求助计算蛋白配体分子间相互作用能的操作是否合理

AaronBlacknine

各位老师好，我目前已经完成蛋白配体的分子动力学模拟，现在计算蛋白配体分子见的相互作用能，不知道我的操作是否合理，请各位老师给出意见
gmx make_ndx -f npt.gro -o prolig.ndx ；将蛋白配体设置为一组
gmx trjconv -f md_results_1.xtc -s md_results_1.tpr -n prolig.ndx -o prolig.xtc；提取建立新组的轨迹
随后进行
gmx convert-tpr -s md_results_1.tpr -n prolig.ndx -o prolig.tpr
gmx mdrun -s prolig.tpr -rerun prolig.xtc -e prolig.edr
gmx energy -f prolig.edr -o prolig_SR.xvg
请问老师，这样操作是否正确，如有问题烦请告知正确的操作。



mdp文件设置如下
define =
integrator = md
dt         = 0.002   ; ps
nsteps     = 50000000
comm-grps  = protein_lig
comm-mode  = angular
energygrps = Protein DNA
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 5000
nstenergy = 1000
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = PME
rcoulomb      = 1.0
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.0
DispCorr      = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 0.2 0.2
tc_grps = protein_lig envir
ref_t   = 298.15 298.15
;
Pcoupl     = C-rescale
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
freezegrps  =
freezedim   =
constraints = hbonds

sobereva

不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意
没体现细节，诸如mdp里能量组怎么定义的，没法回答

AaronBlacknine

sobereva 发表于 2025-4-1 00:13
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给 ...

好的老师，后面注意，mdp文件内容已更新在帖子里

sobereva

AaronBlacknine 发表于 2025-4-1 12:01
好的老师，后面注意，mdp文件内容已更新在帖子里

根本没必要用trjconv把蛋白质和配体提取出来。直接在原先动力学的mdp文件里加入energygrps = Protein DNA然后直接rerun之前的轨迹、gmx energy提取这俩组间的相互作用能就完了

AaronBlacknine

sobereva 发表于 2025-4-1 21:30
根本没必要用trjconv把蛋白质和配体提取出来。直接在原先动力学的mdp文件里加入energygrps = Protein DNA ...

好的老师，明白了，谢谢