关于ONIOM模型输入文件格式问题

a-Student · 发表于 Post on 2022-10-3 15:36:05

本帖最后由 a-Student 于 2022-11-27 17:10 编辑

各位老师，对于ONIOM模型输入文件构建有几个小问题请教：
1.如图1，我进行两层ONIOM模型构建（分别尝试了在抠出来的结构pdb格式和Gjf格式文件基础上构建，输入文件都是图1所示），高层用B3LYP/6-31G**低层用UFF=QEQ并采用电子嵌入，但是借助GaussView构建出的输入文件中，原子坐标前出现了S-S_R ，O-O_R ，H-H_，这个输入文件可以正常计算么？这样写有问题么？
2. ‘_’ 后的R是什么意思呢？
3.我在帖子和卢老师讲的例子中看到输入文件原子坐标前应该是图2这个形式，但是我用GaussView保存后是图1形式，请问老师哪一个正确呢？如果更改为图2形式，是不是只能手动修改了？
麻烦各位老师了，做了好长时间不太确定对不对，请老师指点，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-4 09:32:41

a-Student · 发表于 Post on 2022-10-4 11:33:04

本帖最后由 a-Student 于 2022-10-5 11:17 编辑

sobereva 发表于 2022-10-4 09:32

已解决，谢谢老师

a-Student · 发表于 Post on 2022-10-5 11:36:05

本帖最后由 a-Student 于 2022-11-27 17:10 编辑

sobereva 发表于 2022-10-4 09:32

老师，我在优化固体结构的时候，不对除了中心分子以外的分子进行冻结的话，优化出来和实验文章的晶体结构相差很大呢，已经排除计算级别的可能了，因为优化过程low层周围分子结构肯定也会变化，但是如果对Low层进行冻结，那么处在low层的周围分子就不计算了，这就相当于没有考虑周围分子对中心原子影响了，感觉有些矛盾呢。那么如果模拟固体性质的话需要对周围分子进行冻结么？这是我的输入文件（分子排列按实验的CIF文件构建）输出文件不做冻结排列方式就改变了，请问老师怎样处理才能达到模拟固体环境的效果呢？麻烦老师了谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-5 19:27:52

a-Student 发表于 2022-10-5 11:36
老师，我在优化固体结构的时候，不对除了中心分子以外的分子进行冻结的话，优化出来和实验文章的晶体结构 ...

和中心分子挨着的low层分子不应当冻结，只应冻结low层的最外侧一圈分子
在做ONIOM(QM:MM)优化之前，建议先用low层级别对这样方式冻结的整个簇做个优化，看看中间不被冻结区域的分子是否能基本维持原状，如果这都不能维持，说明当前力场的设置（包括原子电荷）都没法合理描述此晶体，显然做ONIOM(QM:MM)的优化也就没意义了。

a-Student · 发表于 Post on 2022-10-8 22:55:48

sobereva 发表于 2022-10-5 19:27
和中心分子挨着的low层分子不应当冻结，只应冻结low层的最外侧一圈分子
在做ONIOM(QM:MM)优化之前，建议 ...

老师，再次打扰您，关于这个分子的固体发光性质研究ONIOM模型尝试了还是整体排布发生变化，所以做ONIOM模型进行发光性质研究就么意义了，所以想再请教下老师，请问有什么其他办法可以模拟固体环境，进行分析的么？请老师指点一下，谢谢您

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-10 15:48:13

a-Student 发表于 2022-10-8 22:55
老师，再次打扰您，关于这个分子的固体发光性质研究ONIOM模型尝试了还是整体排布发生变化，所以做ONIOM模 ...

“研究ONIOM模型尝试了还是整体排布发生变化”没说清楚任何细节
前面我说了，先检验当前用的力场级别能否正常描述晶体结构（即冻结边缘分子后做优化，看是否中间部分区域分子的结构/排布有显著改变。这和ONIOM没关系，纯粹是Gaussian做分子力学的计算）。原理上来说，UFF力场结合得当的原子电荷（如RESP）来描述，不至于这么优化后排布会变得很糟，UFF还不行还可以再考虑改成GAFF。

SunYiiiiiT · 发表于 Post on 2025-4-9 16:36:10

您好，请问您会模拟固体环境的计算了吗

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