SMD的介电常数，DFT和MD的相互作用能不一样，构象搜索属于限制性DFT嘛

qjy111 · 发表于 Post on 2025-4-8 21:23:12

本帖最后由 qjy111 于 2025-4-8 21:51 编辑

1.想问以下Gaussian关键词scrf=(smd,solvent=water)里面，采用的介电常数是这个里面的78.355，还是Bernales等人通用模型里的11.5。因为差别较大，找了相关资料，暂时没有找到。

2.在计算相互作用能时，DFT的计算结果与MD的计算结果差别巨大三位小数点的差别。我是对离子液体跑完npt生成运行后再进行的相互作用能计算。采用的命令是如下，然后进行选20，21操作计算阴阳离子间的相互作用能看total。rerun.mdp是在npt的基础上添加了energygrps = chh gly ; rvdw 和rcoulomb 由1.2改为1.4；coulombtype 由 PME 改为cut-off 。想问一下是哪个地方不对，或者有什么好的解释嘛
gmx grompp -f rerun.mdp -c npt.gro -tnpt.cpt -p topol.top -o rerun.tpr

gmx mdrun -s rerun.tpr -rerun traj.xtc -ererun.edr -deffnm rerun

提取相互作用能：gmx energy -f rerun.edr -o interaction_energy.xvg-sum

3.还想再咨询一下通过Gaussian对阴阳离子分别优化后，利用Genmer，MOPAC， Molclus 进行离子对的构象搜索。这种方式是属于限制性(restricted)DFT还是非限制性DFT,或者有什么推荐文献嘛，搜索看的有点糊涂

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-4-8 22:45:31

本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-4-8 22:51 编辑

1.那个11.5明明是http://sobereva.com/431提到的给一般的离子液体用的，当然不可能毫无前提地作为软件默认值用于水这种介电常数很大的特殊溶剂。在隐式溶剂模型计算的输出文件里搜搜应该能看到用的介电常数。水与离子液体混合溶剂的处理方法参考http://sobereva.com/327的1.5.3。
2.单从描述都看不出来DFT和经典力场MD计算的是不是同一个体系（包括各种分子的数量、有没有周期性边界条件、用于经典力场模拟的原子电荷的计算水平等等），没有更多细节（特别是DFT计算）也没法分析原因。或许两种方法计算的相互作用能并不直接可比。也可以对照http://sobereva.com/733的各种能量成分看看。
3.说实话我没看懂这里问的“限制性”DFT是指什么：(1)http://sobereva.com/82第3节提到的针对两种自旋轨道的限制性/非限制性形式，(2)http://sobereva.com/271提到的针对电荷分布的约束性DFT，还是(3)http://sobereva.com/404提到的针对原子坐标变量的限制性优化……这些似乎都不像是与当前情景构象搜索相关的考量，不过与上面一样，没有DFT构象搜索的操作流程说明就没法继续讨论。

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-9 04:01:35

molclus做构象搜索跟限制性优化根本没直接联系
认真看《在Gaussian中做限制性优化的方法》（http://sobereva.com/404）搞清楚什么叫限制性优化，并且仔细看下文搞清楚构象搜索的原理
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html）

molclus使用中唯一和限制性优化有联系的也就是调用其它程序对每个初始结构做优化时，允许在settings.ini里通过freeze设置哪些原子被冻结。然而一般都根本不需要设

qjy111 · 发表于 Post on 2025-4-9 16:59:24

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-8 22:45
1.那个11.5明明是http://sobereva.com/431提到的给一般的离子液体用的，当然不可能毫无前提地作为软件默认 ...

2.DFT部分我采用的是单个离子对，MD部分我采用的是200个离子对，周期性边界条件，在全原子力场下基于1.14*CM1A方法计算原子电荷。DFT和MD采用的基组都是B3LYP-D3(BJ)/6-311++G**。我在想是不是要除以200.但是还是不太对
3.我也不知道问的是啥，他问的是涉及氢键，unrestricted calculations 和 restricted ones会有不同，询问我是unrestricted or restricted DFT。我也很迷惑，然后关于相关资料较少

qjy111 · 发表于 Post on 2025-4-9 17:01:36

sobereva 发表于 2025-4-9 04:01
molclus做构象搜索跟限制性优化根本没直接联系
认真看《在Gaussian中做限制性优化的方法》（http://sobere ...

谢谢sob老师，冻结之类的限制性优化算是restricted DFT嘛，我主要是对这个词比较疑惑，然后搜索好像不是特定的专有名词，所以有点迷

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-4-9 17:41:00

qjy111 发表于 2025-4-9 16:59
2.DFT部分我采用的是单个离子对，MD部分我采用的是200个离子对，周期性边界条件，在全原子力场下基于1.14 ...

2.且不说DFT和经典力场MD的理论方法差异、周期性边界条件是否应用、离子对在分子动力学轨迹中有没有形成和解离等变化等等，就算单看一帧结构，显然浓度不是极其低而分散的时候离子对之间也有耦合产生的相互作用，体系里有200个离子对不代表着相互作用能就应该等于200倍单个离子对的相互作用能……
3.原来是审稿意见提出的词么，那确实不是正规的术语。听起来你对一些氢键主导结合成的分子团簇做了DFT的构型搜索、几何优化、单点能计算等等，他关心的大概是前两步有没有为了维持特定氢键的存在而做404博文提到的限制性优化，如果重新搜索、完全优化获得global minimum结构还能否获得相同氢键。

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-10 00:32:54

qjy111 发表于 2025-4-9 17:01
谢谢sob老师，冻结之类的限制性优化算是restricted DFT嘛，我主要是对这个词比较疑惑，然后搜索好像不是 ...

restricted DFT这种词一般是指限制性闭壳层DFT计算，也称RKS，跟几何优化没关系
限制性几何优化那叫restricted geometry optimization

Huschein · 发表于 Post on 2025-4-10 03:07:14

我只点评一下DFT和MD比较的部分

你会发现换泛函基组，DFT内部的差异也很大。而MD的能量往往是相对能量，DFT的能量是(自认为的)绝对能量，这本就没有可比性，像氢气，真空下平衡距离，DFT算出来可能负好几十，但是MD算出来可能就是0

你要首先理解他们的能量概念的差异再去比较光比绝对值没有意义

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[GROMACS] SMD的介电常数，DFT和MD的相互作用能不一样，构象搜索属于限制性DFT嘛

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