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[CP2K] CP2K计算文件结合Multiwfn获得PDOS的问题

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cp2k计算模型如附件,做DFT计算的时候设置了k点为2,2,1。使用Multiwfn获得PDOS/OPDOS时直接用该模型考虑gamma点算单点获得的 .molden 文件来做可以么?还需要扩胞么?


MoC-Mo.cif

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发表于 Post on 2025-8-27 22:39:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-8-27 22:40 编辑

当前的超胞的晶格常数已经超过18埃,从经验上判断已经足够大了,只考虑gamma点就行。
如果希望画考虑k点的TDOS,multiwfn的CP2Kmate功能下的子功能 5 Obtain exact DOS based on energy levels at all k-points可以画,但是考虑k点的PDOS我没尝试过用CP2K+multiwfn画,具体操作您可以等社长补充。

如果是希望画考虑k点的PDOS,我个人觉得ABACUS是一个不错的选择,有测试数据表明这个程序的计算效率和精度都不输CP2K,画PDOS的操作也很简单,有相应的中文教程可以供你参考,见:ABACUS 计算 PDOS · GitBook

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发表于 Post on 2025-8-28 04:09:29 | 只看该作者 Only view this author
得到基本合理的PDOS(用于讨论不同能级范围什么占主导)不扩胞可以接受。如果想要更精确的结果(追求峰型都准确)建议扩胞成2*2
未来Multiwfn会使得CP2K考虑k点时也能绘制PDOS,目前暂时不支持
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-29 21:06:24 | 只看该作者 Only view this author
Stardust0831 发表于 2025-8-27 22:39
当前的超胞的晶格常数已经超过18埃,从经验上判断已经足够大了,只考虑gamma点就行。
如果希望画考虑k点的 ...

好的,非常感谢老师的解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-31 17:12:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-28 04:09
得到基本合理的PDOS(用于讨论不同能级范围什么占主导)不扩胞可以接受。如果想要更精确的结果(追求峰型都 ...

感谢老师的回复!老师,如果我想考虑模型表层暴露原子对吸附质吸附强弱的影响,如上述模型表层分别暴露Mo和C对吸附质的吸附强弱,我该怎么定义PDOS分析的片段呢?是将两个模型分别暴露Mo和C的表层原子定义为两个片段来比较么?

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发表于 Post on 2025-9-1 07:03:37 | 只看该作者 Only view this author
啊嘞嘞 发表于 2025-8-31 17:12
感谢老师的回复!老师,如果我想考虑模型表层暴露原子对吸附质吸附强弱的影响,如上述模型表层分别暴露Mo ...

“如上述模型表层分别暴露Mo和C对吸附质的吸附强弱” 病句,语义不明
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-1 09:30:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-1 07:03
“如上述模型表层分别暴露Mo和C对吸附质的吸附强弱” 病句,语义不明

老师,我想表达的是附件的这个MoC模型表层是Mo原子,想再建一个表层原子是C原子的MoC模型。两个模型吸附吸附质过后,对比两个模型表层Mo原子和C原子分别与吸附质的相互作用。该怎么定义片段?按照原子还是元素或者其他哪种形式来定义片段合适?

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发表于 Post on 2025-9-2 09:17:12 | 只看该作者 Only view this author
啊嘞嘞 发表于 2025-9-1 09:30
老师,我想表达的是附件的这个MoC模型表层是Mo原子,想再建一个表层原子是C原子的MoC模型。两个模型吸附 ...

PDOS根本不适合描述吸附强弱
有的是好得多的考察方法,诸如IGMH和AIM拓扑分析、Mayer键级、相互作用能等等

使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html
使用Multiwfn结合CP2K做周期性体系的atom-in-molecules (AIM)拓扑分析
http://sobereva.com/717http://bbs.keinsci.com/thread-46927-1-1.html
使用Multiwfn对周期性体系做键级分析和NAdO分析考察成键特征
http://sobereva.com/719http://bbs.keinsci.com/thread-47176-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-3 10:52:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-2 09:17
PDOS根本不适合描述吸附强弱
有的是好得多的考察方法,诸如IGMH和AIM拓扑分析、Mayer键级、相互作用能等 ...

好的,感谢老师的解答

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