不同，交集不多，lammps主要搞无机材料、纳米体系较多
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2017.02.22 07:00:30
Q:
貌似gromacs比lammps好学，网上有手册讲部分基础理论。
我理解的是gromacs是模拟生物体系，如蛋白质等（不过我没学过），lammps是模拟无机材料、固体材料。
lammps可以做固体的熔化，百度一下就有例子。不过，学lammps比较费力。
lammps跟gromacs用的是牛顿力学，MS算是量子力学。基础就不同，研究对象不同，没法类比
A:
gromacs绝不仅限与生物体系，纳米体系、分子团簇、溶液、离子液体、聚合物、金属等等全都能模拟。大部分在科音gmx培训班里都会讲
MS有一堆模块，诸如forcite就是基于分子力场
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2017.02.22 13:48:15
Q:
A:
IJQC上出来篇有点标题党的文章Ill-defined chemical concepts The problem of quantification。看了看，有点说头：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5107
把Shaik鼓吹的C2是四重键给狠批了一通。
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2017.02.22 16:46:24
Q:
各位老师，我用低精度计算得到过渡态，并且进行了IRC验证，基本上是我要的过渡态，但是再读chk文件，换成高精度方法计算就发生震荡不收敛，出现这样的情况是因为我的过渡态不正确么？
A:
跟正确与否没直接关系
只要关键词没错，就是数值巧合所致
Q:
%nprocshared=10
%mem=1000MB
%chk=8T_TS257.chk
# opt=(rcfc,ts,noeigen,tight) freq wb97xd/6-31g(d,p) int=ultrafine
老师，这是换成高精度计算的输入文件，是这样写的吗？
A:
甭写tight
rcfc换成calcfc
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2017.02.22 17:03:00
Q:
老师，我算MCI得到两个数值[图片]，我应该选取哪一个呢？数值大小如何判断是否具有芳香性呢？谢谢老师
A:
不同大小的环之间对比用下面的，对于同类大小的环对比用上面的
有无芳香性与典型的具有芳香性物质的多中心键级对比便知
Q:
谢谢老师。那正负值要如何理解呢？
A:
微小的负值不用管，一般没什么意义，就当成没有芳香性
也有很多时候负值是因为用了弥散函数引起的
----------------------------------------------------
2017.02.22 17:50:25
Q:
请问根据四极矩的[图片]，怎样求出来[图片]呢？
A:
求四极矩张量的本征矢就完了
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2017.02.22 18:06:09
Q:
就网上这帮没脑子愤青，还没有我同学的初中学生有见识
[图片]
她说的“娃”是指她的学生
Grunenberg那文章很有价值
我一直就觉得什么CC四键之类的扯皮毫无用处。无非就是“妈妈”“母亲”“娘”的区别
A:
+1
讨论起来还有板有眼的
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2017.02.22 18:08:45
Q:
请教问题 gromacs MD 跑了200ns（一个复合物共1040AA）最后RMSD图不理想（下图1）准备重新跑（2 GUP 36CPU 需要跑15天） MD参数设置如图2 现在的问题是能怎么样才能跑出期望的结果？需要改参数吗？怎么改？谢谢！
[图片]
[图片]
A:
不是参数的问题，参数并没明显毛病。
RMSD的大幅变化，应当从轨迹上考察是否对应什么化学意义，比如进入不同势阱区域。绝不代表理应一直平稳，除非一直在同一个势阱内晃悠
Q:
那请问如果想要好一些的MD结果需要怎么做？延长时间，300ns？是两个非特异性结合的蛋白（一个酶一个底物）
A:
好不好取决于目的和如何去合理地解释，没法含糊地说
当然如果有闲资源，可以再跑到300ns继续观望一下
----------------------------------------------------
2017.02.22 18:28:02
Q:
[图片]
问下各位老师，gaussian view如何显示小分子的电荷呢？
图类似这样？
A:
自己ps
Q:
原来如此，多谢了，那有没有什么程序可以直接显示电荷呢？
A:
gview可以，但是5.0.9和g09较新版本输出的mulliken电荷格式不兼容，直接显示不出来。其它的NPA电荷什么的倒能直接显示。但即便显示出来也并不美观，远不如自己ps的
----------------------------------------------------
2017.02.22 18:29:31
Q:
菜鸟求问各位前辈一个问题:有人说用DFT计算金属配合物的spin density values并不准确，那要用什么方法？用non-dft吗？我看的文献里讨论spin density都是用DFT算的，迷茫。。。。
A:
别听那个人胡说八道
Q:
那就是还用DFT计算，是不是就行了
我用过MP2算就够优化，很费事，
结构优化
A:
是
----------------------------------------------------
2017.02.22 18:37:45
Q:
唉读了[PtO4]2+Oxidation State 10 Exists (http://doi.wiley.com/10.1002/anie.201604670), 计算没难度。。理论预测了10价氧化态，就能发到德国应化，是不是有光环效应啊/阴险
A:
我认为有
要不然就算纯理论，也得加上旋轨耦合、CASPT2、MECP搜索之类的元素
Q:
这种报道如果是凡人组，不可能发到这么高档的期刊
ACS的 inorganic chemistry
如果他能实验上证明[PtO4]2+Oxidation State 10 Exists 就牛了
A:
如果有实验，nat chem稳稳的
----------------------------------------------------
2017.02.22 18:51:51
Q:
小白求教：找反应物的过渡态用什么基组和方法比较好
之前只知道一个DFT方法，然后是6-311G（d，p）基组
A:
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
----------------------------------------------------
2017.02.22 19:01:31
Q:
老师，gaussian计算得到的cube文件中的坐标的单位是bohr吗？
A:
看
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
http://sobereva.com/125
----------------------------------------------------
2017.02.22 19:11:38
Q:
老师好我用# opt b3lyp/6-311+g(d) geom=connectivity int=ultrafine nosymm能收敛，但加上calcall就不收敛了？还有可以一起算频率分析吗
A:
能收敛干嘛还加calcall
可
Q:
我想着加上calcall就相当于做频率分析了
# opt freq b3lyp/6-311+g(d) geom=connectivity int=ultrafine nosymm就可以了吧？
A:
写个freq比你加calcall来达到顺便算频率效果节省一个数量级时间
y
----------------------------------------------------
2017.02.22 19:13:24
Q:
请教一下老师，我在vmd中移动分子的时候，他的格点数据不跟着移动该如果解决
A:
如果你指的等值面不移动，这没法解决
----------------------------------------------------
2017.02.22 19:42:17
Q:
/偷笑大博士，R-ORP基组大约和什么基组是同一尺寸？
A:
ma-TZVP
或者更准确点，6-311+G(2df,p)
Q:
应该比def2-TZVPD小吧
A:
y
Q:
不太清楚ma-TZVP和def2-TZVPD两种加弥散的方式有何不同
A:
ma-是按照普适的方式确定的弥散的系数，后者是通过优化极化率计算而来的
见
给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法
http://sobereva.com/340
Q:
sadlej HYPOL有点儿太大了，多一点原子就算不动了
A:
那肯定的
实际上我现在也不怎么推荐用HYPOL，有点过时
[图片]
这是最新版讲义里的描述
Q:
超极化率有吗？
A:
[图片]
Q:
记下了
R-ORP基组怎么没有？
A:
实测效果令我失望
Q:
/擦汗刚用R-ORP基组提交一个作业……
看来现在推荐LPol-fs了
A:
悠着点，贵得很
几十个原子体系aug-cc-pVTZ(-f,-d)性价比恰到好处
Q:
def2-系列的基组也不推荐了？
A:
不推荐
Q:
大博士不是说过Dunning基组广义收缩用于DFT很不划算嘛
A:
对于超极化率计算，基函数数目比GTF影响明显要大，即便是DFT级别
Q:
Pople基组每一个可以用的？
A:
不是说绝对不能用，但性价比划不来
Q:
/鼓掌aug-cc-pVTZ(-f,-d)算是性价比最高的了？
A:
看你计算能力
Q:
30-40个原子
A:
图中给出了各个花费档次下最佳选择
这个数目范围适合用这个
Q:
最大的50多个
A:
也用得起
----------------------------------------------------
2017.02.22 20:04:25
Q:
什么时候有量子化学的培训啊？
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
问和培训班有关的问题前建议先在这里查询
----------------------------------------------------
2017.02.22 20:33:12
Q:
大博士，aug-cc-pVTZ(-f,-d)在哪里能找到定义？基组库里没有
A:
从EMSL上拷定义，把重原子的f和轻原子的d函数都砍掉即可
----------------------------------------------------
2017.02.22 20:37:57
Q:
请问老师这个错误是怎么回事啊？
所用关键词： #p opt=(calcfc,tight) oniom(b3lyp/genecp:uff) geom=connectivity int=ultrafine
[图片]
A:
把low layer原子都冻住来优化，可能出现NRF ne Abs NRFX的提示。解决方法是：
同时冻结Link atom连接的High Layer里的原子，或者取消冻结Link atoms
看http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3671
----------------------------------------------------
2017.02.22 20:52:58
Q:
[图片] 这个单位指的是距离的原子单位吧
A:
注意是质权坐标下的
算是原子单位
----------------------------------------------------
2017.02.22 20:59:49
Q:
[图片]
[图片]
老师，文献中这种认为氢键构成了“电荷转移通道”的解释是否有问题？氢键不涉及电子转移吧？@Sobereva
A:
我不清楚这具体研究什么的。虽然形成氢键本身导致的电荷转移量很少，但形成氢键可以帮助电子流过，这是两个问题
----------------------------------------------------
2017.02.22 21:02:35
Q:
[图片]
几十个原子的DA体系第一超极化率的CPU时间/呲牙
A:
对于不同问题这种天梯是不同的。
超极化率计算等以后基组横测文章发出来就会看到类似天梯的图
----------------------------------------------------
2017.02.22 21:08:36
Q:
[图片]
请问一下sob大博士你分享的IJQC那个文章里提到的 relaxed force constants是怎么定义的
该怎么计算呢？
文里ref到了一本书暂时看不到
A:
作者有个compliance程序，他主页上能下，貌似能干这个。但是我试图编译没成功，因为是带图形界面的，老提示缺这个库缺那个库，折腾一会儿没耐心了，干脆放弃了
Q:
好的我待会儿看看/呲牙
A:
找个老点的CentOS/RHEL/Fedora版本貌似会顺利一些
用到的一些库在当前版本的源里面都没有了
----------------------------------------------------
2017.02.22 21:17:39
Q:
我有一个问题，关于在溶剂中形成分子间氢键时，两个分子（供受体）的位置和朝向问题：
a。J. Chem. Phys., Vol. 115, No. 10, 8 September 2001文中提到利用PCM溶剂模型可以优化出正确的结构。如[图片]
b。在另一篇文章中 PHYSICAL REVIEW E 67, 061504 （2003）中却利用动力学软件给出好几百种水的位置
[图片]最后给出真正的结构图[图片]
作者用的动力学软件我不会，另外他用的算法为蒙特卡罗，我不想用这个，对于a中作者应该只用了TDDFT和PCM模型，我记得是。
我用a中作者的方法可以直接优化出最正确的两分子结构位置吗？谢谢老师
我有一个问题，关于在溶剂中形成分子间氢键时，两个分子（供受体）的位置和朝向问题：
a。J. Chem. Phys., Vol. 115, No. 10, 8 September 2001文中提到利用PCM溶剂模型可以优化出正确的结构。如[图片]
b。在另一篇文章中 PHYSICAL REVIEW E 67, 061504 （2003）中却利用动力学软件给出好几百种水的位置[图片]最后给出真正的结构图[图片]
作者用的动力学软件我不会，另外他用的算法为蒙特卡罗，我不想用这个，对于a中作者应该只用了TDDFT和PCM模型，我记得是。
我用a中作者的方法可以直接优化出最正确的两分子结构位置吗？谢谢老师
A:
这种简单体系可以
Q:
如果两个分子的原子加起来有39个还可以吗？老师
A:
不是光看原子数，得看具体结构、化学特征
自己不好确定初猜的，用molclus产生各种二聚体结构就解决了
----------------------------------------------------
2017.02.22 21:23:08
Q:
嗯谢谢老师使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索看这篇博文可以吗
A:
可。尤其是看genmer那个帖子
----------------------------------------------------
2017.02.23 01:04:49
Q:
请问下老师，multiwfn是不是不识别log文件啊/大哭
我想出hole-electron图，没有out文件呢。log能通过什么方式转换为out文件吗
A:
out和log是一码事，用哪个都一样，仅仅是后缀不同
----------------------------------------------------
2017.02.23 01:15:04
Q:
是需要.out文件的
.out和.log通用
[图片]高斯E版做TDDFT计算报错是为什么呢
A:
如果从chk里读的初猜，去掉guess=read
Q:
并没有，最后感觉是基组太大了（augccpvtz），换到may得到收敛的波函，再读到aug里正常结束了。。。也不知道可不可靠
A:
正常结束显然不会有那个报错
Q:
是一开始就用的aug（没有读波函）报错
然后读了may的波函Normal
A:
Sobereva撤回了一条消息
----------------------------------------------------
2017.02.23 01:18:09
Q:
应该是因为我没写density关键词/快哭了/快哭了
[图片]请教各位，这种激发应该指认什么样的激发类型呢？pi-pi*还是n-pi*呢？其中MO81分别在等值面0.15和0.05出图，谢谢各位了。拜托拜托
A:
0.15太大，0.05太小，不好观看。非要说的话，从0.15的图来看是n->pi*
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2017.02.23 02:23:14
Q:
[图片]老师，我想问下在高斯里面用ccsd算单点一直出现这个错误要怎么办
A:
[图片]
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2017.02.23 03:12:01
Q:
有使用GROMACS的老师吗！我最近在根据一篇通过修改spce文件里面的参数的文献。我按照文献里面的要求同时改变了键长和键角（使偶极矩不变化，与spce水相同），文献里面计算出的密度是700L/立方厘米左右。我算出来还是在1000左右，尝试了很久了，一直没找到原因。文献里面只提到了修改键长和键角。不知道在哪里出了错误或则还要在什么地方进行修改，希望老师们给予我一些指点。
A:
如果只是键长键角参数很小的改动，而不改非键参数的话，本来就不会使得密度有什么明显变化。直接影响密度的是LJ参数和原子电荷
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2017.02.23 03:43:17
Q:
老师好，我在用vmd绘制RDG等值面图时，分子的部分化学键不显示，请问我该怎么设置？其他分子并没有出现这个问题
A:
mouse-add/remove bonds，点击要连键的两个原子自行加上即可
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2017.02.23 04:57:47
Q:
请问老师们，我使用sobMECP搜索MECP的时候所用的初始结构geom的单点能与sobMECP搜索时显示的单点能不同是为什么呢？
①我已经用Scan找到了MECP，应用这个结构作为sobMECP的初猜，现在跑了很多步（<50）sobMECP进行搜索的结构的单点能与初始结构单点能不同。
②其中前四项已经yes，最有一项仍然是no而且△E的值变化幅度太小
请问我是不是应该重新选择初猜的结构呢？/抱拳
另外：“找S1与三重态的MECP时由于不断读取上一步的初猜，所以跟踪的是初始结构下的T1态”这句
话和我问的问题有联系吗？是不是就是说得到的MECP与最初的结构不同了呢
请问老师们，我使用sobMECP搜索MECP的时候所用的初始结构geom的单点能与sobMECP搜索时显示的单点能不同是为什么呢？
①我已经用Scan找到了MECP，应用这个结构作为sobMECP的初猜，现在跑了很多步（<50）sobMECP进行搜索的结构的单点能与初始结构单点能不同。
②其中前四项已经yes，最有一项仍然是no而且△E的值变化幅度太小
请问我是不是应该重新选择初猜的结构呢？[表情]
另外：“找S1与三重态的MECP时由于不断读取上一步的初猜，所以跟踪的是初始结构下的T1态”这句话和我问的问题有联系吗？是不是就是说得到的MECP与最初的结构不同了呢
A:
搜索过程结构不断发生变化，显然单点能和初始结构你单独算的单点能不同。sobMECP都是直接从输出文件里读的能量，没做任何修改。如果有搞不清楚的就直接取自动调用高斯做的计算的输出文件和自己单独算的对比
----------------------------------------------------
2017.02.23 04:58:46
Q:
各位老师好，请问下给元素Ru的MWB28基组加f极化函数，这个f的指数是多少啊？
A:
文献里搜，不同的人可能定义了不同的指数。要么直接用lanl2TZ(f)，或者把其f函数借过来
----------------------------------------------------
2017.02.23 06:06:33
Q:
问下Gaussian能计算态密度吗
是不是设置iop,不太懂，望老师指点
A:
DOS图的绘制看multiwfn手册4.10节的例子
----------------------------------------------------
2017.02.23 06:33:44
Q:
multiwfn4.0和说明书我怎么从主页上下载不了啊
A:
怎么下载不了？问题要描述清楚
Q:
[图片]下载了好几次都下载不了，不知怎么回事。下载其它东东很快
A:
Sobereva撤回了一条消息
不好用任何多线程下载工具
不要用任何多线程下载工具
Q:
我是直接用遨游下载的
我再试试，谢谢sob老师
A:
直接浏览器下不了是你的网的问题
如果连国外的网太慢，主页上也给了百度网盘的链接
----------------------------------------------------
2017.02.23 08:51:51
Q:
我那个等值面之所以调到0.15，是想看看最终会是哪个轨道现原型！但是，还是想问下sob老师，为什么说是n-pi*跃迁呢？是通过那个0.15的等值面确定的吗？谢谢老师
A:
是
----------------------------------------------------
2017.02.23 09:41:46
Q:
A:
刚写了个博文
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362
----------------------------------------------------
2017.02.23 14:36:41
Q:
自旋轨道跃迁需要轨道对称性相同吗？
A:
不可约表示相同才恰恰跃迁不了
----------------------------------------------------
2017.02.23 14:58:22
Q:
请问尿嘧啶有芳香性吗？如何计算判断是缺pi电子或富pi电子？
A:
基本没有，简单算一下多中心键级和苯对比就看得出来，而且也不满足huckel规则
是富pi电子，杂原子提供了大量pi电子
Q:
谢谢
那么1)环之间的pi-pi作用和芳香性与否并无关系？2）如果尿嘧啶上接了个F，怎么判断pi电子削弱程度？
A:
基本不影响芳香性。色散作用对电子结构的影响是很轻微的
用NPA方法，计算接F前后环上原子的pi电子数的改变
Q:
谢谢。问题1我没说清楚。本意是如果A是尿嘧啶，B是苯，可否二者形成pi-pi作用？
恩，或者类似于两个苯之间的pi-pi stacking?
A:
可以形成
----------------------------------------------------
2017.02.23 16:13:09
Q:
请问那个可以下论文的网站是什么链接呢？
A:
看群文件里的群规，里面有
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2017.02.23 16:19:24
Q:
通过高斯计算了分子的homo lumo
怎么通过multiwfn得出每个原因的贡献
为了得出亲电及自由基进攻位点
A:
看：
群共享里的文章：亲电取代反应中活性位点预测方法的比较、幻灯片：Predicting reactive sites（http://sobereva.com/234）
怎么操作在multiwfn手册里都有，第四章一堆例子。在此之前先弄清楚到底要用什么方法预测
如果打算基于轨道成份讨论，看
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2017.02.23 16:24:15
Q:
大家好，有个问题请教一下：Page 9, section 3.2 To get better understanding about the contribution form H-bonding and π-π interactions simultaneously, Non-Covalent Interaction (NCI) index plot is a good choice. This is required. 他是让做RDG分析吗
A:
y
Q:
还需要做散点图定量比较吗
不知道回答到什么程度呢
A:
看情况
Q:
[图片]简单的做个这样的图回答可以吗
A:
可
Q:
哦哦谢谢群主的及时回答
7.Details of MD simulations not provided. What is the time step? How many IL ions were employed? How many VG molecules? A equilibration length of 3 ns and a trajectory length of 5ns for an IL system (being very viscous) are too short. Longer MD run must be generated. 麻烦了还有一个问题就是我可能没表达清楚以为我就跑了5ns，其实我是先跑了个3ns的nvt, 然后又在600k下再到500k再到400k再到目标温度下313k做的离子液体的平衡模拟。我只需要解释清楚就可以了吗
这也是我在文章里面一开始没交代清楚的缘故
A:
y
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2017.02.23 16:59:44
Q:
您能给我说详细一点吗？就是我看文献中说是S0,T1，MC势能面扫描，我不太懂/可怜
[图片]请教一下老师，这种曲线图怎么做呀？是分别对S0，T1，MC态势能面扫描吗？@Sobereva
A:
S0和T1是并列关系，图中3MC态只不过是在某些区域下根据其CT特征对T1的特殊称呼
不一定扫描，至少把图中那几个关键的点的能量得到
有了关键几个点的能量值，随便用ppt之类画个曲线示意一下就完了，没必要非得扫描或者走IRC之类
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2017.02.23 17:09:20
Q:
计算化学
在materials studio中建立一个CO分子，我让它自动生成键在VASP中优化优化后的键长和CO2键长几乎一样，我也直接连接C-O键在VASP中优化，结果也是和CO2键长差不太多，这是哪里出错了？？？求大神解答
A:
连接关系完全不影响量化计算结果
Q:
那为什么优化结果键长CO和CO2的接近呢，也就是说CO的三键优化后成了双键
A:
搞量化的人甭管可视化程序里显示几重键
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2017.02.23 17:19:22
Q:
请问，泛函TPSSh的D3校正，关键词该怎么写？我直接写EmpiricalDispersion=gd3报错
A:
g09里没自带TPSSh的D3校正参数，如果非得用这个泛函，去grimme的网站上或许找得到校正参数，然后通过定义环境变量的方式让g09知道D3的参数是多少
----------------------------------------------------
2017.02.23 17:40:44
Q:
[图片]做IRC的时候出现了这样的错误，应该怎么解决？？
A:
看
提问Gaussian问题的注意事项；Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
Q:
我也改成了GS2算法，可是出来的结果有问题，得出的两边的中间体都只是稍微几个氢原子动了
A:
所有可能的解决方法在那里面都说了，没有其它解决办法
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2017.02.23 18:27:13
Q:
请问社长，用Freq=Anharmonic来进行非谐性处理，就可以实现在振动频率计算中考虑非谐效应吗
A:
y
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2017.02.23 18:33:01
Q:
首届光电材料分子设计国际研讨会
International Symposium on Molecular Design of Opto-Electronic Materials
尊敬的老师/同学：
您好！
由清华大学主办，鸿之微科技（上海）股份有限公司协办的首届光电材料分子设计国际研讨会，将于2017年4月14－16日在北京举行，会议由清华大学帅志刚教授担任会议执行主席。会议邀请海内外著名专家作大会报告，并安排学术交流墙展和MOMAP程序使用讲座。
有机材料、电子器件是当代显示技术、信息科学的重要基础。在OLED的发展过程中，理论和计算设计一直扮演着重要的角色。发光效率、载流子迁移率等
问题一直是有机分子、OLED材料研究者们关注的科研重点。如何有效的通过计算获得这些性质，从电子原子水平深入理解分子材料，加速分子材料的研发进程，如何加速分子材料尤其是新型OLED材料以及新型二维材料、传统半导体、纳米材料的研发，都是光电材料研究领域的热点问题。
希望通过本次会议，大家可以更好地交流在光电材料分子设计中面临的诸多前沿性问题，同时也希望为理论计算、实验科学家以及产业界朋友们提供一个交流与合作的平台，实现产学研的结合，为新型有机光电材料的发展做一份贡献。
l 会议
地点：清华大学化学系--化学馆301会议室（进清华大学的西北门正西100米）
l 会议时间：2017.4.14-2017.4.16
l 会议费用：2017年4月1日前注册免收注册费,4月1日后注册，注册费800元/人
l 会议日程：
4月14日8:30-17:30，大会邀请报告（院士、长江、杰青等），欢迎晚宴
4月15日9：00 – 17：00分子材料计算设计教程（有机发光光谱与发光效率的预测–理论基础与实践）；
18:00 – 21:00 学术交流墙报（提供工作简餐）
4月16日，9:00 – 12:00 分子材料计算设计教程（有机光电材料迁移率的计算）
本次会议包含了MOMAP软件培训，
首届光电材料分子设计国际研讨会
International Symposium on Molecular Design of Opto-Electronic Materials
尊敬的老师/同学：
您好！
由清华大学主办，鸿之微科技（上海）股份有限公司协办的首届光电材料分子设计国际研讨会，将于2017年4月14－16日在北京举行，会议由清华大学帅志刚教授担任会议执行主席。会议邀请海内外著名专家作大会报告，并安排学术交流墙展和MOMAP程序使用讲座。
有机材料、电子器件是当代显示技术、信息科学的重要基础。在OLED的发展过程中，理论和计算设计一直扮演着重要的角色。发光效率、载流子迁移率等问题一直是有机分子、OLED材料研究者们关注的科研重点。如何有效的通过计算获得这些性质，从电子原子水平深入理解分子材料，加速分子材料的研发进程，如何加速分子材料尤其是新型OLED材料以及新型二维材料、传统半导体、纳米材料的研发，都是光电材料研究领域的热点问题。
希望通过本次会议，大家可以更好地交流在光电材料分子设计中面临的诸多前沿性问题，同时也希望为理论计算、实验科学家以及产业界朋友们提供一个交流与合作的平台，实现产学研的结合，为新型有机光电材料的发展做一份贡献。
l 会议地点：清华大学化学系--化学馆301会议室（进清华大学的西北门正西100米）
l 会议时间：2017.4.14-2017.4.16
l 会议费用：2017年4月1日前注册免收注册费,4月1日后注册，注册费800元/人
l 会议日程：
4月14日8:30-17:30，大会邀请报告（院士、长江、杰青等），欢迎晚宴
4月15日9：00 – 17：00分子材料计算设计教程（有机发光光谱与发光效率的预测–理论基础与实践）；
18:00 – 21:00 学术交流墙报（提供工作简餐）
4月16日，9:00 – 12:00 分子材料计算设计教程（有机光电材料迁移率的计算）
本次会议包含了MOMAP软件培训，请大家自行携带笔记本电脑。
l 会议组织方提供三次午餐、一次晚宴和一次工作简餐，交通和其他食宿自理。
2 学术委员会：
主席：郭鸿、帅志刚
成员：苏忠民、张景萍、张红星、马晶、易院平、李振、郝策、任爱民、刘磊、王音、彭谦、李崇、牛英利
2 组织委员会：
主席：帅志刚
秘书长：彭谦、李希茂
成员：王冬、耿华、闻娟、陈健明、李文强、石学梅、陈明艳
2 大会报告人：
刘云圻（中国科学院院士、中国科学院化学研究所）
郭鸿 (加拿大皇家科学院院士，Univ of McGill, Canada)
Linda Peteanu (Chemistry Department Chair, Carnegie Mellon University, USA)
Daniel Escudero (University of Nantes, France)
Johannes Gierschner (Madrid Institute for Advanced Studies, Spain)
Begona Milian-Medina (University of Valencia, Spain)
帅志刚（清华大学，教育部长江学者特聘教授）
苏忠民（东北师范大学，教育部长江学者特聘教授）
马晶（南京大学，国家杰出青年基金获得者）
李振（武汉大学，国家杰出青年基金获得者）
李崇（江苏三月光电科技有限公司，技术总监）
张红星（吉林大学，理论化学研究所所长）
张景萍（东北师范大学，化学与材料学院院长）
郝策（大连理工大学，教授）
任爱民（吉林大学，教授）
2 墙报交流
l 请将要投稿的摘要（不超过一页word）电子版发送至qpeng
l 会议录用后，秘书处会通知打印携带至会场张贴
l 海报标准： 120cm(高)×90cm(宽)
2 会议注册
注册网址：http://momap2017.hzwtech.com/
人数限制：本次会议人数限制在100人，以注册时间为准
2 联系方式
电话：010-57121570 18001252139
Email: liximao momap
2 本次会议不提供宾馆预定，会议注册网站提供周边宾馆信息参考，请大家自行预定（虽然周边宾馆数目多，但是房源紧张，请大家提前预定）。
热诚欢迎从事有机分子、光电材料、理论和计算相关领域的研究同行，以及广大研究生踊跃报名参加本次会议。
会议组织委员会
2017年2月
请大家自行携带笔记本电脑。
l 会议组织方提供三次午餐、一次晚宴和一次工作简餐，交通和其他食宿自理。
2 学术委员会：
主席：郭鸿、帅志刚
成员：苏忠民、张景萍、张红星、马晶、易院平、李振、郝策、任爱民、刘磊、王音、彭谦、李崇、牛英利
2 组织委员会：
主席：帅志刚
秘书长：彭谦、李希茂
成员：王冬、耿华、闻娟、陈健明、李文强、石学梅、陈明艳
2 大会报告人：
刘云圻（中国科学院院士、中国科学院化学研究所）
郭鸿 (加拿大皇家科学院院士，Univ of McGill, Canada)
Linda Peteanu (Chemist
ry Department Chair, Carnegie Mellon University, USA)
Daniel Escudero (University of Nantes, France)
Johannes Gierschner (Madrid Institute for Advanced Studies, Spain)
Begona Milian-Medina (University of Valencia, Spain)
帅志刚（清华大学，教育部长江学者特聘教授）
苏忠民（东北师范大学，教育部长江学者特聘教授）
马晶（南京大学，国家杰出青年基金获得者）
李振（武汉大学，国家杰出青年基金获得者）
李崇（江苏三月光电科技有限公司，技术总监）
张红星（吉林大学，理论化学研究所所长）
张景萍（东北师范大学，化学与材料学院院长）
郝策（大连理工大
学，教授）
任爱民（吉林大学，教授）
2 墙报交流
l 请将要投稿的摘要（不超过一页word）电子版发送至qpeng
l 会议录用后，秘书处会通知打印携带至会场张贴
l 海报标准： 120cm(高)×90cm(宽)
2 会议注册
注册网址：http://momap2017.hzwtech.com/
人数限制：本次会议人数限制在100人，以注册时间为准
2 联系方式
电话：010-57121570 18001252139
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2 本次会议不提供宾馆预定，会议注册网站提供周边宾馆信息参考，请大家自行预定（虽然周边宾馆数目多，但是房
源紧张，请大家提前预定）。
热诚欢迎从事有机分子、光电材料、理论和计算相关领域的研究同行，以及广大研究生踊跃报名参加本次会议。
会议组织委员会
2017年2月
A:
字号严禁超过12，注意看群规
不要贴大段文字，否则严重刷屏
记违规一次
Q:
可以撤回吗
A:
可
----------------------------------------------------
2017.02.23 18:56:37
Q:
[图片]请问大家一个问题，计算如图所示反应物分子与ROO•反应的过渡态，从实验所得到的反应物单晶中取出结构进行优化得到右图所示的构型，而经过计算左图结构能量更低，相差0.2kcal左右，那我在进行后续的计算时应该选择哪个结构？以实验单晶为主还是选能量低的？算了一下选不同的构象分别得到的后续TS与其他中间体结构能量会相差0.5kcal以内。
A:
如果计算级别没法保证精度能区分0.2kcal/mol这种程度，索性直接用实验结构
Q:
BLYP-D3/def2-SVP加上gCP校正、RI-PWPB95-D3/def2-QZVPP、CCSD(T)/def2-TZVP计算能量，精度分别能到多少呢？
A:
也看体系，以及算热力学校正量用什么级别。
光说电子能量，最后那个对于一般有机体系，<1kcal/mol（化学精度）的精度能确保
至于第一个，0.2kcal/mol程度的差异根本就是无法区分的
----------------------------------------------------
2017.02.23 19:17:22
Q:
谢谢sob老师的解答~我是用的M062X/def2TZVP。那也就是说如果精度可以保证的话，是不是用和实验中构象不一致但能量更低的结构也可以啊
A:
是
Q:
老师还有一个问题，对于一些非反应部位官能团的转动或是上两个图那种构象不同造成的能量差异问题，在计算中需要保证前后构象一致还是说每个鞍点都取能量更低的结构？我觉得按理说是每次都取能量更小的结构，但若是误差在0.5kcal以内的话可否忽略此误差，保证前后构象一致？
A:
意义不明。要考虑实际化学反应过程中的情况
----------------------------------------------------
2017.02.23 20:37:13
Q:
Multiwfn 输出高斯计算的UV-VIS 谱，能改变stepszie吗？即横坐标每个离散数据点之间的间隔？
A:
可以设点数，用settings.ini里的num1Dpoints
Q:
现在输出的stepsize是0.24 nm, 而setting.in里的 num1Dpoints 是 3000, 为了使stepsize变为1 nm， num1Dpoints应该改为多少，谢谢。
A:
你按比例换算一下便知
----------------------------------------------------
2017.02.23 21:53:16
Q:
老师你好：如果我想使用混合基组PM3 与6-311g来算，前面加什么关键词来读取？是gen?我试了gen结果不行
A:
PM3是理论方法不是基组
Q:
明白了，能不能部分用半经验算法，与DFT算法混用？
A:
得用ONIOM
Q:
谢谢老师，我用oniom时候出现这个错误，Max number of microiteration restarts exceeded.怎么回事啊
A:
程序bug，设定不合理等
----------------------------------------------------
2017.02.23 21:54:13
Q:
老师好，MMFF力场在哪有介绍
A:
看MMFF原文
Q:
哪儿能找到，刚才看了一下好乱@Sobereva
A:
JCC, 17, 490 (1996)
----------------------------------------------------
2017.02.23 21:58:39
Q:
sob老师，跃迁密度矩阵里考虑TDDFT的退激发系数吗？
<-这种
A:
考虑
Q:
那退激发在TDM里的贡献，在加和的时候是要乘以-1？
A:
管退激发干嘛，直接看TDM图就完了
Q:
[表情]我就想问问那个计算公式里是不是要考虑退激发的问题
A:
结构不合理也是可能原因之一
搞不清楚就问高斯客服，附上输出文件
----------------------------------------------------
2017.02.23 22:00:56
Q:
/呲牙我就想问问那个计算公式里是不是要考虑退激发的问题
A:
考虑啊
----------------------------------------------------
2017.02.23 22:59:22
Q:
请教群内大佬:我在vmd里面可视化自己生成的cube格式文件，按照sob博文中对cube格式的介绍。但是在vmd里按element着色的时候有时候两种元素会着成同一种颜色？按照mass着色则不会。这是什么原因？
A:
你color界面里自行设定好不同元素的颜色即可。可能默认时你那两个元素的颜色是一样的
----------------------------------------------------
2017.02.23 23:04:30
Q:
[图片]
请问各位大神，这里的这个自选多重度，在高斯计算的时候应该写几啊
含有一个电子，那应该是1 2吗
还是0 2？
那就是1 2，可是1 2不行啊，我用的这个基组对吗
A:
你先确定此体系净电荷是多少，从而得知体系电子数是奇数还是偶数。gview窗口下方就会显示电子数。
如果没法根据晶体场理论等经验规则判断，偶数把1,3,5,7...都算算，奇数把2,4,6,8...都算算，看哪种能量最低
----------------------------------------------------
2017.02.24 00:14:31
Q:
[图片]红圈部分应该是有分子键径的但是搜索很久也无法出现怎么处理哈呢麻烦老师帮助
A:
合适时可能会遗漏临界点，看这里的说明
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
步长是最为值得优先调节尝试的参数
对于怀疑是否临界点本应存在，可以用此方法图形化判断
利用约化密度梯度考察AIM临界点的位置
http://sobereva.com/267
有很多参数可以调，参数不合适时可能会遗漏临界点，看这里的说明
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
步长是最为值得优先调节尝试的参数
对于怀疑是否临界点本应存在，可以用此方法图形化判断
利用约化密度梯度考察AIM临界点的位置
http://sobereva.com/267
----------------------------------------------------
2017.02.24 00:47:51
Q:
问一下，安装Spartan时product key在哪找[图片]
急求
构象搜索时[图片]需要安装MMFF程序吗，还是说直接在Spartan里就可以
老师MMFF优化在Spartan里怎么弄？[图片]
A:
随便用哪个支持MMFF的程序都行，常用的Chem3D也有此功能
----------------------------------------------------
2017.02.24 00:53:43
Q:
用的是aim2000么？如果是的话修改这几个参数就可以找到了
[图片]
A:
magic AIM2000早已过时。AIM2000能搜出来的临界点用Multiwfn都能搜出来，4核机子上速度还快100倍
----------------------------------------------------
2017.02.24 00:56:00
Q:
嗯用的multiwfn
不过还是谢谢您
A:
有很多参数可以调，参数不
----------------------------------------------------
2017.02.24 03:07:04
Q:
请问sob老师，我想利用NBO计算第X激发态的natural charge, 是不是指定nstates等于X就行？
# td=(nstates=1) b3lyp/genecp density=current pop=nbo
A:
用root指定考察哪个态
----------------------------------------------------
2017.02.24 03:39:53
Q:
[图片]请问，图中红框中的magnetic shielding tensors在Gaussian中怎么处理？谢谢！
A:
用NMR关键词就给出了
----------------------------------------------------
2017.02.24 03:41:49
Q:
[图片]
第二列和第三列怎么出来的在multiwfn里
已经知道了分子的轨道
A:
计算HOMO、LUMO轨道成份就完了。FED这种名词造得很多余
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
----------------------------------------------------
2017.02.24 03:45:59
Q:
请问ORCA的使用问题，下载完了以后，将[图片]复制到了自己课题组的服务器的自己的文件夹下了，这样是对的吗？还有并行的openMPI这个是要自己再下载，放进来就实现并行了吗？
我们的服务器是 red hat 那是不是说，我下载的版本不对呀
A:
复制过去就能用。但是openmpi你得先额外下载并装在系统里
----------------------------------------------------
2017.02.24 04:46:42
Q:
公社邮箱密码不对呀
老师，公社邮箱的密码改了吗？
A:
看索引.txt不就知道了
----------------------------------------------------
2017.02.24 04:51:18
Q:
请教老师：lanl08(f)与SDD基组相比，是不是前者基函数更大？
A:
是，但不意味着结果更好
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2017.02.24 05:21:40
Q:
请问，用ORCA计算时，如果计算未结束，可以删除前边产生的不再更新的临时文件吗？谢谢
A:
可
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2017.02.24 05:40:29
Q:
请问各位老师
self-consistent charge density functional tight binding (SCC-DFTB)
constrained density functional tight binding theory (c-DFTB)
前者是否就是我们普通的DFT，而后者就是CDFT啊？
A:
后者应该是把CDFT用到DFTB上
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2017.02.24 06:07:44
Q:
请教大家一个问题，照着文献做一个IR图，算出来波数相差大约50，请问是什么原因？
A:
@ ‭ 要么文献里数据不对，要么你用的结构和文献里不同，要么没考虑频率校正因子但是原文里又没明说
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2017.02.24 06:29:37
Q:
pbe38 gaussian的形式是啥啊
A:
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344
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2017.02.24 07:20:59
Q:
[QQ红包]我发了一个“口令红包”，请使用新版手机QQ查收红包。
A:
请尽量不要发口令红包，否则引起一大
撮人无意义的回复会影响群内讨论
请尽量不要发口令红包，否则引起一大撮人无意义的回复会影响群内讨论
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2017.02.24 07:26:47
Q:
麻烦问下用gaussian计算molecular orbital，怎么考虑分子或无机八面体对称性？看input file里只有各原子的coordination x,y,z。虽然原子coordination都是从原晶体结构CIF file里导出来的，但是感觉gaussian input file里没有反应出对称性啊？还是原子的site symmetry在计算单分子时已经不重要了？谢谢了！
A:
高斯里会考虑点群对称性，利用其加速计算和判断不可约表示等。是否认出来了点群输出文件里会看到
Q:
谢谢Sob老师！高斯考虑点群对称性是自动根据输入文件里的原子坐标吗？输入文件里没有输入site symmetry之类的吧？谢谢！
再麻烦请教sob大师，怎样加快计算？[图片]我就想算下基本的molecular orbital，发现耗时5天了。。。这样是不是正常因为原子确实40-50个算比较多了？非常感谢！
A:
用QZVP是搞笑
B3LYP/def2SVP足矣
Q:
@LiYuanhe我就是在用高斯算晶体里的孤立八面体
A:
更省一点，过渡金属用lanl2TZ，其它的用6-31G*
scf=maxcyc=500绝对不要用
Q:
谢谢！[图片]我是在想孤立出来了是不是过渡金属还是有site symmetry在里面。
A:
而且M06也不是纯泛函，用/auto毫无意义
Q:
也不是算晶体molecular orbital的吗？
A:
晶体哪来的分子轨道，那是晶体轨道
Q:
[图片]想看下类似这种分子轨道
A:
算完了就看呗
Q:
恩，就想看下MCl6八面体的分子轨道。看下轨道splitting
太感谢了！真是见笑了，完全不懂。从没做过计算，还是材料出身。。。非常感谢指导！
A:
/auto是用自动产生的密度拟合基函数，但是高斯这方面做得烂，速度提升根本不明显，精度还有所降低。而且只对纯泛函有效果。密度拟合的介绍看这里
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
Q:
因为开始用B3LYP/3-21g过渡金属Ru的t2g轨道和Cl的P轨道splitting不明显，老板说提升函数和机组，然后我就试了很多函数和机组配合，发现M06/QZVP好那么一点。然后就都用这个了
A:
仔细看此文
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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2017.02.24 07:51:36
Q:
[图片]
[图片]
请教一下，各位有知道这个错误怎么解决的吗
A:
guess=only不要和opt联用
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2017.02.24 09:07:54
Q:
对了，我也想问问，auto有什么用处？以前看到组里有人写 m06l/gen/auto，然后发现和m06l/gen 没啥区别，对了，同时还用了pseudo=read因为有赝势。
A:
/auto是用自动产生的密度拟合基函数，但是高斯这方面做得烂，速度提升根本不明显，精度还有所降低。而且只对纯泛函有效果。密度拟合的介绍看这里
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
Q:
高斯竟然没有QZVPFit
高斯16竟然并没有改进RI[图片]
A:
感觉从D.01到g16发布的几年没干多少实事
鼓捣GPU加速的功夫还不如搞好RI
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2017.02.24 09:15:17
Q:
我们都是做实验，老板懂得稍微多点。让我做这个计算，完全不懂，花了几个月都没入门。开始对计算完全没概念，错误很多都run不起来。
其实我觉得做这个意义不是很大，尤其不是专门做计算的，花那么多时间。
非常感谢大师指导！ @LiYuanhe
为啥不找个计算组合作？或者找个计算组的同学带一带？
感觉可以推荐去上上sob老师的基础量化班的课[表情]
A:
基础班不行，得上初级班
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
基础班适合内行和准内行
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2017.02.24 09:33:25
Q:
静谢谢！1，请问固定住原子用那个关键词？2，固定住还能优化吗？会不会收敛比较麻烦？非常感谢！
A:
[图片]
原理上不影响收敛
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2017.02.24 16:29:30
Q:
我想问一下Multiwfn.exe软件在Linux环境中打开需要啥命令？
A:
加可执行权限，./Multiwfn
Q:
啥意思？不好意思我是个新手，所以不太明白如何加可执行权限，./Multiwfn。
A:
如果提示你权限不够就chmod加
不会用chmod就google
没提示你权限不够就不用chmod
Q:
没提示权限的话，如果想要运行的需要啥命令行。
A:
不是说了，./Multiwfn
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2017.02.24 16:39:11
Q:
请问：一台式机，2cpu 12核心数，48线程，做并行计算是否合适？
A:
合适。并行时候最多用24核。
Q:
请问如果台式机专门做量化计算，非金属化合物过渡态，至少需要什么配置？一般作业设置几个CPU,内存多少?谢谢！
A:
看体系大小，用的级别
应该说是8个核
4核也能跑，但>50个原子已经颇慢了
专门跑计算的最最起码不低于8个核（对于intel的来说）
Q:
20-30个原子，B3LYP ,6-31+G*
A:
这种规模普通4核机子还是没问题的
Q:
以前试过戴尔的，同时计算，上网，会卡
A:
4核8线程时，你就用4核计算，而且没有做出关闭超线程这种多余的事的话，上网不会卡
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2017.02.24 17:59:58
Q:
求助老师，跑过渡态IRC时，出现这种错误：[图片]，输入文件是：# B3LYP/6-31+G(d,p) IRC=CALCFC ，这种问题是怎么回事？怎么解决呢？
A:
ｈīɡｈ Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
Q:
老师，仔细阅读了您提供的网址，其中错误类型中有相似错误，抱歉没有提供详细的输入输出文件，现在上传输入文件和输出文件，希望老师能进一步指导。。
A:
Sobereva撤回了一条消息
FAQ里说了，那种提示加个LQA就完了
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2017.02.24 18:00:34
Q:
想请教一下老师们，基于线性响应溶剂模型做TDDFT计算时，S1跃迁到S0的信息（波长，f数值）是直接从激发态优化得到的输出文件中最后一个结构信息读取么？
A:
是
Q:
[图片]
谢谢Sob老师，还想请问一下老师， S1-S0就是这个678.68nm的禁阻跃迁么？[表情]
A:
是
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2017.02.24 18:24:57
Q:
老师，
计算AICD的时候出现
Extrahiere_Gitterpunkte
没有产生povray的输出文件呢？
A:
如果用的1.0用2.0版，如果博文里的例子重复不出来说明操作过程不对。如果博文例子能行但自己的弄不出来说明参数设置有问题或者bug，死活搞不定就发邮件问作者
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2017.02.24 18:32:30
Q:
各位大神，G4单点能计算时，怎么可以不让优化结构
A:
没办法
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2017.02.24 18:40:59
Q:
[图片]请问老师，在碎片初猜后的单点用得是B3LYP/def2svp/lanl2dz计算后，得到的自旋密度和输入文件设定的不一样，这是说明算错了吗？还是不管直接去算优化？@Sobereva
A:
显然不可能精确保持初始设定的状态
毕竟不是CDFT
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2017.02.24 18:54:06
Q:
PGFIO-F-217/formatted read/unit=5/attempt to read past end of file.
File name = /scratch/wy/RlDddp-l-I-Fe5-Fe-5-rmH-unfixH-i1-s1.3-ta-freq/Gau-18332.inp formatted, sequential access record = 650610
In source file rdmo.f, at line number 187
--- traceback not available
老师，计算频率的时候出现这个是什么意思
A:
重算一遍再试，关键词尽量简化
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2017.02.24 19:37:44
Q:
[图片][图片]
sob老师您好，请问如果我想用VMware开一个CentOs做系统的Linux虚拟机，请问我的这个电脑应该选什么处理器数、核心数比较好呢？谢谢老师~
A:
设4核，一个1CPU
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2017.02.24 20:03:39
Q:
B3LYP/def2svp/lanl2dz还可以这样写输入文件啊。具体什么意思呢？可以同时写几个机组？@小米粒
A:
没法直接这么写，仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2017.02.24 20:38:29
Q:
[图片]这样的分子，计算其在水中和正辛醇中的分配系数，M062X/6-31g(d,p)是否合适？
A:
如果用SMD算溶解自由能方式计算，改用M052X/6-31G*算溶解自由能
Q:
[图片]
用这个公式[图片]，为什么M052X？跟好些吗？
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
这里说了什么级别最适合SMD
Q:
“例如，计算某分子在乙醇中的溶解自由能，就用比如# M052X/6-31G* scrf(SMD,solvent=ethanol)计算得到的单点能，减去# M052X/6-31G*计算得到的单点能。”
卢老师，做这个之前，是不是要先用B3LYP/6-31G*在气相和溶剂条件下分别优化几何？
A:
都用气相结构就行
结构应当统一
Q:
也就是说，现在气相下用B3LYP/6-31G*优化，再分别用M052X/6-31G*在气相和溶剂总做单点，是吗？
A:
y
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2017.02.24 20:56:45
Q:
老师您好，想请教您一个问题，在查看轨道时发现，基态的HOMO同基于基态结构计算垂直激发能得到的HOMO相位不同，这是什么原因呢？还请老师指导一下，谢谢老师！
A:
对于单个分子，轨道相位整体反转没关系，也不说明什么。同一个体系计算两次都可能得到的轨道相位不同
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2017.02.24 21:26:11
Q:
我用Sadlej POL基组计算有机分子的超极化率，结果都不收敛，怎么解决？
#p b3lyp/gen polar=(DCSHG) scrf=(smd,solvent=chloroform) scf=(novaracc,noincfock) int=(ultrafine,acc2e=12)
RMSDP=3.47D-01 MaxDP=1.56D+01 DE= 1.07D-03 OVMax= 4.93D-01
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(RB3LYP) = -1438.00437324 A.U. after 129 cycles
Convg = 0.3474D+00 -V/T = 2.0052
KE= 1.430587149483D+03 PE=-9.669132575310D+03 EE= 3.630091059413D+03
SMD-CDS (non-electrostatic) energy (kcal/mol) = -12.07
(included in total energy above)
Convergence failure -- run terminated.
1083 basis functions
A:
改用IEFPCM再试，还不行尝试其它泛函或基组或真空下计算把收敛的波函数当初猜
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2017.02.24 23:50:51
Q:
过渡态做IRC只走产物不往回走这个怎嘛办呢？
求各位大神指导指导
A:
找TS用的级别和走IRC明显不一样，IRC能顺利走完就怪了
Q:
？
这个怎么说呢？
A:
找TS你用B3LYP，走IRC用M06还带了溶剂模型
Q:
这个就怎么改正呢？
A:
和这幻灯片没关系，最基本的常识都没有
用一样的级别啊
Q:
[图片]
IRC没用溶剂呀？
A:
[图片]
走TS用了
Q:
所以走IRC也要用B3LYP？
A:
显然！
Q:
以及也要用溶剂？
A:
【传说】Sobereva(190258442) 15:54:36
用一样的级别啊
【传说】Sobereva(190258442) 15:54:36
用一样的级别啊
【传说】Sobereva(190258442) 15:54:36
用一样的级别啊
Q:
恩恩
好
谢谢老师
A:
就按博文里的写啊
Q:
从六元环到七元环的过渡态走IRC 使用级别已经一样了 IRC还是都走向产物这个该怎么克服呢？
求老师指导指导了
A:
scrf还是没统一，IRC还是没用
不要写Maxpoint=1000这种垃圾关键词
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2017.02.24 23:51:48
Q:
gentor只能旋转键吗？
A:
y
Q:
老师我能不能这样旋转[图片]
A:
不能
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2017.02.24 23:56:19
Q:
像那个水那么多的图，为了确定一个最稳定的构型应该用什么软件run呢？老师
A:
跑动力学轨迹，产生如图一堆初猜，然后用量化优化
实际上根本没必要考虑那么多，那种二聚体凭化学经验一摆就出来
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2017.02.25 00:48:25
Q:
[图片]请问下，若只有一个Cu离子赝势该怎么加呢
A:
什么叫只有一个？体系就一个Cu+？
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2017.02.25 00:53:39
Q:
只有一个Cu的话；我按着博文的写，6-31g*基组在哪儿体现呢？如果，仍然CHO 0 6-31g* 错误提示体系没有C H O元素；这是我的输入[图片]
错误提示[图片]
A:
不写不就完了
----------------------------------------------------
2017.02.25 00:57:19
Q:
社长，NBO hybridization coefficients可以用multiwfn计算么，如果不能可以用别的功能代替不
A:
就用NBO算呗
Q:
哦哦，习惯了multiwfn其他的不想动
我手册找了找貌似没有找到相关的
A:
pop=NBO，从里面找你要的信息
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2017.02.25 05:19:41
Q:
[图片][图片]刚下载好ORCA，想仿照一个网上的例子一下，请问老师，这是错哪了呢？（我直接按照这做的，没有什么结构文件，是不是直接操作不对呀？）还不清楚，如何操作一个完整的ORCA,请问老师能推荐一个简单的例子，学下过程吗？@Sobereva
[图片][图片]请问老师，在ORCA操作中，一提交作业就会出现这个，想问一下老师您，这是做什么用的？@Sobereva
A:
把你机子里其它的也叫orca的程序删掉或者改名
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2017.02.25 06:04:46
Q:
[图片]
请教大家：这个片段是共轭的么？conjugated
conjugated的必须是每个元素都要有一个π电子吧
这个体系不能保证每一个原子有一个π电子
The molecule must have a complete conjugated π-electron system within the ring.
这个是判断一个体系是否是anti-aromaticity的一个标准
要求是complete conjugated，我的理解是每个原子需要有一个π电子
：谢谢，判断anti-aromaticity还需要数π电子数目，要求是4n
谢谢 @虎王
：钟老师，那anti-aromaticity的判断标准是什么呢？
我看到的标准是：1. The molecule must be cyclic.
2. The molecule must be planar.
3. The molecule must have a complete conjugated π-electron system within the ring.
4. The molecule must have 4n π-electrons where n is any integer within the conjugated π-system.
This differs from aromaticity in the fourth criterion: aromatic molecules have 4n +2 π-electrons in the conjugated π system and therefore follow Hückel‘s rule.
：是的
：钟老师，您认为[图片]这个片段是anti-aromatic的么？
我手里目前没有这个片段的轨道。
[图片]
这个应该是LUMO
这个可以么？
：ICSS可以用来判断一个分子是否是antiaromatic的么？
：谢谢钟老师，对于环形分子怎么判断是否具有芳香性，我知道。但是对于这种大环套小环的不知道怎么判断。
判断是否是anti-aromatic,首先判断是否是conjugated，这种大环套小环的怎么判断？
文献认为是anti-aromatic的，是看的画红线的这个环
这个画红线的环，是研究分子的一部分，这样人为的画出一个环来，不科学吧。
反芳香性怎么看出来的呢？@钟成
是看波函数的符号么？
正负交替就是反芳香性的么？
这个对称性不匹配怎么理解呢？
这个分子本身就不是对称的
A:
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
里面诸多方法都能衡量反芳香性，特别是AICD和ICSS
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2017.02.25 07:13:52
Q:
老师，您好。RDG分析弱作用，我按着博文说的调节色彩刻度，得到的图和博文中不一样，是哪里出问题了吗？您博文上说可以对于个别体系进行调整，那我调整之后的颜色还是代表图中的弱作用吗？
[图片][图片]
http://sobereva.com/68
http://sobereva.com/291
A:
不是调这个，调的是色彩刻度的上下限
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2017.02.25 08:51:03
Q:
大家知道有什么可以加激光场的化学软件吗
高斯不能加强场吧我一直用的octopus 但是tddft结果和其他结果对比不好
这边教授推荐用newton-x 我看了一下也不能加强场
A:
newton-x本来也不是干这个的
Q:
恩恩他说可以做surface hopping
但是不能加场
A:
newton-x的目的就是用来做非绝热动力学，和加场没关系
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2017.02.25 09:14:48
Q:
他的核运动是经典处理的核运动导致非绝热跃迁我们的目的是分子在激光场中的行为同时有电场的作用和核运动的作用
我不太懂化学绝热我的理解就是核子在势能面上运动不发生跃迁
A:
绝热是指化学过程只考虑在绝热势能面上运动。比如说，如果只考虑绝热过程，那么分子在S0态始终在S0态，在S1态始终在S1态，不会因为势能面(避免)交叉而出现S1->S0的内转换。而考虑非绝热效应则可以描述出这种内转换过程
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2017.02.25 11:51:12
Q:
A:
新帖：使用NWChem做分数占据数的DFT计算
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5140
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2017.02.25 12:15:15
Q:
在用B3lyp/def2svp单点算一个双核的时候出现收敛问题，“”Rare condition: small coef for last iteration”。麻烦问下一般怎么解决？谢谢！试这个？[图片]
A:
不是报错，不用管。
计算时候总加上#P以方便监控收敛到什么情况了
Q:
谢谢群主 !但是已经计算结束了，129次收敛失败
A:
用博文的方法试图解决
Q:
用您建议的B3lyp/def2svp算，而且直接去掉opt了，这样就是默认不优化结构单点算？这时候单点算的是不是能量？需要加能量关键词吗？谢谢！[图片]
A:
默认算的就是单点能
直接这么写就行
对于没弥散的情况，int=acc2e=12没有意义
都说了，用#P，省得蒙在鼓里
光看这个提示你什么也不知道
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2017.02.25 13:29:41
Q:
像Ru这样的原子，一般都要用赝势吧？ @Sobereva这个点儿都还不歇着？
A:
用
Q:
所以，你昨天跟他说的所有原子用def2SVP，他那样写压根儿就没有用赝势，/擦汗
我记得有一次我用def2TZVP算In, 就是忘写pseudo=read了，所以赝势没有用上，在机子上跑了很久都跑不完 /撇嘴
A:
他这样写自动就对Ru用了赝势！
用def2的时候根本用不着pseudo=read或者genecp，def2本身对第五周期开是就是赝势基组，直接写def2高斯就知道
所以def2是最省事的
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2017.02.25 15:42:12
Q:
静谢谢！之前用M06/Qzvp优化结构算，算一个星期都没算完；然后按照群主建议改成B3lyp/def2svp，也同时直接去掉opt算单点，不到半个小时就跑完了。。。貌似不用优化结构瞬间就能算完。。。是不是不优化结构得到的结果没有意义啊？谢谢了！
不过用了[图片] SCF=(novaracc,noincfock) int=acc2e=12，还是没收敛。“”Rare condition: small coef for last iteration: 0.000D+00“”。是不是这个三重态的问题，单重态和五重态都收敛了？还有别的解决办法吗？谢谢！
A:
对于晶体直接取的结构，如果你就是要研究晶体环境中的状态，对于含有氢的情况应当固定重原子优化氢，因为X光衍射测不了氢的位置
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2017.02.25 16:53:44
Q:
请问，我在修改某个基组重新计算结构时，忘记加opt，现在重算，是直接用opt快，还是用opt=readfc ？
A:
差不了哪去
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2017.02.25 17:20:01
Q:
请问社长，使用guess=read帮助收敛，读取低水平方法的chk文件，用于更高水平方法，除了优化，频率，单点能，IRC计算也可以这样吗
A:
可
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2017.02.25 18:05:13
Q:
大家好，TD-(U)PBE0/6-311++G(d,p) and CP-(U)CAM-B3LYP/6-311++G(d,p) 这两个基组里面的TD-(U)PBE0和CP-(U)CAM是在Gauss View的哪选
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2017.02.25 18:53:11
Q:
[图片]
一直出错，检查了输入文件也没有发现有错误
这是怎么回事？
[图片]
用的混合基组
但是之前一直不收敛
好，那我试一下
删掉关键词还是不行
但是基组我检查了没问题的
[图片]
这样吗？
还要不要加其他关键词？
可以算了
谢谢/玫瑰/玫瑰/玫瑰
A:
字号不要超过12，注意群文件里的群规
----------------------------------------------------
2017.02.25 20:17:20
Q:
老师，生成NBO plot文件，win版在输入文件末尾$NBO plot file=c:\xxxxx $END指定路径，Linux版是不是$NBO plot file=xxxxx $END就能把文件直接输出到gjf路径下
A:
Tsao file后面按照linux目录规矩来写
----------------------------------------------------
2017.02.25 22:07:39
Q:
各位老师打扰了。请问怎么用高斯算boys局域轨道。拿甲烷分子举例。谢谢谢谢
A:
没特殊必要不建议在高斯里用boys定域化，步骤麻烦还容易出错，直接用pop=saveNLMO最省事
Q:
谢谢老师老师可以请问为什么不建议用吗？
boys局域化
A:
高斯程序这部分写得不好
Q:
老师如果要算局域轨道用什么好呢？谢谢谢谢
A:
不是说了，用NLMO
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2017.02.25 22:35:05
Q:
请问各位老师，团簇的中各原子的磁矩要怎么计算，用NBO可以吗？
A:
仔细看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
----------------------------------------------------
2017.02.25 23:07:43
Q:
老师，要怎么考虑每个原子上磁矩的方向呢？根据自旋密度的正负？另外，怎么看团簇是铁磁性，顺磁性，反磁性呢？
A:
原子要说自旋布居，博文里强调了
看自旋布居的正负
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2017.02.25 23:37:51
Q:
大博士，对于超极化率，可以使用的赝势基组有那些呢》?？
A:
LFK
以及aug-cc-pVnZ-PP系列、def2-TZVPPD
Q:
[图片]大博士，使这个基组吗？
A:
一看不就知道
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2017.02.25 23:49:51
Q:
请问： Gasteiger电荷是基于电负性概念所计算得到的，但是是在什么水平下计算的是基于力场计算或从头算水平？
A:
都不是，是基于预置参数的
Q:
只要给定特定原子电负性和原子连接性，Gasteiger电荷就可以确定了？
X = a + b*q +c*q^2 , abc均为预设参数
A:
对
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2017.02.26 00:01:22
Q:
请问大家，跑动力学，cuda对nvidia的显卡有型号要求吗？
A:
看动力学程序对显卡的要求，不同程序有所不同
Q:
也就是说我随便买一款英伟达的，跑gromacs还不一定可以吗？
A:
现在市面上的n卡都能跑gmx
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2017.02.26 02:14:45
Q:
请教各位，M06不能分析二阶导数是不是不能跑IRC，谢谢指点
[图片]请教老师，失败原因
好嘞，我试试
A:
M06当然有解析的二阶导数，没二阶解析导数的是g09里的TDDFT
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2017.02.26 07:42:44
Q:
[图片][图片][图片]请问老师，高斯优化中出现L502报错，怎么办？想加calcfc，组里师兄说算不动？请问还有其他啥方法吗？
想加calcfc，组里师兄说算不动？请问还有其他啥方法吗？@Sobereva
A:
这跟用calcfc毛关系也没有
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2017.02.26 10:02:54
Q:
请问Sob大博士，我按照 http://sobereva.com/216 在绘制NICS(1)ZZ的填色图时，整个图都是绿色，也是所有值都是0，可能是哪里出错了？
[图片]
这是我用您提供的苯的模板文件做的图，也遇到同样的问题
在画ICSS_ZZ的时候是没有问题的
A:
我不清楚NICS(1)ZZ的填色图你怎么画的，如果屏幕上提示最大和最小数据都是0，说明很可能用的格点数据就有问题，或者操作不对。
先尝试把博文中ICSS_ZZ平面图画出来，NICS(1)_ZZ只不过是把绘制ICSS_ZZ的平面设成分子平面上方1埃而已。
Q:
噢，刚才我应该描述错了，在绘制三维立体的ICSS_ZZ图没有问题，在输出ICSSZZ.cub后，按您博文中的步骤绘制填色图遇到了问题
ICSSZZ.cub
4 //绘制平面图
100 //自定义函数。此时这个函数在任意一点的数值即是基于ICSSZZ.cub插值得到的值
1 //填色图
[回车]
1 //XY平面
1.89 //Z=1.89 Bohr，相当于Z=1埃
在刚出现的图上点右键关闭之，并输入
1 //更改色彩刻度
-40,30
4 //显示原子标号
1 //文字为红色
17 //设定显示文字的距离阈值
2 //只要原子核距离作图平面小于2埃则这个原子的符号就显示在图上
n
2 //显示等值线
-1 //重新作图
此时会看到下图
非常感谢大博士这么晚还给我回复/抱拳
A:
你有没有做这步？[图片]
Q:
[图片]
A:
-1不是1
Q:
图画出来了，谢谢sob大博士！/赞/赞[图片]
A:
nice
----------------------------------------------------
2017.02.26 16:27:23
Q:
请问，Gasteiger charge有适用范围吗？我对有机分子用Chimera可以给有机分子加Gasteiger 点电荷，但是对于一个TiO2 团簇模型， Chimera却不可加.我看加点电荷的时候，使用的是Amber 的原子连接类型，是不是可以这么理解，Chimera中没有无机化合物相应力场的 atom connecivity，导致不能给TiO2加点电荷？
谢谢
抱歉又发了一遍。请问，Gasteiger charge有适用范围吗？我对有机分子用Chimera可以给有机分子加Gasteiger 点电荷，但是对于一个TiO2 团簇模型， Chimera却不可加.我看加点电荷的时候，使用的是Amber 的原子连接类型，是不是可以这么理解，Chimera中没有无机化合物相应力场的 atom connecivity，导致不能给TiO2加点电荷？
谢谢
A:
Gasteiger就是给有机分子用的
而且即便补充上去无机元素的参数，用于无机体系也根本指望不了合理性。
计算原子电荷方法有的是，看群共享里原子电荷计算方法的对比
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2017.02.26 17:41:07
Q:
[图片]老师这我优化的输出结果，算一步就掉了，这也没报error呀？这是什么意思？
交到服务器上，作业不算了
A:
加上#P，重算一遍再试
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2017.02.26 18:07:00
Q:
请问老师，什么是generalized compliance matri？如何计算出来？，谢谢！
A:
看综述DOI: 10.1039/b717781j，作者主页上有程序可以算
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2017.02.26 18:43:21
Q:
请问用gv构建一个水分子的pdb文件后，用pack mol建各种有关水分子模型，由于gromacs中对水分子和原子的特殊表示，必须将每个原子表示成gromacs的默认形式，但对上千个水分子体系手改的话很麻烦，请问有什么好的办法？
就是把H,O,转换为H W,O W的形式
水可以用gromacs添加，但对醇水混合体系用packmol建模很方便，但必须把里面水的H,O,转换为H W,O W等格式啊
A:
不需要转原子名，拓扑文件和结构文件的原子顺序对上就ok了
----------------------------------------------------
2017.02.26 20:51:47
Q:
请问在用gromacs生成蛋白-配体输入文件tpr时，一直这样是咋回事呀
[图片]
A:
如提示所说，当前计算没有定义LJ 1-4计算规则，是拓扑文件的事。与课上的例子进行对比找原因
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2017.02.26 21:10:08
Q:
请问一下在计算反应速率常数的时候，如何计算反应的简并度？
A:
[图片]
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2017.02.26 21:17:18
Q:
用的是acpype
就是老师上课教的那个antechamber
改用从atp网站上直接下载结构文件和参数文件，但是结构文件格式并不是gromacs要求的gro文件而是pdb文件
这个怎么转换呀
A:
没有非得要求gro的情况。只要不需要记录速度，gro和pdb对gmx来说是完全一样的
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2017.02.26 23:20:47
Q:
咨询下，谁能帮下个文献
A:
求文献的规矩看群文件里的群规
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2017.02.27 00:44:43
Q:
[图片]做限制性动力学1fs还是做不起来哎
是不是得考虑再缩短步长啊
A:
1fs的时候就可以用柔性水了。
如果用柔性水也不行，要么初始结构不合理，要么拓扑文件有毛病。
如果确保拓扑文件没问题，初始结构也不好查出毛病，也可以尝试0.5fs
Q:
我试了下0.5fs
还是崩溃了
那就先试试柔心水？
Q:
柔性水模型好像不适用于gromos立场呀
A:
没这回事
Q:
gromos的御用立场不是spc?
A:
SPC是水模型不是力场
是力场不是立场
让你用柔性说模型只是帮助找崩溃的原因，文件都正常了用刚性水模型不可能出问题
字号不要超过12
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2017.02.27 00:59:58
Q:
请问各位老师，几百个原子的大共轭体系做TDDFT做的动吗？用什么泛函比较合适呢？
A:
二三百还有戏，大几百没戏，除非用sTDA
Q:
那350个原子能用TDDFT吗？
就用最便宜的6-31G*行不行呢？
A:
除非机子极好，否则别指望
Q:
好吧orz。。。谢谢老师指点
我去看看TDA怎么做的~
有没有人用SF-DFT方法的？？？？
A:
TDA和sTDA是两码事
仔细阅读群文件里的群规，本群禁止用“好吧”做句子开头，用多了会被踢
没阅读过群共享里群规的人都先阅读一遍
Q:
抄一遍还是比较靠谱的
A:
上面甚至一句话就触犯了两条群规
Q:
除了好吧，还有啥？
A:
有没有...
连续用多个问号
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2017.02.27 04:43:02
Q:
问一下老师算NMR时，用的是B972/pcSseg-1，怎么找不到它的1H和13C截距和斜率
那不用找截距和斜率吗谢谢了
A:
本来就没人拟合过。你用博文里的方法结合标度法算的结果，比用B972/pcSseg-1更好还更便宜
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2017.02.27 06:23:25
Q:
sub老师，我做完gmx energy -f prod.edr 命令后怎么只显示30项，而教材中有41项，其他的11项怎么显示不出来呢？
A:
和体系、mdp设置有关。有你需要的项便可
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2017.02.27 06:29:39
Q:
请问有机分子的分解温度能预测吗？
A:
最普适的做法是不同温度下做AIMD看多高时候能分解，不过非常耗时
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2017.02.27 15:14:54
Q:
sob老师，不同温度下做AIMD哪个软件方便使用呢
A:
最傻瓜化的算是dmol3
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2017.02.27 16:18:43
Q:
老师，请问一下，我寻找的过渡态的能量低于反应物和产物的能量，是不是不对啊？[图片]截图是我输入放入寻找过渡态的关键词/抱拳
A:
[图片]
这种反应很多
Q:
好的，谢谢老师，我寻找的是金属配合物T1态和MC态之间的过渡态，做IRC路径时，是这种[图片]，是不是不存在过渡态呢？@Sobereva
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.02.27 16:38:26
Q:
[图片]
(整理Q&A) 老师，前面计算的虚频和ts都挺好的，为什么IRC出现这样的问题
/撇嘴狂野另外感到畏惧
我看大神的帖子上写的
tddft不能二阶导不是
[图片]
那请教老师，怎么加关键词，第一次尝试性IRC计算不是很清楚/糗大了
恩恩，谢谢您，我问问Sob老师/呲牙@Sobereva
稍等
[图片]
[图片]
A:
g09 TDDFT的IRC有时候很烂，哪怕关键词已经改进得没法再改
所以有时候能用柔性扫描等效代替就用柔性扫描搞
Q:
谢谢老师，我找找看看有没有相关帖子再看看/玫瑰
我是取得扫描的势能曲线的最高点的结构优化的
再请教一下老师，您的意思是把ts后的结构往两边scan么？
A:
看具体问题，有的能用柔性扫描近似描述要考察的问题，有的不能。
非要完美跑IRC就买g16
Q:
谢谢您我算算试试
A:
如果不是E.01换E.01再试
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2017.02.27 16:48:07
Q:
各位老师，请问用caussf计算轨道时，最后一例的weight是如何得来的？
A:
每种组态函数都有对应的系数，求平方就是所占成份
----------------------------------------------------
2017.02.27 17:07:36
Q:
老师，请问DFTB是在DFT基础上进行了哪些近似，他们之间的主要区别是什么
谢谢老师
A:
看Theor Chem Acc (2006) 116: 316–325
----------------------------------------------------
2017.02.27 17:35:53
Q:
/流汗NWchem 用LC-wPBE/6-311+G* 算个单点真是慢到家了
A:
然
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2017.02.27 17:56:07
Q:
[图片]请问各位老师，gromacs中ffbonded.itp重HS SH这个bondtype是就是指的H-S吗？
A:
是
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2017.02.27 18:02:36
Q:
谢谢了。高斯为啥不做不同温度下的动力学呢。
A:
没有控温选项
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2017.02.27 18:04:08
Q:
老师，想问一下，分子是PtC3-C4H4S不加counter=2可以算出来，再加了counter=2之后都是301的错误
[图片]
A:
贴关键词
----------------------------------------------------
2017.02.27 18:04:37
Q:
老师，算nmr时找斜率和截距时有个比例因子10和14，该选哪一个
A:
比例因子指什么？
就按博文里查表得到斜率和截距去计算就完了
----------------------------------------------------
2017.02.27 18:20:51
Q:
老师，这是关键词：# wB97xd/genecp opt nosymm freq counter=2
A:
甭用wb97xd，没有Pt的色散校正参数
还有，counterpoise别和opt freq一起用，CP只对于校正单点能有意义
Q:
老师，那应该改成什么方法
A:
如果必须考虑色散校正，用诸如B3LYP-D3之类
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
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2017.02.27 18:32:21
Q:
谢谢sob，就是不知道高斯研发人员为啥不在新版高斯里面设置控温呢，难道这个很难吗。
A:
超简单，特别是berendsen那种控温
有些程序开发者就是莫名其妙。
比如分数占据计算，让高斯支持它瞬间就搞定，但就是没这功能
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2017.02.27 18:37:46
Q:
老师，空穴电导率可以用软件计算出来吗？
A:
http://bbs.keinsci.com/thread-1732-1-1.html
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2017.02.27 18:48:56
Q:
请问lowdin转置是什么意思[图片]
这个转置有什么用啊
大博士
A:
没听说过，估计就是lowdin正交化
Q:
lowdin正交化有没有相关文献之类
A:
Szabo的Modern quantum chemistry
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2017.02.27 19:17:25
Q:
请问，.gro文件在VMD中打开是不是直接带有周期性边界条件属性
A:
只要gro里正确定义了盒子信息就是
Q:
[图片] 就是最后一行的这个吧谢谢 sob老师
A:
y
计算时总得利用这些信息
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2017.02.27 19:34:28
Q:
老师您好，我投了一篇文章，主要是计算TiO2吸附小分子的，其中涉及到能量，和一些电子结构，主要使用的是GGA PBE，但是有一个人拒稿的原因就说没有+U,计算TiO2的电子结构是不精确的，是不合适的，这个可以列一些没有+U的文献来反驳他吗？
A:
对于你研究的体系和问题，如果有不+U结果还不错的文章就可以反驳
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2017.02.27 19:43:09
Q:
Does the template necessary for submitting to PCCP?
Can anyone tell me?
very good news, thanks ....
最好用模版，这样审稿人能看得方便些。
真是不想折腾格式哦
A:
用不着模板。文章中适当位置嵌图就足够方便观看。
一般只有letter由于需要控制排版后的页数才需要投稿时就用模板
----------------------------------------------------
2017.02.27 19:53:01
Q:
老师，向您请教一个问题。我要搜索一个过渡态，我的关键词:[图片],确定两个优化结构的坐标一一对应，[图片]，但是始终不收敛，报这个错误，
[图片]我该如何解决，谢谢！
A:
甭用QST2
Q:
那怎么搜索过渡态？
A:
QST2就是坑菜鸟用的
opt(TS,calcfc,noeigen)
Q:
我不是很明白，如果我用opt(TS,calcfc,noeigen)这个关键词，用哪个优化结构了？如何能够确定这个过渡态就是这两个优化中间体的过渡态？
A:
给合适过渡态的初猜啊
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2017.02.27 20:53:48
Q:
[图片]
蓝框部分如何翻译？
谢谢！
A:
简缩线性响应核
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2017.02.27 22:05:45
Q:
[图片]VMD想改变分子中某个原子的颜色怎么办呢希望老师帮助
A:
建立新rep.，用语句选中那些原子，color id设定相应颜色，并且CPK设定中把原子球半径设得比默认稍大一丁点盖住之前的部分
----------------------------------------------------
2017.02.27 22:24:05
Q:
大博士，能推荐一本专门讲密度泛函的书吗？杨伟涛和Parr的那一本可以吗？
A:
入门别看那个，看A Chemist's Guide to Density Functional Theory 2ed
Q:
[图片]是这本吗？
A:
专用邮箱里有
之前你参加培训时候网盘里的推荐书籍目录里也有
是
Q:
这本书不错啊，说实在的，我也想要一个拷贝 ……
上传了一份，大家有志于学习DFT的可以看看
dft看看视频文献综述就OK了
请问一下计算只有一个金属离子使用赝势基组，这是输入[图片]报错为[图片]怎么改正呢？
A:
综述不可能去掰开了揉碎了讲underlying的东西，光看文献、综述只能学个皮毛，一知半解
现在的人对看书太不重视
Q:
使用M062X主要是想算弱相互作用
A:
大部分搞应用性量化的研究生，可能连一本正经的量化书（中文的不算）都没认真看过
一个原子也去优化，明显最基本知识也没有
输入文件里就一个原子
Q:
初学，见笑了；是为了算解离能
A:
比起写那个，先把势能面及相关概念搞透彻更重要
Q:
请问下有没有推荐的学习相关资料呢
A:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
Q:
个人感觉能把HF/6-31G*的代码写一遍，就能有极大的提升
A:
写那个没大用
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2017.02.27 22:48:58
Q:
14:20:10
山科大化工 2017/2/27 14:20:10
有人做cosmo计算吗今天看到有人做σ-Profiles和σ-potential分析对σ-Profiles很熟悉，σ-potential是个啥玩意？
A:
看DOI: 10.1002/wcms.56
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2017.02.27 22:53:12
Q:
我也请教Sobereva一个问题：D95V(d,p)这个基组与SDD或lanl2dz赝势结合怎么样？这个基组有效吗？好像D95V(d,p)比6-311++G(2df,2pd)小很多。
A:
不要用这破基组
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
这里没提到的基组除非特殊情况否则都不要用
Q:
用后者？以前没听说过这基组，也极少有用的。用后者？
A:
D95V(d,p)如今几乎没人用，毫无好处，非主流
看博文
Q:
高水平计算付出和受益不成比例。/微笑我只是看到赝势基组什么什么用D95V，才想到问一下。谢谢Sobereva的指点。
A:
我看见两个加号就不爽
看见pople基组加一堆极化也不爽
Q:
/微笑主要体系不大。太大基组承受不起，太小基组也说不过去。
A:
这就更得看博文弄清楚什么基组最划算
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2017.02.27 23:05:25
A:
可算把compliance这个鬼玩意儿跑起来了，有点意思
[图片]
连个说明书也没有，help形同虚设
Q:
/发呆棒
我看他文里说的好像就是把hessian逆一下取对角再逆一下
（如果真这么简单我自己写程序算一下试试……）
A:
内坐标下很容易实现，过程如你所说。但只提供笛卡尔坐标，计算冗余内坐标下的compliance matrix还是需要额外乱七八糟变换的。
只实现内坐标下的形式没多大用，毕竟很多键没有恰好出现在内坐标的定义中
Q:
总算懂了为什么内坐标定义不同会影响force constant那么大
所谓的rigid force constant 别的坐标都fixed了…
[图片]
A:
恩
Q:
开始以为只是一点点差别数值上的
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2017.02.27 23:23:22
Q:
[图片]请问老师，我运行sobMECP的时候出现这问题，是我电脑系统的问题吗？谢谢
A:
机子里没装ifort编译器
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2017.02.28 02:19:05
Q:
请问各位老师，两种有机分子因为弱相互作用形成了复合物，如果我想知道它们的复合物的稳定构型应该怎么做呢？直接放两个分子做优化应该不行吧？望赐教~
A:
用molclus做二聚体构型搜索，找最稳定构型
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
[图片]
[图片]
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2017.02.28 03:25:29
Q:
请问老师，Br溴原子用什么基组比较合适？
算一下同位素位移
A:
如果指NMR化学位移，用pcSseg系列，看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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2017.02.28 03:43:01
Q:
请问利用multiwfn做激发态与基态的electron density difference,优化默认计算的是不是MPA电荷，怎么算NPA电荷的electron density difference
A:
Multiwfn没有默认的电荷，你选什么方法就用什么方法算原子电荷
pop=NPA density
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2017.02.28 04:03:38
Q:
希望看到有机晶体的溶解过程，可以用gromacs模拟吗？不知道这种时间尺度MD可以实现吗？
估计我这个实际溶解应该是以秒为量级的，MD估计悬啊
那这个溶解还有哪些计算可以做？
A:
可以模拟
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2017.02.28 04:09:12
Q:
请问我的频率计算到了“234 vectors produced by pass ........” 这一不变的非常非常之慢，学校服务器设置的单任务最长计算时间为10 天，我的算到九天多还是在这一步，请问有什么办法可以快一些吗？
A:
简化体系，降低计算级别，用更好的机子
----------------------------------------------------
2017.02.28 04:35:46
Q:
应该是可以短时间内提高自身的速度
A:
turbo boost并非是“短时间内”提高速度，而是在保证CPU不超过热设计功耗且稳定的前提下自动超频
----------------------------------------------------
2017.02.28 04:48:06
Q:
[图片]为什么NWChem 轨道分析不是从 Vector 1 开始的呢？
A:
内核MO给省了
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2017.02.28 05:20:10
Q:
有什么好的程序可以对mopac可视化？【试了avogadro，但程序老是出现问题而crash】
对MOPAC 结果可视化
我需要看频率
A:
gabedit
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2017.02.28 06:41:04
Q:
三线态需要用broken symmetry吗？
A:
三重态计算没必要做任何特殊设置达到对称破缺，自然而然就会破缺
优化三重态没特殊必要甭用TDDFT，直接写0 3用UDFT，看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2017.02.28 07:39:59
Q:
共37个原子，含氢键，4Cl 8O 10N 5C 10H 用B2PLYP算单点，def2tzvp算不动，求基组推荐 (整理Q&A)
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
----------------------------------------------------
2017.02.28 08:18:44
Q:
请问老师，我算的一结构S1和T1均为n-pi*激发，电子都是从HOMO转移到LUMO，然后我想用CASSCF计算T1/S0的交叉点，是不是活性空腔选择（4 3）就可以了呢？4为pi电子和孤对电子数，3为n轨道和pi与pi*轨道。不知道我这么想对不对？希望老师指点下，谢谢！
A:
用sobMECP搜索极小交叉点快得多也省事得多
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
----------------------------------------------------
2017.02.28 08:23:17
Q:
老师，算紫外时激发态Nstates应该怎么选择
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2017.02.28 09:06:26
Q:
orca的并行是显示多个cpu 100%吗，（看惯了g09的1200%）
[图片]
A:
是。MPI并行都这样
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2017.02.28 11:03:42
Q:
请问老师，我在算单点的时候出现这样的错误
[图片]
这是输入文件文件的关键词部分
[图片]
能保证chk文件名一致这是为什么呢麻烦老师帮一下忙
A:
去掉guess=read，并去掉垃圾关键词，看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
----------------------------------------------------
2017.02.28 15:01:15
Q:
科研工作者要好好看看，我看了之后感到无地自容，很惭愧
[分享] 台湾大学校长在大陆演讲：记者边录边哭
典型鸡汤文
不喜欢这种上纲上线的
谢谢老师@Sobereva
谢谢sob老师
初中的时候班主任给我们全班读过这篇演讲，觉得热血沸腾，现在看来，都是年少无知
这是无知，那什么是知识呢？
难道杀盗淫妄是对的？
损人利己是对的？
三个连续的问句/发呆
一个人做错事有很多种理由，忘记关水龙头不一定就是损人利已，也许他认为就是坏的，本来就没水。
这种文章就像于丹一样，说的都是正确的废话，根本就不给出任何行之有效的解决办法
而且吃面包怎么就比吃汉堡高尚呢？喝茶叶就比喝奶茶有品格？
站着不腰疼的说话方式我也会，好好学习天天向上，问题是，怎么好好学习，怎么天天向上？
哪个民族哪个个人是靠着读心灵鸡汤成功的？马云还是王健林？
美国有一个篮球教练，从来不再训练的时候说一句废话，直接告诉队员，你的动作不对，你的动作需要调整，这才是好教练，而不是天天告诉你，要奋发图强，感觉这样跟耍流氓没区别
一切不给具体技巧的办法都是耍流氓
胡适说，少谈些主义，多研究问题
人本来就是自然的，天性像猴子一样乱扔乱丢，然后才有教育，提高素质。乱扔东西只是说教育没覆盖到，跟人性没关系。那些收拾的干干净净的邻国人，永远也不会向你道歉。
/憨笑利刃说得对
/赞说得太好了
领导不都喜欢这么说嘛，要发挥主观能动性/笑哭
领导都是拍脑袋决定，拍胸脯保证，拍屁股走人，说话你权当一听，就是别当真
A:
那老头儿超过半数说的连“正确”都算不上
这类狭隘的言辞只会增加民族和国家之间的矛盾，根本不利于全人类的共同发展
Q:
貌似这个群只讨论学术问题得嘛/撇嘴
/憨笑连正确都不算，看来就不能用废话这么简单的定义了
偶尔吐槽一下也是可以谅解的嘛/憨笑
A:
很多言辞甚至愚不可及，居然说什么“很多人为兴趣而读书，岂有此理！”
说这种胡话活在100年前的天朝或许还能原谅
Q:
为中华崛起而读书
/憨笑很多人读书很功利的，这样的读书不能长久
严重同意，玩是人的本性。
/憨笑大博士，好好奇你的大脑和我们的有什么结构上的不一样，还是仅仅比我们多几条沟回
A:
我正是为兴趣而读书的人之一
兴趣决定结果的一半以上
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2017.02.28 17:22:15
Q:
大博士，是不是只有在稳定的波函数下得到的能量才有可比性？
A:
不一定。
比如基态是S0，你要考察T1态，也可以考察和对比，但T1就不算稳定波函数
----------------------------------------------------
2017.02.28 17:25:25
Q:
[图片]，请问正辛醇有专门的关键字吗，还是需要设置介电常数？@Sobereva
[图片]G03貌似没有，不确定g09有没有
A:
手册里看scrf关键词
一看立马就找到n-octanol
----------------------------------------------------
2017.02.28 17:26:56
Q:
sob老师我在计算单点能的时候一直都收敛不了能否帮我看下是关键词用错了还是本身结构的问题@Sobereva
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
不要写多余的
Dovacuum,ExternalIteration去掉
scrf里read去掉
基组定义根本不对
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2017.02.28 17:34:22
Q:
[图片]我们的服务器还是装不上gromacs，学了一堆用不上
A:
你用虚拟机装个和你们服务器一样的系统，在虚拟机里折腾折腾编译好，拷到服务器上看能否用
Q:
服务器是linux系统，装的DS
版本是红帽6.5的。装gromacs说gcc版本低
A:
你装gmx5.1.4就行了，6.5红帽的gcc没问题。用起来和培训班讲的2016.1一模一样
能，当年我都用单核1.7G笔记本开vmware跑gmx
Q:
刚开始5.1.4是可以装的，后来装2016覆盖升级了gcc。5.1.4没法编译了
/冷汗
yum重装gcc也不行了
A:
随机应变吧，总有办法
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2017.02.28 17:37:52
Q:
老师，请问gaussian在linux虚拟机下运行速度和真实linux系统下运行速度有区别吗？
A:
没多大区别
差异在5%左右
----------------------------------------------------
2017.02.28 17:43:19
Q:
[图片]老师，我按公社上操作完之后，左侧坐标轴怎么没数值了？
A:
菜单里有设置坐标轴的。注意当前由于上下反转了，所以坐标轴也得反着设
Q:
没太懂？还是没有数值/撇嘴
这个是红外光谱
A:
比如你设3000,-100,-300
注意步长是负数
----------------------------------------------------
2017.02.28 17:45:18
Q:
这是TDDFT做的吗，挺好看的。我看的文献好多都是包峰
A:
电子光谱一般用高斯函数展宽并且FWHM比较大，所以才会呈现所谓的包峰。这图是振动光谱
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2017.02.28 17:55:47
Q:
老师，这个图怎么弄到origin里
A:
后处理菜单选保存图像，然后粘进去
----------------------------------------------------
2017.02.28 18:12:35
Q:
各位大神，请问ambertools16里面的ff14SB力场可以用于AMBER12软件包吗
A:
原理上可以
Q:
就是说从原理上来说没有毛病，但是实施起来可能会有问题呗~
如果写在文中审稿人可能会质疑吗？
A:
你只要把参数挪过去的过程没搞错就没问题
不会质疑
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2017.02.28 18:27:50
Q:
[图片]
请问老师，输入文件有误吗，提交不上啊
A:
m062x
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2017.02.28 18:30:38
Q:
请教一下的，跑IRC的时候，为什么能量会升高，而且莫名其妙的断了啊
IRC=(calcfc,maxpoint=20,stepsize=5,forward) M06L genecp scf(xqc,maxcycle=120)
这是相应的命令，求指点啊
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
----------------------------------------------------
2017.02.28 18:33:31
Q:
大博士，单重态和三重态的能量相差小于2Kcal/mol，计算激发态该怎么处理呢？
A:
照常算
Q:
两种自旋态的都计算激发态，还是计算能量最低的？
A:
看基态是哪个
Q:
能量最低的是单重态
A:
就用单重态呗
----------------------------------------------------
2017.02.28 19:03:42
Q:
[图片][图片]
卢老师，那个E我就取-1129.49449136这个值计算吗？
A:
y
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2017.02.28 19:43:38
Q:
请教老师问题：目前我想做一个关于C6H12=C6H11+H的反应速率常数计算，其中生成物都为自由基，这个反应是一个没有过渡态的反应，我的想法是用kisthelp软件做CVT 计算，我自己阅读了sob老师的《使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数》，我仍然不太懂怎么计算这种单分子热裂，没有过渡态的速率常数呢？还请多多指点，谢谢！
A:
用裂解过程的自由能垒代进去
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2017.02.28 19:44:46
Q:
大博士，如果计算激发态中，第一激发态的跃迁能远小于第二激发态的跃迁能，是不是也可以认为波函数不稳定？
比如第一个是0.040，第二个是1.400
A:
负值才说明不稳定
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2017.02.28 19:45:00
Q:
各位老师，AIM分析中键临界点，到底是什么临界？电子密度？电子密度梯度？或者其他什么 (整理Q&A)
A:
AIM里一般都是指电子密度临界点。虽然其它函数也有临界点
----------------------------------------------------
2017.02.28 20:00:39
Q:
想请教群里各位，想了解一下有关Gaussian里用GPU的
还不行吧？
A:
信息在官网上就有
Q:
新版本可以了吗？
A:
Gaussian 16 / GaussView 6 新功能
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4951
“光明前景”算是胡说
Q:
/赞
sob老师好像一点也不看好gpu
A:
跟风+白费功夫罢了
有这功夫把RI搞好了多好
Q:
嗯嗯
Gaussian是不可能搞RI的
这跟它们的学派相左
所以ORCA前途一片光明
为什么不可能搞
坐等ORCA 4.0
A:
死要面子活受罪
Q:
orca的scf相比高斯比较慢。。。
orca4.0支持DLPNO算开壳么？
/发呆高斯还有学派，我以为公司只会对多卖软件做最优化
ri怎么就跟他们的学派相左了。
A:
ahlrichs学派的
不过g09 B01也直接支持他们的def2了
Q:
这两年国产量化软件有什么起色吗？
没听说过。。。
/衰
国内能有什么起色，大家都忙着发文章呢
不少个人弄的，但基本都是自己自娱自乐。
好像有一个国产的晶体预测软件
和计算化学沾边
A:
国产的辅助程序还是不少的
Q:
前两天在论坛里看到一个招聘帖是个在北京的做软件的公司
前好几天
A:
那属于第一性原理
Q:
辅助程序相对来说好做一些
A:
PWmat
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2017.02.28 20:38:30
Q:
[图片]卢老师，这是我计算出来的某些有机分子在正丁醇-水中的分配系数，是不是意味着他们基本都是亲水性的分子，而数值越小，亲水性越强？
A:
是
不是基本都是亲水性，>1的说明亲油>亲水
Q:
另外我想问下，根绝您经验这个数值是否合理？因为第一次算，没经验[图片]这个是数值7.78的分子
A:
合理
Q:
谢谢，我用的温度是298.15，对吗？
A:
计算的溶解自由能和温度无关
Q:
[图片]公式里的温度取多少？
根据实际实验取就可以？
A:
y
Q:
也就是说，我可以说，在298.15K下，[图片]的在正丁醇-水中的分配系数是7.78，是亲油的，是不是？
A:
是
Q:
如果我温度取100000K(假如哈)，那我可以说他在这个温度下是亲水的了？对吧
A:
什么亲水，早解离了
Q: 哈哈，我就单纯从计算数值上说
A:
分母项再大符号也不可能改
而且隐式溶剂模型算的溶解自由能其实是常温的，温度偏差太大首先溶解自由能也不准了
Q:
晓得了，谢谢！
最后一个问题，区分的标准怎么分段的<-1, -1~1,和>1吗
<-1，说明亲水>亲油
-1~1，说明差不多
>1，说明亲油>亲水
我理解的对吗
A:
对
Q:
苯的正丁醇-水分配系数是不是很大？是不是最大？
我现在同一水平下算算看是多少
A:
很大，但不算最大
Q:
恩，我算算，看看相同水平下，苯是多少
我刚才的计算是气相里b3lyp优化几何，再在两种溶剂下做单点，确定下这样是没问题的吧
A:
对
Q:
谢了！
A:
最大的肯定是烷烃，苯还有明显四极矩
Q:
链越长，值越大？对否？
A:
也许吧
Q:
还要问一句，卢老师，如果我上面发的类似分子，尾链含有几个双键，那么构象应该相当丰富，这样的话，不同构象对这个分配系数是否影响很大？如果大的话，改如何考虑处理？@Sobereva
A:
你这个分子尾巴的构象不会对logP有多大影响，所以不需要考虑多种构象
Q:
我也是这样觉得，谢谢卢老师@Sobereva
实际操作，如果进行正丁醇-水两相溶剂的分子动力学模拟，然后数数每种溶剂中的溶质分子个数，做比值，是否就是这个logP所给出的数值？
A:
是
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2017.02.28 20:41:49
Q:
不好收敛吧高斯
A:
嫌高斯收敛不好的大多平时都不怎么用其它程序
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2017.02.28 21:52:16
Q:
charge transfer 和electron transfer ，我看到文献里面并没有区分
这样合理吗？
A:
至少在同一篇文章里不要混用两个词
----------------------------------------------------
2017.02.28 21:55:05
Q:
请老师看下这个写的对么？
A:
后面写一串自定义基组信息毫无意义，当前又没用gen
----------------------------------------------------
2017.02.28 22:42:07
Q:
老师能否通过NBO分析得出一个有机分子中某条键的极性大小？
A:
衡量方式很多。NBO里面可以用dipole关键词计算键偶极矩
----------------------------------------------------
2017.02.28 22:44:44
Q:
[图片]
某一结构要分解成如图所示的成分，用什么方法计算？
NRT？
A:
NRT，或者VB计算
----------------------------------------------------
2017.02.28 22:47:46
Q:
请问不同结构下的不同电子态之间能算积分吗
[图片]
a b代表不同电子态
倒三角是对核位置求导
数值计算的话就需要用到b电子态在R+dR和R-dR不同核位置处与a电子态的积分
请问大家有什么建议吗
我不是做化学的算激光与分子作用核用经典ehrenfest处理在势能面上传播这一项关系到surfacehopping 核运动速度可以使电子在不同态之间跃千
我需要自己编个程序需要算出势能面再算出这一项和跃千矩阵元后者能算这一项却是想不到办法[表情][表情]
A:
molpro可以算
----------------------------------------------------
2017.02.28 23:00:06
Q:
请教各位老师，刚刚接触计算化学，在算AdNDP时，AdNDP.in文件中的Occupation number thresholds这个值是根据什么来设定的呢？没太看懂手册里的解释，麻烦啦
A:
用Multiwfn做AdNDP
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
比你用的那个程序好用得多
----------------------------------------------------
2017.02.28 23:11:26
Q:
这篇文章之前也找到看了两遍，学习了分析多中心键的分析，不过我看例子里AdNDP.in文件中设置Occupation number thresholds时是设定的0.01/0.1/0.3/0.5之类的，这些值是什么依据呢？麻烦老师了
A:
不要指望靠adndp自动搜索总能搜索出合适的adndp轨道
怎么挑轨道博文里充分说了
AdNDP轨道搜索从原理上就注定不可能自动化
Q:
嗯嗯，我看了文章，是需要自己去挑轨道，所以in文件里的参数也是随计算的进行然后相应调整的是么？
A:
不要跟我说in文件里的参数，我根本不用那个程序，我只用Multiwfn
设这个阈值试图让程序直接自动给出adndp轨道也没什么意义
就连那程序作者的JOC文章里都有轨道挑得根本不对，还导致对结果做了错误的解释
----------------------------------------------------
2017.02.28 23:18:27
Q:
老师，请问dipolez这个关键词怎么写呀？
A:
pop=nboread，末尾空一行写
$NBO dipole $END
Q:
dipole $END和 $NBO bndidx $END？怎么使用呢？
A:
$NBO dipole bndidx $END
----------------------------------------------------
2017.03.01 00:04:38
Q:
您好！请问哪里有关于“数值梯度和解析梯度”的英文的分析，审稿人让我用CCSD(T)方法计算构型，我想驳回去，又不知道怎么才能说具体些
A:
这不好说
Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)书里专门有讲导数计算的，或许能派上用场
----------------------------------------------------
2017.03.01 00:17:46
Q:
请问运行高斯时出现错误为“Internal input file was deleted! 是什么原因呢，是因为系统管理员分配的磁盘空间不够吗？
A:
重算一遍
因外部某些原因导致临时文件被删了
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2017.03.01 00:28:19
Q:
问下各位老师，gaussian自带的联系文件在哪儿能找到？
A:
高斯自带的是测试文件，练习文件是exploring书里提供的
Q:
这个我能找到吗？还是必须要买这本书？
科音论坛上就有[表情][表情]
A:
第三版的文件在书的网站上就有
第二版网上有
Q:
测试文件有什么用？
A:
测试高斯新版本功能是否正常，对开发者有用
Q:
论坛权限不够下载不到
那位老师帮个忙
A:
每天关注计算化学公社论坛是所有搞计算的人都应该做的
Q:
高斯自带的是测试文件，练习文件是exploring书里提供的
老师这本书第三版能在网上下载到吗？
A:
能
找计算化学有关的书这种事先搜群文件里公社邮箱索引
注意第三版奇烂无比，慎看，这里提了
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
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2017.03.01 00:34:44
Q:
请教如果想让两个残基靠近有没有什么办法在min的时候限制，目前的距离是4-5A，amber里面有没有什么办法限制
A:
可以加个距离限制势
Q:
老师有没有什么资料可以参考下
A:
手册里就有方法
----------------------------------------------------
2017.03.01 00:42:38
Q:
现在应该还没有人用上g16吧
貌似国内的代理还没有拿到
A:
论坛里已经有人体验过g16的解析Hessian了
TDDFT的
----------------------------------------------------
2017.03.01 00:43:09
Q:
请问社长，看到您说过，量化计算的活化能不是直接算出来的，而是量化计算的k与T拟合出来的，那这个拟合出来的活化能，和计算出来的反应能垒没有可比性吗？
A:
对于基元反应，阿仑尼乌斯公式里那个活化能和量化直接算的活化自由能（或者说自由能垒）在物理意义和数值上是能比较好对应的。
----------------------------------------------------
2017.03.01 01:00:36
Q:
有没有什么文献上写过CCSD(T)不能计算7个重原子的？我试了试5个重原子的就可以计算
A:
没有这种文献
Q:
只是7个比较慢而已。
5个重原子的体系用CCSD(T)计算，还是可行的
7个就慢得不得了，20多天了，连构型都优化不出来
5个重原子的体系，就很快能计算出来构型和频率
没有这样的文献？
CCSD(T)本来单点复杂度就高，还拿来算频率
不慢才怪了
自己根据单点的复杂度、以及自由度导致的频率、梯度的计算量增加量算算大概需要多少时间就知道了。
查到有CCSD(T)优化两个苯的→_→
算弱相互作用咯？
那得多高的计算条件？
是不是部分优化呀？
总之不可能是“不能计算7个重原子”
太慢了
非要拿没有解析的做怪谁
只是试了试，想驳回去审稿意见，但是不知道怎么写才好
A:
你算不动，这就是驳回去的理由
Q:
你原本用的是什么level？
还在折腾春节那时候的那个审稿意见呐
[图片]
A:
对这个问题真是没什么好说的了
Q:
[表情]真·没完了
CCSD配三zeta基组也算不动那就没办法了
要不来个双杂化泛函？
早就建议过了
用ORCA 开个IR
RI
A:
嘛，降到CCSD都不乐意更别说双杂化了
降到CCSD优化精度几乎不变耗时还降低两个数量级
----------------------------------------------------
2017.03.01 03:32:06
Q:
做NTO时是不得先优化几何构型？
Excited state 1 指的是第一激发态还是基态？
我问一下算NTO时，在Multiwfn里怎么能出来本征值
A:
直接看输出文件
----------------------------------------------------
2017.03.01 03:34:55
Q:
老师，用g09算tdopt的时候，一定需要算频率吗？@Sobereva
优化结构出入到时不大，只是我优化完之后，又再做了一个频率计算，有一个虚频出现，请问您知道接下来该怎么做吗？
好的，谢谢您。再请教您一个问题，我计算一个片段的tdopt，其中有几个原子是固定了的，这种情况是否也应该算频率？
A:
没特殊情况不要固定原子，固定原子很容易导致虚频
----------------------------------------------------
2017.03.01 03:52:29
Q:
请问老师下面的这种情况是哪里出问题了，优化构型的过程中出现的错误[图片]
请问各位老师有谁算过AuI这个分子？我算出来的静电势看着全是负值，MEP值有正的，但是在静电势的图上不显示，不知道怎么回事
[图片]这是静电势的图
A:
看此文方式绘图
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
----------------------------------------------------
2017.03.01 04:12:44
Q:
现在写计算化学程序的人还是用fortran吗？
A:
用fortran的太多了。量化程序一多半都是fortran
----------------------------------------------------
2017.03.01 04:18:54
Q:
请问sob老师，Multiwfn里画DOS图时，为什么scale ratio for DOS curve 是2.7，手册里说是把曲线高度乘以2.7，这个值可以随便取吗？还是有习惯和规则，我看文献里的值也不一样，求解释，谢谢
A:
随便取，纵坐标绝对值无所谓
----------------------------------------------------
2017.03.01 04:33:25
Q:
请问老师，aVDZ全称是什么呢？为什么EMSL找不到aVDZ基组呢？
A:
aug-cc-pVDZ
----------------------------------------------------
2017.03.01 04:41:24
Q:
Sob 老师请问在计算电离势或者电子亲和能的时候计算对象比如是CF4这种分子对于带电分子离子自旋多重度该如何给呢，给2合理吗
A:
合理
----------------------------------------------------
2017.03.01 07:42:18
Q:
[图片]
河南老乡群（重庆），欢迎加入
A:
记违规一次，下次再发就踢了
----------------------------------------------------
2017.03.01 09:28:59
Q:
请问rasscf算出来的电子态就是分子轨道单行列式乘以组态系数然后直接相加吧
A:
粗糙来说是这样
geom里没写逗号来分隔
以及别写垃圾关键词，scfcon=5结果根本就不准，scfcyc=250毫无意义
----------------------------------------------------
2017.03.01 16:06:52
Q:
大博士，可不可以这么说，激发能和H_Lgap没有关系，或者说和fundamental gap没有关系
A:
并非没关系。对于HOMO->LUMO的激发，HOMO-LUMO gap是激发能的近似。具体关系见
CIS、TDDFT计算的CT激发能随CT距离的渐进行为的总结
http://sobereva.com/321
Q:
那是不是一定要求H_Lgap要小于激发能，在任何情况下？
A:
对于CIS是这样，对于TDDFT没有必然关系
Q:
大博士，既然激发能可以让电子从H跃迁到L+2，为什么能量反而比H-Lgap还要小呢？
A:
没什么矛盾的
激发能又不总和轨道能量差接近
Q:
可不可以这么认为，是因为每一个跃迁都不是100%，加上从高轨道到低轨道的跃迁，导致能量变低
请问 6-311G** 与 6-311G（d,p）、6-311G（2d,p）有啥区别？
A:
看我博文里的那个幻灯片，里面有激发能和gap之间的关系表达式
前两者一样，第三个对重原子多加了一层d极化
----------------------------------------------------
2017.03.01 16:18:48
Q:
可能是因为fortran 效率最高
A:
Fortran专为写科学计算的代码而设计，写起来方便舒服
效率本身和C没有明显差异
----------------------------------------------------
2017.03.01 16:34:30
Q:
请问老师您之前说的录屏软件叫什么？
A:
oCam
----------------------------------------------------
2017.03.01 17:50:59
Q:
[图片]
这个设置是什么意思
A:
RTFM
----------------------------------------------------
2017.03.01 18:01:08
Q:
[图片]百度到的，看着挺像大博士写的，估计是大博士早期作品
A:
是的
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
的雏形
Q:
[表情]还有实用性吗？
A:
无
博文一定要看最新版
Q:
[表情]
那就不下载了
A:
有些人很讨厌，瞎转载，弄得读者都不知道出处和最新版本在哪了
Q:
[表情]百度文库里看到的，我不转载，如果需要，直接发地址让他们看原文
A:
百度文库极为无耻
甚至把别人免费就可阅览的东西拿去提供收费下载
Q:
[表情]没错，这个还需要一张下载券
A:
但还有很多小白上当
Q:
[图片]大博士，对于杂化泛函，公式的所有项是不是都需要考虑了？这样对于gap的问题更为复杂，并不是简单的大于小于关系了？
A:
对
----------------------------------------------------
2017.03.01 18:10:26
Q:
求个google搜索网页
A:
自取http://dir.scmor.com/google/
----------------------------------------------------
2017.03.01 18:13:25
Q:
谢谢sob老师解答，请问一下，文章中，[图片]，对于Ni使用的基组具体是什么呢
A:
SDD
看错了，应当是aug-cc-pVDZ-PP
Q:
可是老师，EMSL上面没有Ni的aug-cc-pVDZ-PP basis set[图片]
A:
直接用aug-cc-pVDZ
原文意思大抵是aug-cc-pVDZ给非过渡金属用，Ni用SDD，却简写为aVDZ，给人造成混淆
Q:
哦，那如果再现原文的过程，Ni是使用SDD，而不是aug-cc-pVDZ,对吗？
A:
y
Q:
我怎么觉得Ni的valence basis set在SDD basis set的基础上还加了f和g呢？
A:
SDD对Ni本来就有f
g根本无关痛痒
Q:
找到这个基组了，果然是有f和g。这就是人家的文章连计算方法都能写这么多的原因。
http://www.tc.uni-koeln.de/cgi-bin/pp.pl?language=en,format=gaussian,element=Ni,ecp=ECP10MDF,job=getbset,bset=ECP10MDF
我们组在做一些计算的时候，凡是过渡金属，比如Fe,Co，Ni,也都是用的SDD。但是其他非金属元素，选择的是def2SVP这些小基组。
静足够了，不过大博士似乎更推荐Lanl2TZ
而不是SDD
A:
没这么说过
Q:
[表情]精度更好
/憨笑精度更好
请问，高斯程序里面，哪些模块是可以并行的呀？
A:
跟元素有关
SDD至少不比lanl2TZ小
Q:
老师，In元素是否用lanl2DZ就行？
A:
太小，除非算几十个In原子的团簇
Q:
我只有四个In原子，那应该考虑用什么基组呢？
A:
SDD
如果用后HF计算，cc-pVTZ-PP
----------------------------------------------------
2017.03.01 18:13:25
Q:
请问各位老师，LANL2DZ ECP 是计算过渡金属的赝势基组吗？
A:
不限于过渡金属
如果你说的EMSL里的名称，这是lanl2DZ赝势基组对应的赝势部分
Q:
老师的意思是，这个基组是赝势基组，也可以用于计算非过渡金属？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.03.01 18:19:34
Q:
大神们，使用DFT和ab initio 两种方法计算分子表面静电势结果对比哪一个可靠？
A:
ab initio根本就没说清楚
跟HF比显然DFT的准
跟CCSD比显然CCSD准
Q:
首选DFT，当然追求精度可以用更高精度的从头算
其实只要没有参数加入，DFT也应该算从头算吧？
A:
区分这个没意思
分成DFT和WFT更有意义
Q:
/憨笑WFT？今天接触的新名词真多
A:
wavefunction theory
----------------------------------------------------
2017.03.01 18:36:11
Q:
请问gaussian 09 里面的内存单位MW和GB之间是怎么换算的？
比如 %mem=25336MW 换算成GB 的话应该是多大？
我使用了60GB的内存还是报内存不够，至少需要 %mem=25336MW这么大的内存。
谢谢！
A:
1MW=8MB
----------------------------------------------------
2017.03.01 18:43:40
Q:
各位老师我算了一个CO2单点能（B3LYP/6-31G*）
[图片]
请问-0.36997就是LUMO能量吗？单位是Hartree?
A:
明摆着是HOMO
不要同时在计算化学公社论坛和群里问同一个问题
Q:
额，谢谢老师，我弄反了 occ是占据的意思吗
A:
y
----------------------------------------------------
2017.03.01 18:49:16
Q:
老师，我想算这个准平面多中心键级[图片]，我能不能把它分分别算1/2/3/4和1/5/6/7，然后把两个数值进行加和呢？？
A:
相加无意义
Q:
那要是直接选择2-6算六中心键级，就忽略了中心过渡金属的作用了
A:
两个环分别讨论
----------------------------------------------------
2017.03.01 18:56:18
Q:
我想问一下，把不同基组组合起来算某个体系，在组合上有什么讲究没有？比如6-31G(d,p) 非金属元素和lanl2TZ金属元素，def2SVP非金属元素和SDD金属元素。
A:
没那么多讲究静
----------------------------------------------------
2017.03.01 19:03:40
Q:
请问在ORCA里，用了gCP以后提示
** NOTE ** -> element au will be treated as cu
这个是正常的吧？
A:
悬
Q:
上面说的“悬”是回答我的问题吗？
我的输入文件是
!PBE D3BJ ECP{def2-SVP,def2-SVP/J} GCP(DFT/SVP) Opt
!TightSCF
结果文件里的提示是这样的
[图片]
…………
[图片]
A:
貌似金被当成铜了
Q:
是的，我的体系是纯Au的团簇，每次带gCP以后都有这个提示，是什么原因呢？
A:
不好说，去orca论坛问吧
----------------------------------------------------
2017.03.01 19:04:18
Q:
老师，我算的是取代基效应对自由基消除反应的影响，我能否用不同取代基得出的对同一个键的NBO分析的wiger键级进行比较大小啊？如果甲取代基的键级是1.01，乙取代基的键级是1.02，能否说明乙的键比甲的键作用力更强？
A:
wiberg对键强没有很好的对应关系。
用Multiwfn计算拉普拉斯键级，和键强度关系更好，原理见群共享里Bond Order Analysis Based on the Laplacian of Electron Density in Fuzzy Overlap Space，计算例子看multiwfn手册4.9.3节
----------------------------------------------------
2017.03.01 19:08:20
Q:
请教一下老师，[图片]这个什么方法啊？
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
----------------------------------------------------
2017.03.01 19:13:22
Q:
请问社长，自由能垒是用TS减去孤立的反应物，不是减反应物络合物的吧
A:
如果当成双分子反应通过TST算k就减孤立的反应物
----------------------------------------------------
2017.03.01 19:16:15
Q:
老师，还是刚才的反应，我还想通过计算不同取代基对这个键的极性的影响来解释取代基的诱导和共轭效应哪个更强，那我是应该用NBO分析极性还是用multiwfn呢？该怎么分析呢？
A:
考察诱导和共轭效应为何考察极性？pi共轭和sigma诱导应该用NPA或Multiwfn做Mulliken分析片段pi电子数和其余电子数的变化
----------------------------------------------------
2017.03.01 19:21:04
Q:
multiwfn可以用的输入文件中，哪一种格式最好做？
A:
wfn
----------------------------------------------------
2017.03.01 19:21:37
Q:
Sob老师想比较准确得到LUMO的值基组是不是应该一定要带弥撒函数？
我算CO2的EA用B3LYP/aug-cc-pvtz得到一个 -0.0276 而看[图片]LUMO值也是个负值（这会LUMO应该搞对了[表情]）
这个和VEA近似等于-LUMO不一样，符号反了这样看是不是VEA算的有问题
阴离子：#P B3LYP/aug-cc-pvtz -1 2
A:
LUMO根本没有“准确“一说
LUMO和VEA根本没对应关系，不要把koopmans定理用到这上
----------------------------------------------------
2017.03.01 19:23:28
Q:
哦，谢谢老师
那计算电子亲和能直接用#P B3LYP/aug-cc-pvtz -1 2 （CO2）可以吗
A:
可
----------------------------------------------------
2017.03.01 19:23:46
Q:
又有新的盗版网站了
而且貌似挂病毒了.....
A:
网址？
Q:
辛亏我是 mac, 不怕
有毒, 我发帖子了,各位小心
我发了举报贴
我上了一下baihaishengwu
然后有个黑影窗口闪过[表情]
是另一个网址
[图片]
好丑……
小心,带毒
@一只耳！我很好奇，你怎么这么关心这个盗版网站，正版网站收藏好直接打开就好了啊
主要是闲的....
没事就谷歌一下计算化学公社
之前的也是我没事搜出来的
毕业了,太闲了
2个月没事做....
A:
已经搞掉了
[图片]
----------------------------------------------------
2017.03.01 19:26:25
Q:
老师，请问您能否说一下" 用NPA或Multiwfn做Mulliken分析片段pi电子数和其余电子数的变化 " 1、NPA关键词怎么写？2、这里multiwfn的使用方法在其手册哪一章节？
A:
pop=NPA
用功能7-5-1，能计算各个基函数、壳层、原子的布居数
----------------------------------------------------
2017.03.01 19:31:41
Q:
请问老师有根据gaussian结果绘制势能面和从势能面上读出反应活化能的资料吗？
A:
一维、二维势能面gview直接就绘制了
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
----------------------------------------------------
2017.03.01 19:47:57
Q:
各位老师好，我现在从文献上下载的一个MOL格式的分子，打开它时个二维的，我想要找他的三维晶体结构，在哪儿可以找。求助
A:
去CCDC库里搜
----------------------------------------------------
2017.03.01 20:00:28
Q:
一篇文献谈到在体系的x轴方向上加电场，用的单位是[图片]，请问这和咱们写的指令：field=x+10，有什么样的换算关系？
A:
电场单位a.u.和V/Angstrom的换算
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=189
Q:
sob老师，我如果想观察加过电场之后的轨道能级变化，是不是要加上电场重新优化结构？
A:
取决于你是否把结构的弛豫也考虑进去
Q:
不考虑弛豫，就是想看轨道能级的变化
不过，加完电场之后，结构应该会变化吧
A:
结构显然变化
----------------------------------------------------
2017.03.01 20:04:50
Q:
各位老师好，我想问一下，之前好像在哪看过说有的泛函还是说有的情况下不能加弥散函数还是怎么的，但是实在想不起来是在哪里看到的了，抱歉问了小白问题，望各位老师赐教~
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
Q:
谢谢老师，我这就看看，其实还想问问wB97XD里的D色散校正和加的弥散函数有没有什么关联呢？谢谢~
A:
毫无关联
----------------------------------------------------
2017.03.01 20:57:01
Q:
我看到网上一篇文章说由核构型引起的避免交叉只能发生在对称性相同的电子态上
那么核波包通过这种避免交叉的时候电子态是完全走的diabatic表象下的势能面吗
[图片]
A:
显然不是
Q:
比如这两条对称性相同的势能面，发生了避免交叉
我看google上说跃迁强度和核速度有关
A:
对
Q:
有没有相关的公式
A:
landau-zener
----------------------------------------------------
2017.03.01 21:47:59
Q:
请问老师，安装ifortan编译器时，激活方式是不是应该选3，通过license file激活？谢谢
A:
y
Q:
谢谢sob老师
再问下老师，Please type the port for license server是输入license路径吗，我输入路径了，为什么提示wrong format of the license server address呢？
A:
你没选对，那估计是联网注册
Q:
[图片]
这样的提示，然后我选择了3
A:
3
----------------------------------------------------
2017.03.01 23:05:34
Q:
各位老师好，我想问一下用高斯如何可以求算一个分子的静电势？/微笑
A:
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
先弄清楚到底怎么研究静电势
----------------------------------------------------
2017.03.01 23:22:57
Q:
[图片]请问各位，在安装ifortan出现这问题，该怎么解决？完全是小白啊，求指教。谢谢
但是找g++的时候，总是出现gcc，我就不知道应该下载什么了
嗯谢谢了，网上我就只能找到gcc的信息，又看不明白[表情]
A:
装g++的包
----------------------------------------------------
2017.03.02 01:21:27
Q:
求教分子动力学：对照了课上讲的关于gromacs的配体相关文件的生成，但是总是提示没有定义LJ 14类型，拓扑文件的生成也是按照acpype产生的，请问有谁知道吗？谢谢了
[图片]
A:
就先单独跑个配体的动力学，效仿课上Actos的例子
[ defaults ]字段的gen-pairs应当为yes
Q:
谢谢老师，我试试/抱拳
但是课上那个BEN的配体为什么没有出现这种情况啊
A:
不清楚你的操作，没法说
Q:
[图片]
就是我自己重复课上的蛋白和配体
A:
复习gmx使用基础部分，并对照例子，搞清楚gmx的文件格式和确定参数的基本逻辑，各种问题自然迎刃而解
----------------------------------------------------
2017.03.02 01:21:27
Q:
[图片]高斯中为什么不能直接这样写？
A:
凭什么能
Sobereva撤回了一条消息
手册里又没写
Q:
哦
那可以用其他什么写法吗？
除了从emsl复制
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
懒得每次复制就都事先拷到一个文件里，每次都引用，博文里说了
----------------------------------------------------
2017.03.02 01:48:25
Q:
请问，aug-cc-pVTZ比cc-pVTZ基组更高吗？耗时会不会差距很大？谢谢
A:
大多了去了
Q:
好的，谢谢。请问aug-cc-pVTZ比6-311++G(3df,3pd)也大很多吗？
如果结构优化用的是M062X/6-311++G(3df, 3pd)，那么在算过渡态的单点能是用CCSD(T)/6-311++G(3df, 3pd)较好呢，还是CCSD(T)/aug-cc-pVTZ较好呢？
A:
大多了
6-311++G(3df, 3pd)是其丑无比的基组，给后HF用更是恶心
仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
----------------------------------------------------
2017.03.02 02:02:22
Q:
各位老师好，请问，同样一个百原子出头的分子，用两种泛函做TDDFT，其中wB97XD加了弥散，另一个没加，其它参数都完全相同，为什么PBE0算出来的chk文件有好几十个GB，wB97XD的才几十M呢？望指教~
[图片]
[图片]
A:
如果计算之前并没有同名chk文件存在，我不太相信算完后能有几十GB的chk文件
Q:
同名chk文件是什么意思呢？
[图片]
就像这样，我也不知道为啥，老师您帮忙看看？
是说如果原本的文件夹里有个同名的chk文件然后我算这次的时候输出路径上写的同样的文件名就回把这次的结果给输出到原来就有的那个文件里吗？
另外一个也设的200啊，可是算出来chk只有50M
A:
删了这个chk重算
或者转成.fch，看看大小，然后可以再用unfchk转回.chk，能去除里面很多无用的东西
Q:
请问老师b3lyp-d3做结构优化是不是不太好
A:
没那回事
Q:
啊，对了老师，unfchk是什么啊？好像以前只在multiwfn的手册上看过转成fch的方法来着，还可以转回去吗？
A:
可
http://sobereva.com/g09/u_unfchk.htm
【链接】unfchk
----------------------------------------------------
2017.03.02 02:17:37
Q:
CFOUR和高斯比较起来有什么优势吗
A:
耦合簇速度号称很快，另外支持一些杂项功能，诸如GIMIC的接口
Q:
cfour好像不能指定波函数对称性，除了molpro还有什么软件可以指定对称性吗？
A:
高斯就可以，只不过是靠调节轨道顺序来实现
----------------------------------------------------
2017.03.02 02:27:58
Q:
[图片]请问老师，我计算一个双铁中心的酶的优化（B3LYP/LANL2DZ），设定的两个3价铁的自旋为高自旋反平行（5α5β）,分碎片是每个铁分为一个碎片，优化正常收敛，得到的自旋几乎为0，不知道是啥原因？该如何看这个情况呢？（实验上指出了双体中心是高自旋反平行的）@Sobereva
A:
用stable关键词检测稳定性
Q:
老师确认一下，用优化最后一步的结构作为输入文件[图片] 这样设置吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.03.02 02:31:03
Q:
老师，G09 算NTO每次只能算一个激发态吗？
/难过好吧，多谢老师。
A:
注意看群文件里的群规
用multiwfn做electron-hole分析就方便得多，只需要高斯算一次，所有nstates态的激发特征就都能考察
----------------------------------------------------
2017.03.02 02:31:26
Q:
[图片]请问，multiwfn屏幕中显示的内容能复制吗？内容较多，显示的内容不全，怎么处理呢？
A:
看手册5.4、5.5节
----------------------------------------------------
2017.03.02 02:32:22
Q:
[图片] 我用multiwfn画红外光谱图，横坐标上的刻度不知怎么不显示勒？
A:
设定刻度的时候步长设为负值
----------------------------------------------------
2017.03.02 02:37:20
Q:
多谢老师指点，因为帮别人算的，他们要gview绘制的自然轨道图，multiwfn的电子空穴分析可以导出cube用gview绘制么？
A:
可
----------------------------------------------------
2017.03.02 02:52:46
Q:
大博士，今天查文献，发现了一篇文章，激发能0.8eV左右，H-L gap居然高达3.0eV，侧面印证了今天一致纠结的问题
另外大博士，这篇文章里居然说MP2可以用CPHF算动态超极化率，请问这可以吗？
A:
反正高斯不行
Q:
高斯03
看来非线性这一块还得重整河山待后生啊
A:
手册里明写着
[图片]
----------------------------------------------------
2017.03.02 03:06:15
Q:
请问各位老师，激基复合物的结构优化和激发态能量计算Gaussian能做吗？有没有相关的参考资料之类的呢？谢谢，这个是帮师兄问的，我自己还有个问题，做TDDFT计算最后出现一段“未达到收敛性判别标准”是什么意思呢？为什么做能量计算会有“收敛”的说法呢？不是结构优化才有收不收敛的问题吗？小白问题，老师们莫怪，望解答，谢谢~
就是文献里有个exciplex，好像这么翻译吧？我也不太懂，好像就是两个分子靠在一起作为一个整体参与电子激发过程来着。我在别的文献里看过一个叫什么charge transfer complex的，看起来概念上有点像，也不懂是不是说的同一个东西~
A:
TDDFT需要做davidson迭代求解TDDFT方程，所以也有收敛性判断
----------------------------------------------------
2017.03.02 03:21:05
Q:
A:
新帖，对实际研究比较有用
通过柔性力常数考察键的强度
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5175
----------------------------------------------------
2017.03.02 03:24:02
Q:
[表情][表情]
sob老师能否也多发一些分子模拟的文章呢，求知若渴啊。感觉分子模拟的文章相对少一些[表情][表情]
A:
都纳入到了培训班里
所以单独再写也没意思
Q:
能否考虑网络直播？费用一样也无所谓
北京太远了
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
Q:
比如qq群直播，买票进去
A:
[图片]
Q:
好吧……
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.03.02 06:43:33
Q:
请问win10是不是不兼容Multiwfn啊？
我现在用的是3.4
打开图形界面什么也没有。。。
估计是我没整好，我再试试吧
刚打开本来就没有图形界面
A:
最新版multiwfn完全兼容win10
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2017.03.02 08:46:27
Q:
各位老师，请问用高斯计算有机分子中原子间的键能是不是跟计算分子间相互作用一样，需要进行BSSE矫正？
只是简单的进行Ea-(Eb+Ec)的计算结果可以作为键能吗
A + B --> AB
E(A) E(B) E(AB)
DeltaE= E(AB)- E(B)- E(A)这样算键能结果可以用吗？
A:
可。算键能不要管BSSE
----------------------------------------------------
2017.03.02 09:37:11
Q:
高性价比分子动力学服务器
主板
杰和N50M-BD 主芯片组：Intel C612
CPU插槽：Socket 2011*2
3599元
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电源
振华电源 LEADEX 1600W 额定功率(W) 1600
2888元
机箱
400元
总计： 49000元
群里卖服务器的
按上面这个配置，你能配出来么？
网卡显卡都是主板上自带的
A:
水分太大
----------------------------------------------------
2017.03.02 10:17:21
Q:
[图片][图片]用guess=read，alter来换16 和19轨道顺序，但是scf迭代后又换了回去，请问可以加什么关键词来避免
A:
scf=qc
Q:
scf=qc?
这个会改变轨道的对称性？
A:
这个会维持住初猜电子态对称性
默认的diis倾向于自发收敛到最稳定波函数上，因此可能违背初始经过轨道调换得到的对称性
----------------------------------------------------
2017.03.02 13:53:22
Q:
不同对称性的势能面相交处 surface hopping也会很强吗？
A:
应当会
----------------------------------------------------
2017.03.02 14:29:01
Q:
请问群主，二组分的有机小分子，微溶于水的水溶液体系，除了MD，水分子+有机分子团簇，还有什么内容可以做？
A:
就只有实验了
----------------------------------------------------
2017.03.02 16:48:10
Q:
[图片]请问一下，这个是Tinker的参数文件的设置。查看手册，torsionunit的意思是乘以0.5然后将二面角作用单位转化为kcal/mol吗；vdw-14-scale设定2.0，vdw的1-4非键作用正常来说不是应该削弱吗？
A:
这里的14-scale指的应当是直接计算的非键作用能要除以而不是要乘以的数
Q:
complicative scale factor老师的意思是除以不是乘以的意思？
A:
一看数值就知道肯定是除以
----------------------------------------------------
2017.03.02 17:00:27
Q:
我在优化激发态时，出现这个错误 [图片] ，下面这个截图是我输入的关键词， [图片]老师，请问一下，这错在哪里了呢
A:
根本就没报错
绝对不要用5/13=1
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
万恶的5/13=1!
5/13什么鬼
A:
看博文末尾
----------------------------------------------------
2017.03.02 17:08:20
Q:
求助各位大神：用multiwfn可以计算激发态之间的跃迁偶极矩，激发态自身的本征偶极矩怎么计算？刚接触，还请海涵！
只能这样用gaussian算么？N是激发态综述，M是第M个激发态？
A:
输出中的i=j项就是激发态自身偶极矩
Q:
[图片] 哦突然反应过来了
谢谢 sob……
可是，这里输出的都是激发态之间的跃迁偶极矩，没有基态到各个激发态之间的偶极矩，这个能算吗？
A:
在TDDFT输出文件里直接就输出了
Q:
是gaussian里用TD(nstate=N,root=M) density算出的结果吗？
A:
根本不用写density，默认就输出基态到激发态间的跃迁偶极矩
这里说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
[图片]
----------------------------------------------------
2017.03.02 17:09:40
Q:
老师好，小白请问下，优化时给赝势基组加计划函数有什么作用？比如给过渡金属Ir的SDD基组加一个f极化函数，这个极化函数数值去哪里找？加入了有什么作用？
A:
加极化有助于改进结果。去stuttgart赝势开发者主页上找最新版本SDD赝势基组，可能有f。如果没有，去搜文献。或者把lanl2TZ(f)里的f极化借过来
----------------------------------------------------
2017.03.02 17:11:59
Q:
老师你好，我想请问#p opt td=(triplets,nstates=3,root=2) PBE1PBE/genecp nosymm scf=(maxcyc=400,conver=7) 这一排关键词nosymm scf=(maxcyc=400,conver=7) 这些代表什么意思呢
A:
看此文排除掉垃圾关键词
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
其余的看手册sobereva.com/g09
----------------------------------------------------
2017.03.02 17:16:42
Q:
大博士可以详细解释一下极化函数的意义，就像解释弥散函数一样……
A:
看群文件里基组入门资料小合集
Q:
[表情]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.03.02 17:20:55
Q:
大博士，你的PPT早晚都得泄露干净……
大博士ppt未必吧
我看总是那几张片子
A:
2000+页呢，显然不可能泄露干净
Q:
最基础的那一部分
现在泄露能有300张？
A:
也就几十
九牛一毛而已
Q:
尚不足十一也
确实，九牛一毛
----------------------------------------------------
2017.03.02 17:22:36
Q:
请问，荧光量子产率和荧光寿命可以通过计算得到吗
A:
荧光寿命看前面刚贴的TDDFT博文
量子产率没有简单方法能算
----------------------------------------------------
2017.03.02 17:23:25
Q:
大博士以后打印讲义的时候最好加上水印，这样就没有人干盗印了
敢
A:
影响学员阅读
实际上贴的时候最上方也有版权信息
Q:
没用，剪刀这种东西放在哪里都是秘密武器
真要是有人有心，水印也无用
A:
没必要太在这方面花心思
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2017.03.02 17:38:50
Q:
http://sobereva.com/179 sob老师，看了您写的关于盆分析的博文，很感兴趣，请问，能否提供一点有关盆分析的paper，让我学习一下？
A:
盆分析主要都是对ELF做的，看群共享里 ELF综述和重要文献小合集
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2017.03.02 18:27:52
Q:
[图片]有哪位老师知道，为什么用VMD看弱相互作用时，不是饼状图，而是个圈？
A:
换个机子试试
Q:
sob老师，我们实验室的机子都试了，都是一个圈
散点图是对的
用VMD做出来的图就是一个圈
A:
如果实验室都是同样的GPU那换机子没意义
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2017.03.02 19:11:50
Q:
[图片]
这CCL问的应该是如何用类似NBO-E2的思路做弱相互作用的分析，不是说要用MP2来算能量
A:
应该告他怎么用SAPT
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2017.03.02 19:19:29
Q:
[图片]
卢老师，这个怎么解决
A:
被小人改了
密码我也不知道
Q:
有没有备份？
A:
没有
Q:
密码什么的不可以绑定个手机号找回来吗
A:
不可以
Q:
这谁干，伤天害理啊
太缺德了
A:
专用邮箱被弄坏了我也不打算重新上传了
Q:
伤天害理啊
要不弄个ftp，然后挂上去
A:
弄FTP还得花钱
Q:
我擦，损人不利己的事为什么要干呢？
我这边试试，我们这边有报废的机子，我找几个硬盘挂一下
利己了还可以理解
不过不知道外网ip是不是好弄
大家那有不用机器，我购买一个
A:
之前还有其它公社邮箱密码被改，有的通过申诉找回来了，但3号邮箱申诉怎么也不成功，就放弃了
Q:
会不会拿去谋利了
A:
林子大了，可以公众访问的资源必定有人搞破坏
Q:
我倒是有FTP，但是IP总是会变
外网能访问？
IP变是个问题
百度云分享资源还靠谱吗
就怕被和谐……
现在的邮箱申请好像都是绑定手机号吧，是不是就安全些
A:
百度云早晚也得完蛋，还有各种小人举报
手机号已经给别的邮箱绑定了，没法绑定更多的新浪邮箱
Q:
可以找公社里靠谱的成员分别绑定手机号啊，一起出力，就好办了
A:
不爱找别人
Q:
http://www.wangruixing.cn/public/katou0.mkv 服务器测速[表情]
1.1 ~ 1.8 MB/S
A:
50~60KB/s
Q:
[表情]
[表情]
A:
[图片]
北京联通
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2017.03.02 19:29:04
Q:
Sob老师，我想问您一下用Spin-Flip TDDFT方法计算激发态需要什么关键词呢？和用TDDFT方法计算激发态关键词一样吗？谢谢老师
A:
看手册，GAMESS-US、Q-Chem支持
高斯不支持
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2017.03.02 19:30:17
Q:
请问一下老师，算溶剂效应的时候出现这个问题是什么原因[图片]
A:
不是报错，继续等
50圈还不收敛看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2017.03.02 20:13:10
Q:
卢老师，你把那些都看完了吗？
A:
幻灯片、教程之类的大部分看过
书籍类认真看过的不超过1/30
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2017.03.02 21:30:31
Q:
用SAC-CI方法进行激发态计算
# SAC-CI=(singlet=(NState=3))/lanl2dz NoSymm
错误信息：LINKED OPERATORS FOR SAC: SYMMETRY = A GROUND STATE
Number of R1&R2 operators is larger than 100000.
Please set Keyword "MaxR2Op" to a larger value than 100000.
Error termination via Lnk1e in /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l923.exe at Thu Mar 2 11:46:20 2017.
怎么修改啊？谢谢
我就不知道怎么改这个关键词
优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw 有用过的么在Window下使用得到N、N-1、N+1之后怎么计算没看懂？谢谢
A:
多读几遍帖子
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2017.03.02 22:58:51
Q:
有在做构象搜索和ECD的吗？构象搜索得到几个结构和玻尔兹曼分布后，怎么到最后的ECD谱？
老师，构象搜索得到几个结构和玻尔兹曼分布后，怎么到最后的ECD谱？@Sobereva
A:
对各个构象都计算ECD谱，用Multiwfn产生ECD谱并把曲线数据导出成文本文件。然后把各构象的曲线数据都导入到origin里，根据权重组合成新的一列数据然后作图
Q:
不是要考虑玻尔兹曼分布吗
A:
权重正是玻尔兹曼分布方式算的
不这么算权重哪来？
Q:
把每个构象ECD的文本文件数据分别乘以各自的玻尔兹曼加和之后，画成新的图再和实验图比较就就可以了吧@Sobereva
A:
y
Q:
老师，你刚说的权重就是玻尔兹曼分布，还是别的？@Sobereva
A:
就是
Q:
[图片]老师文献里这句话没太懂？
玻尔兹曼不是直接能在Spartan软件读出来吗，怎么还需要算呢@Sobereva
老师，还有构象搜索完之后要做两次优化，一次真空一次溶液，这是为什么？
玻尔兹曼分布不是能直接在Spartan软件读出来吗
哦哦，那找到几个构象后，为什么要进行两次优化
那你们是用什么找的构象，还有这个能量指的是哪个？
老师，玻尔兹曼因子在公社里哪能找到
A:
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
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2017.03.02 23:53:29
Q:
还有就是有点没看大懂，那个multiwfn的手册里说要在路径行写上out=wfn以输出.wfn文件，这个是在计算前在输入文件里就写好的是吗？已经计算完的任务还能不能转化成wfn文件呢？谢谢各位老师~
A:
看multiwfn手册第四章开头，说了怎么产生.wfn文件，还给了例子
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2017.03.03 00:41:32
Q:
你可以参考sob老师的博文http://muchong.com/html/201403/7134644.html
原始博文没找到
A:
千万别去小木虫上看我的文章，那都是旧版，能删掉我早就删了
去sobereva.com，把标题放到搜索框里能找到最新版。或者在计算化学公社论坛看到我的文章也都是最新版
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2017.03.03 01:03:14
Q:
老师好，我想请问一下，计算键解离能BDE的时候，使用的是电子能，焓值还是自由能呢？
好的，谢谢
A:
一开始提了
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364
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2017.03.03 01:07:01
Q:
老师我想问下自旋多重度为1，OPT TD(Triplets, root=1),得到是T1态的极小能量结构么？
A:
是
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2017.03.03 01:38:34
Q:
exciton(hole and electron) correlation functions 是不是对应Multiwfn的功能18选项？@Sobereva
A:
electron-hole分析对应主功能18里的选项1
得有上下文，如果是指基函数之间的重叠布居，Multiwfn的Mulliken分析功能就能输出。
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2017.03.03 01:41:07
Q:
谢谢sob老师，我还想问下和设置为0，3，不用td，优化t1态极小能量结构有什么区别呢
A:
0 3快得多，也更准确
这一点这里提了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2017.03.03 01:53:35
Q:
[图片]
老师这个报错是因为什么？
A:
系统太老
Q:
我是在服务器里面安装那怎么升级呢？
A:
升级不太好搞，也有风险
可以装个老点修订版的g09
Q:
可昨天李老师说我需要一个高版本的高斯
A:
几个版本挨个试试就完了
B01~E01
Q:
d, e都试了[表情]
看了下服务器是红帽5.6
A:
太老了
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2017.03.03 01:53:35
Q:
orca怎么把双电子积分存到内存？
A:
内存足够大的时候自动用incore模式，全部存到内存
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2017.03.03 03:33:05
Q:
请教一下，我想计算过渡态结构的单电能，这样写对么
[图片]
激发态的
A:
根本不支持EOM-CCSD(T)
更何况DFT哪能和EOM-CCSD一起用
Q:
(⊙o⊙)… 后面忘记删掉了。。。
删掉m06 可以么
不支持。。。
A:
不看手册瞎写
Q:
多加了t 我看手册去 0.0
cc-pvdz
我三十个原子
Cl H O C 一个Cl
A:
甭指望EOM-CCSD/TZVP算得动
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2017.03.03 03:52:43
Q:
老师，我用UB3LYP/EPRIII level计算得到了输出文件。请问一下，输出文件里面怎么找到Natural spin density on N的值呢，就是ρ值[表情]
用高斯算的[表情]
A:
根本就没有“Natural spin density”这种说法，要么原子的NPA自旋布居，要么原子核上的自旋密度
看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
原子核上自旋密度在输出文件末尾直接就有
[图片]
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2017.03.03 04:04:55
Q:
哪位老师能帮忙解释一下自旋密度和轨道密度有什么区别吗
A:
某轨道对应的电子密度函数=轨道波函数的模方
自旋密度怎么定义的博文里说得很明白
明显二者没任何直接联系
Q:
博主能发下博文在哪里吗我刚进群还不太了解望老师见谅
老师你好，电子密度函数就是说明轨道成分的吧？@Sobereva
A:
西南大学‘ 八竿子打不着
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2017.03.03 04:15:09
Q:
请问各位老师有没有比较方便的在Gaussian里破坏分子的对称性但又不至于让原子间距显得太过离谱的方法呢？手动调整感觉好累啊，很大一个分子，感觉如果调的太少优化完又落回原来那个对称性超高的结构了。谢谢各位老师啦~
A:
chemcraft里edit-make small random displacement
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2017.03.03 04:43:42
Q:
老师，如果我想把第一激发态吸收、发射光都画在这个图中，您觉得合适不
[图片]
A:
至少要用不同颜色的曲线表示，直接不作区分绘制在一起会令人糊涂
----------------------------------------------------
2017.03.03 05:31:48
Q:
请问老师，用计算好的fchk文件和用log文件做输入文件效果是一样的吗？如果不一样用那种方法更好呢？
A:
先说清楚你要算什么、用什么程序
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2017.03.03 07:39:08
Q:
我也正在用Spartan搜索构象，有同样的疑惑，是选能量低的进一步优化，还是要结合玻尔兹曼分布考虑
一般都只涉及单键的旋转
A:
参考此文的构象搜索的基本思路，这是最正确、正统的，不要被什么Spartan蒙在鼓里
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
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2017.03.03 09:18:32
Q:
仿佛编码有问题。
[图片]
A:
(整理Q&A) 点右键选UTF8即可
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2017.03.03 15:53:07
Q:
晶体的溶剂化能和其单分子的溶剂化能之差，请问可以衡量晶体的溶解度吗？
A:
不妥。用晶体中分子与周围分子的结合自由能来比较单分子的溶剂化能更合理
Q:
晶体的溶剂化能和其单分子的溶剂化能之差，或者晶体的溶剂化能和其晶体真空能量之差，请问哪个可以作为衡量晶体的溶解表面自由能？
A:
后者的说法就不对，一个相对能量一个绝对能量
Q:
是的，我考虑欠周
晶体的溶剂化能和其单分子的溶剂化能之差，记为1，晶体真空能量和其真空单分子能量之差，记为2，2其实就是晶格能了。请问1的物理意义是什么？1-2有意义吗？
A:
晶体怎么算？取团簇来算溶剂化能？
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2017.03.03 15:56:55
Q:
老师您好，用的就是高斯软件，计算的内容是优化分子的三重态以及吸收和发射，请问log文件和fchk文件哪个更合适呢？谢谢！
A:
完全意义不明
什么叫更合适？又不是输入文件
怎么搞这里都说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2017.03.03 15:59:44
Q:
老师，我想下载8号公社邮箱里的“中文Gaussian09用户参考手册(Zork).pdf”，但是这个邮件进入时加载失败，浏览器试过chrome和microsoft edge，手机app也已经尝试；其它邮件加载正常，请问是什么回事，能不能麻烦老师去看下？
A:
去ftp里找
Q:
请问公社的ftp要怎么上呢？之前完全没有听说过还有ftp诶，谢谢各位老师啦~
A:
看群文件里的邮箱索引
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2017.03.03 16:41:54
Q:
老师，我在重复Truhlar那篇10价氧化态工作中，总是不收敛，请问如何解决？我是用的supprot information 里的结构，请您帮忙看看关键词，谢谢[图片]
A:
你直接用文章补充材料里的结构计算看是否收敛
对于明尼苏达泛函，解决SCF不收敛优先考虑的是int=ultrafine
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2017.03.03 16:49:16
Q:
我到了看看
大家好，有一个问题想问，我找过渡态，用IRC扫描验证，结果扫描图如下，不知我找的是否正确？[图片]
[图片]
大家帮忙看一下
谢谢啦[表情]
看着有些奇怪，观察具体结构判断
怎么观察？
[表情]
A:
如果过渡态虚频合理，但是IRC正反方向运动方式都一样，看这里关于IRC问题的解决方式
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
Q:
谢啦[表情]
可是我的计算没有报错，IRC扫描虚频一栏为空@Sobereva
A:
没报错不代表合理
Q:
那我该采取什么措施呢？@Sobereva
之前没遇到这种情况，不知怎么办了[表情]@Sobereva
大家有什么好点子？[表情]
[图片]
怎么这么令人费解呢？
1.检查过渡态虚频合理。
2.查看IRC正反方向运动模式是否一样
3.若一样，去看FAQ
A:
回复了又不仔细看，还怎么回复
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79
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2017.03.03 16:57:00
Q:
老师您好，我在优化酶中取出来的双铁中心时，先进行了碎片初猜，然后进行了算单点和稳定性测试，最后优化，收敛成功后发现双铁（均为3价）上自旋密度都为0，接着做了稳定性测试，双铁上的自旋密度分别为+0.95，-1.06；这和我设置的初猜以及实验文献已证明的双铁中心的电子是高自旋反平行排布不符合，请问老师这样的情况我该做哪些尝试来研究这个问题？@Sobereva
哦哦，不好意思老师，下次我注意描述；后面的不符是：想优化得到高自旋反平行的铁总是得到为低自旋排布，但自己不知道在哪些地方改变，来达到实现得到高自旋的铁的目的
A:
收敛后的结果根本不可能和你初猜的完全一样
自旋布居和自旋密度不要搞混
跟原子电荷没法对应氧化态一样，不要妄图用自旋布居来对应一些根本就不客观的化学概念
参考
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362
----------------------------------------------------
2017.03.03 17:39:47
Q:
PtO4^2+，M06-L/[aug-cc-pVTZ（O）+aug-cc-pVTZ-PP（Pt）]，用M06-L/aug-cc-pVTZ的校正因子合理么？
A:
Yuanhe 合理
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2017.03.03 17:48:04
Q:
大家谁知道怎么计算表面积吗
A:
对于基于电子密度等值面来定义表面时，用此文方法可以计算：
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
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2017.03.03 17:58:11
Q:
我的师兄做有机分子表面静电势分析写了“基于AM1模型采用半经验方法计算”，然后我用B3LYP和AM1分别计算但静电势数值差距明显，请问这是为什么？
A:
显然差异明显
级别差那么老远
----------------------------------------------------
2017.03.03 17:58:11
Q:
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
#p pbe1pbe/6-31g(d) opt TDA
谢谢
偶，刚刚提交时通过高斯A01出现错误。通过D01就不会了。打扰了
A:
A是不支持TDA的
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2017.02.16 04 ~ 2017.03.03 17 Concate（含既往全文）

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