ORCA5.0.1并行计算开始前orca_gstep这步很慢？

hzfish

ORCA5.0.1并行计算开始前orca_gstep这步很慢？大家有没有遇到？怎么解决？
谢谢！

wzkchem5

你指的是相对慢（比ORCA 4慢），还是绝对慢？
orca_gstep是没有并行化的，用时正比于内坐标数的3倍，所以对于100个原子以上的体系，确实可以明显感觉到在orca_gstep上面花时间

hzfish

wzkchem5 发表于 2021-8-10 20:57
你指的是相对慢（比ORCA 4慢），还是绝对慢？
orca_gstep是没有并行化的，用时正比于内坐标数的3倍，所以 ...

我体系比较大，459个原子，ONIOM分两计算，QM层17个原子，其余原子为QM2层，QM计算方法，b3lyp/g d3bj def2-TZVP def2/J，QM2计算方法XTB1。
我主观感觉比较慢，没有和ORCA 4比较。

wzkchem5

hzfish 发表于 2021-8-10 14:58
我体系比较大，459个原子，ONIOM分两计算，QM层17个原子，其余原子为QM2层，QM计算方法，b3lyp/g d3bj de ...

这么大的体系，快要超出Opt能做的范围了，应该改用L-Opt，优化步数多一些，但每步更快（时间只和原子数的一次方成正比）

hzfish

wzkchem5 发表于 2021-8-10 22:34
这么大的体系，快要超出Opt能做的范围了，应该改用L-Opt，优化步数多一些，但每步更快（时间只和原子数的 ...

L-opt只在MD水平的优化？
L-opt可以用于柔性描述吗？
我测试柔性描述，好像不行，输入文件如下：
!  L-opt
%maxcore 2000
%pal nprocs 2 end
%geom scan
D 3 0 4 13 =0.064,120.064,24
end
end
* xyz 0 1
Ga                -0.45847800    0.00412600   -0.00002600
Br                -1.31815500    2.14974900   -0.14925400
Br                -1.13038700   -1.27126700   -1.82184300
Br                -1.13010600   -1.00673800    1.97996500
As                 1.97744900    0.07118900   -0.00487200
C                  2.66769100    1.85262600   -0.12887500
H                  3.76704200    1.85631000   -0.13377500
H                  2.29197100    2.43415700    0.72450100
H                  2.28441500    2.31274700   -1.05026900
C                  2.72847500   -0.92125400   -1.47258100
H                  2.35401000   -0.49647100   -2.41398700
H                  2.37682000   -1.95972700   -1.40244700
H                  3.82702800   -0.88856600   -1.44971500
C                  2.72870100   -0.70850700    1.58502700
H                  2.34274800   -0.16671100    2.45933000
H                  2.38939300   -1.75126300    1.65232800
H                  3.82702100   -0.66581900    1.56384300
*


oniom计算可以使用吗？
哪里可以找到算例?
谢谢！

wzkchem5

hzfish 发表于 2021-8-11 01:51
L-opt只在MD水平的优化？
L-opt可以用于柔性描述吗？
我测试柔性描述，好像不行，输入文件如下：

L-Opt应该是所有种类的计算都可以用，但是确实可能不支持柔性扫描

hzfish

wzkchem5 发表于 2021-8-11 15:01
L-Opt应该是所有种类的计算都可以用，但是确实可能不支持柔性扫描

能简单介绍下L-opt的计算原理吗？
在orca_manual中没找到相关文献。
谢谢！

wzkchem5

hzfish 发表于 2021-8-11 14:30
能简单介绍下L-opt的计算原理吗？
在orca_manual中没找到相关文献。
谢谢！

Opt默认是在内坐标下用BFGS算法，L-Opt是在笛卡尔坐标基下用L-BFGS算法。所以L-Opt相比Opt在两个地方节省了时间，一个是笛卡尔坐标和内坐标之间的互相转换，另一个是用L-BFGS（O(N) scaling）代替了BFGS（O(N^3) scaling），但是两者都会使得迭代步数变多，所以L-Opt主要是在orca_gstep计算时间与梯度计算时间可比的时候用，比如几百个原子的DFT计算，又比如半经验计算