利用chenge_box命令改变盒子大小后出现bond atom missing问题

寻觅者 · 发表于 Post on 2021-10-11 14:58:37

如题，将盒子尺寸向Z轴正方向增加20埃以后，就报错Bond atoms missing，使用的命令是：change_box all z delta 0 20
把修改盒子以后的snapshot放进ovito发现键延伸过长，怀疑这是由于原有的盒子是周期性边界条件，修改盒子导致处于边界上的分子中的键失去连接。但即使知道问题所在依然无法解决这个报错。我尝试过改变盒子大小，使所有原子都在盒子里，但依然报错。我的目的是做成像下图一样的结果，还请知道怎么做的老师指导指导，万分感谢！

我一开始的想法是把所有分子冗杂在一起进行NPT系综驰豫，然后扩大盒子，控制液体分子不动，气体分子在NVT系综下自动与液体分子分离，以此达到查看不同分子在溶液中的溶解度的效果。但是现在看来我还是太天真了···

xhp604109413 · 发表于 Post on 2021-11-27 19:24:48

你好楼主，我最近也遇到了这种情况，请问楼主解决了吗？
我的问题也出现在使用完change_box指令在z轴将盒子伸长20，ovito里面看到data文件也出现了和您一样的键拉长的现象，这个问题我也寻思了半个月了一直解决不了。

LGX · 发表于 Post on 2022-3-18 20:37:23

这是周期性的原因，对于三维周期性的话，改变盒子的大小会破坏材料的本身结构

tktk67 · 发表于 Post on 2024-9-13 15:50:48

LGX 发表于 2022-3-18 20:37
这是周期性的原因，对于三维周期性的话，改变盒子的大小会破坏材料的本身结构

那请问如果是ppp周期性边界，想按系数扩大盒子该怎么办啊

一只小耗子 · 发表于 Post on 2024-11-7 17:08:22

xhp604109413 发表于 2021-11-27 19:24
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您好，遇到了同样的问题，请问问题解决了嘛

davi · 发表于 Post on 2025-4-11 16:24:55

如何解决这个问题呢

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