建立簇模型之前需要先做MD模拟吗？需要尝试不同的cluster size？

霜晨月 · 发表于 Post on 2019-9-12 11:18:32

本帖最后由霜晨月于 2019-9-12 11:22 编辑

我使用簇模型（cluster model）研究一个酶催化反应的机理。结果两个审稿人都认为需要先做分子动力学模拟，然后从中选取构象用于QM cluster计算。

请问这个MD是必需的吗？我看过的同领域的类似研究都没有先做MD。

其中一个审稿人是这样说的：
as a QM cluster work, a long term MD simulation is required before the QM calculation, since the applied model of this work is not necessarily relevant to the mechanism being investigated. One needs to do a cluster analysis and pick a representative structure of that cluster that is more appropriate for the reaction.

除此之外，这位审稿人还要求：
the authors must prove that the model size of QM cluster calculations is right and no important residues are left out in the calculations. So QM cluster calculations with different model sizes must be compared. （要求尝试不同大小的QM cluster models，以证明没有重要残基被遗漏在cluster model之外。）
——这个是常规的做法吗？我看的类似文献很少有这样做的。

多谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-13 07:06:17

是否需要做MD取决于复合物结构是怎么来的，比如是通过对接得到的，那有可能打分最高的复合物结构其实和实际并不是很相符，做动力学让结构弛豫一下在原理上有好处。

做一下簇的尺寸对结果的影响是有益的，比较严谨。如果你的簇本来取得就足够大，把小分子周围全都包满了，那可以不用做测试。如果取的残基很有限，审稿人的这个要求不过分。

霜晨月 · 发表于 Post on 2019-9-13 13:14:01

本帖最后由霜晨月于 2019-9-13 13:15 编辑

sobereva 发表于 2019-9-13 07:06
是否需要做MD取决于复合物结构是怎么来的，比如是通过对接得到的，那有可能打分最高的复合物结构其实和实际 ...

多谢社长。
我的复合物结构是基于晶体结构，将复合物晶体的配体略加改动而得到。我的配体与晶体配体结构骨架相同，只是侧链有所差异。
如果只是弛豫一下结构的话，固定CA原子做a short MD应该就可以了吗？不过审稿人的意思似乎是要做个long term MD，对整个构象空间采样（也许还需要enhanced sampling？），然后聚类分析，从最合理的构象群里面选一个代表性的构象出来。（我看过的类似文献好像没有这样做的。。。）

P.S.
稿子已经被拒了，正打算改投别处。这里不是琢磨怎么回复审稿人，只是想搞明白这类工作该怎么做才合理。
另外，有两个审稿人（包括上面说的这位）都主张用QM/MM，而不是QM cluster。近年的文献好像也是QM/MM居多。这个审稿意见是不是跟审稿人的偏好有关？

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-15 11:52:45

霜晨月发表于 2019-9-13 13:14
多谢社长。
我的复合物结构是基于晶体结构，将复合物晶体的配体略加改动而得到。我的配体与晶体配体结构 ...

对于酶催化，用QM/MM比起恰当构建模型的簇模型不会有什么显著的好处，只不过前者看起来好像比较高端而已。用簇模型方便得多，而且之后做什么分析也都容易。绝对不要强求用QM/MM，不是绝对必须的时候非要用QM/MM只会给自己徒增麻烦。

审稿人对于MD的意见没什么问题。固定CA显得过于引入人为因素了。

参考
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

mbbbbb · 发表于 Post on 2025-3-27 10:59:43

sobereva 发表于 2019-9-13 07:06
是否需要做MD取决于复合物结构是怎么来的，比如是通过对接得到的，那有可能打分最高的复合物结构其实和实际 ...

sobereva老师，我想问一下我做了动力学模拟之后如何去寻找可以用来做簇模型的构象呢

sobereva · 发表于 Post on 2025-3-27 12:16:24

mbbbbb 发表于 2025-3-27 10:59
sobereva老师，我想问一下我做了动力学模拟之后如何去寻找可以用来做簇模型的构象呢

构象是在不断变化的，没有严格意义的“寻找”
只不过如果你想用比较有代表性的构象来做，可以做簇分析（gromacs里gmx cluster），取容量最大的簇里面的代表性的结构，改造成簇模型

mbbbbb · 发表于 Post on 2025-3-31 15:11:14

sobereva 发表于 2025-3-27 12:16
构象是在不断变化的，没有严格意义的“寻找”
只不过如果你想用比较有代表性的构象来做，可以做簇分析（ ...

好的谢谢您

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 建立簇模型之前需要先做MD模拟吗？需要尝试不同的cluster size？

浏览过的版块